蔡元培经过反复推敲，最后才决定采用“大学院”这个名称。1928年1月，蔡元培在《大学院公报·发刊词》中对此做了解释：“民国纪元以前，管理学术及教育之机关曰学部，民国元年改为教育部。依教育一词之广义，亦可以包学术也。顾十余年来，教育部处北京腐败空气之中，受其他各部之熏染；长部者又时有不知学术教育为何物，而专骛营私植党之人，声应气求，积渐腐化，遂使教育部名词与腐败官僚亦为密切之联想。此国民政府所以舍教育部之名而以大学院名管理学术及教育之机关也。”“大学院不名为部而名曰院，因西洋之‘部’虽属行政范围，但附属有研究机关。若在中国，所称为某某部者，几尽为行政而设，欲矫正民众心理，首在正名，曰‘院’者，重在‘行政学术化，学术研究化’也。”[27]大学院的名称很快惹来了麻烦，国民党中央执行委员会委员经亨颐、朱霏青指出：“何以大学院门前所悬的招牌，不称国民政府大学院，大书特书而曰中华民国大学院？是否表示教育独立，大学院和国民政府并列？”[28]1928年2月，在国民党二届四中全会上，经亨颐、朱霏青等五人提案反对大学院：“国民政府所以舍教育部之名改为大学院，据公报蔡院长发刊词所称，仅仅因教育部名词与腐败官僚为密切之联想。如此原因，大可不必。其他各部岂可任其腐败？应一律改为大什么院？但腐败不腐败在人，而不在机关之名”，“大学院制应即废止”。[29]
1928年7月4日，南京国民政府公布《中华民国大学院组织法》，其内容主要有：“（一）中华民国大学院为全国最高学术教育机关，承国民政府之命，管理全国学术及教育行政事宜。（二）本院设院长一人，综理全院事务，并为国民政府委员。（三）本院设大学委员会，议决全国学术上、教育上一切重要问题。（四）大学委员会，由各学区中山大学校长、本院教育行政处主任，及本院院长所选聘之国内专门学者五人至七人组织之，以院长为委员长。（五）本院设秘书处，置秘书长一人，秘书若干人，承院长之命，办理本院事务。秘书长兼任大学委员会秘书。（六）本院设教育行政处，置主任一人，处员若干人，承院长之命，处理各大学区互相联系及不属于各大学区之教育行政事务。（七）本院设立中央研究院，其组织条例另定之。（八）本院得设劳动大学、图书馆、博物院、美术馆、观象台等国立学术机关，其组织条例另定之。（九）本院于必要时，得设学术上及教育行政上各专门委员会，其组织条例临时订定之。（十）本院办事及议事细则另定之。”[30]大学院的院长由大学委员会推举，与法国大学院院长由内阁总理提名，经总统任命不同。另外，以大学院内之各组各股代表行政方面，而以各专门委员会代表学术方面，各组各股之措施方针，完全为各种专门委员会所领导，“故学术方面的专门委员会是‘磁针’，而各组各股是‘铁石’，无时无刻不随磁针而转移”[31]。(www.xing528.com)
过去学术机关从属于政府各机关，对其发展非常不利。蔡元培指出，国民革命势力既统一全国，一切建设事业皆当积极进行，教育学术乃立国之本，尤有积极整理之必要。现在国民政府既设有中华民国大学院，为全国教育学术机关，北京政府时代分隶各部院机关之中央教育学术机关，自应一律改归大学院，各部院对于专门人才之需要，各团体对于设立机关之条件，均当由大学院继续负责办理。[32]但是事情的发展并不像蔡元培设想的那样，大学院的组织形式在中央受到一些委员的反对，所以大学院组织法在一年多时间内数易其稿，经4次修改，大学院的权力越缩越小，其组织几乎与旧教育部无异。1928年10月23日，国民政府正式宣布改大学院为教育部，前大学院的一切事宜均交教育部负责办理。
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