国别与区域研究是一个跨学科的综合研究，很难产生一个涵盖国别与区域研究所有方向和所有国别与区域的单一理论或研究方法。但这并不意味着国别与区域研究就不需要理论指导了，相反，新时代中国特色的国别与区域研究要以习近平外交思想为指导，同时借鉴相关学科的理论和方法，这是构建中国特色国别与区域研究范式的基本要求。
长期以来，中国国别与区域研究从业者往往满足于把某个具体的问题说清楚，最多进行观点的归纳，总体上缺乏学理性分析，甚至不知道如何运用相关学科的概念进行深入研究。鉴于中国目前国别与区域研究的重点是加强对亚非拉发展中国家的研究，我们尤其要强调学会采用比较政治学、发展政治学、发展经济学、国际政治经济学、区域合作的理论与方法进行某个领域或者主题的研究。在方法上，要继续强调国别与区域研究必须基于长期的田野调查，与此同时要大力推进定性研究与定量研究的结合，重视采用大数据进行分析。在研究视角上，要推动从跨文明互动（文化视角）、历史视角、全球视角、区域视角进行全方位、多角度的审视，不能局限于单一视角或者只对某一个国家进行研究。为了提高国别与区域研究的理论化水平，首先要大力提高国别与区域研究从业人员的理论素养，培养他们运用理论进行分析以及通过案例研究检验现有理论和发掘新理论的自觉性和能力。其次，国别与区域研究的从业者还要有理论自信，实际上国别与区域研究也贡献了不少有影响的理论，比如基于拉美研究产生的依附论、威权主义等，这说明区域研究同样可以产生科学的知识和理论。
顾名思义，国别与区域研究实际上包括对具体国家的研究以及由若干国家组成的区域的研究。国家之间、地区之间的差异性是显而易见的，即便是对特定的单一国家而言，也不存在上知天文、下知地理的全能型国别专家，更不可能存在一个无所不知的特定区域问题专家。因此，国别与区域研究从业者首先应尝试从语言、历史、文化、文学、政治、经济、社会、宗教、外交的单一角度对某个国家或地区进行深入研究，然后可以适度扩展研究领域或学科视角。如果要对东南亚、南亚、中东、非洲等由多个国家组成的区域进行研究，更应重视研究的学科性。一般应先从单一学科角度切入，不可盲目追求从多学科进行研究，否则研究难以深入。与此同时，对多个国家组成的区域进行研究，最好有良好的国别研究基础，然后由点到面，才可能行稳致远，研究才可能深入。(www.xing528.com)
此外，冷战结束后全球范围内的新变化需要国别与区域研究做出新的调整，不能再因袭过去的单一国别或单一区域的研究，研究手段要跟上时代的变化。一是区域内的跨国问题增多。比如印度尼西亚、马来西亚、新加坡之间长期存在的跨境烟雾问题，居住在缅甸境内的罗兴亚人大量逃入孟加拉国以及向区域内的泰国、马来西亚、印尼非法移民的问题，恐怖主义在区域内多国之间的蔓延等。二是当前国际社会出现了单边主义、民粹主义和强人政治盛行的新态势。三是区域之间的互动增多，如南亚、东南亚、东北亚相互渗透，有必要进行区域比较研究。四是信息的爆炸化需要国别与区域研究机构加强数据库建设，研究人员要学会运用大数据进行综合研究。
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