第二震旦在校政、教学和经费等各方面都由耶稣会负责，不同于1903年创办的震旦。耶稣会非常注重师资的选择和培训，早在1599年就公布了《耶稣会教学方法与组织》。美国教育史专家格莱福斯（F.P.Graves）认为：良好的教学方法和优秀的教师是“耶稣会高等学校最称特色的地方”[33]。宗教史学家穆尔（G.F.Moore）也称赞耶稣会是“欧洲天主教国家中的教育改革家”[34]。在耶稣会的主持下，第二震旦蒸蒸日上，开始步入辉煌时期。
1.走上法国式大学之路
1905年5月27日，《时报》刊载震旦学院复学广告：“震旦学院前因学生误会意旨解散，而本学堂及各教员于中国教育之前途，热心未懈，即院中书籍、标本等亦一切无恙。现拟商订学科规则，定期招生，于七八月间开办，先此广告”。[35]同年8月开学，经考试录取学生96人，年龄在16岁至22岁之间。[36]
耶稣会委派中国籍神父李问渔总理校务，南从周仍任总教习。李问渔是马相伯在徐汇公学时的同学，德高望重，待人谦和，曾创办《益开录》、《圣心报》和《汇报》，并编辑出版过许多书籍。在他主持下，震旦重订章程：“以西国普通学校课程为预科；以中学校及高等学校程度为本科，以立能入大学之基础。”[37]学校取消外语课程中的德语、日语、希腊语等，外语主课改为法文，南从周自编的震旦学院法文课本成为内地学校法文课程的标准用书。[38]学校加强了校方的作用，解散了学生自治会，取消了学生的行政职务，不再组织时事辩论和军训，不再吸收学生参与学校的决策。
1908年学校学生人数增加到172人。“然学生虽加多，而师生间之感情转和易亲爱，如家人父子。”[39]从Bulletin de L’Université L’Aurore里毕业生写给老师和校领导的大量信件来看，震旦的学生和老师、校领导的关系比较和谐。
随着学生人数增加，徐家汇老天文台校舍已不敷使用。1908年震旦学院筹建新校舍，马相伯毁家兴学，捐银4万元，并献出位于英租界和法租界的8处宅院（当时价值超过10万元）。教会用这笔资产购置校园103亩。学校改由法籍耶稣会神父韩绍康（H.Allain）主持校政，称为院长（Directeur）。他重订学校章程，声明本院宗旨“主为便益本国学生，不必远涉重洋留学欧美，而得欧美普通及高等程度之教育，不涉宗教”。体现出震旦教学具有鲜明的世俗性，这与其他教会大学有很大的区别。学生入学年龄从原来16岁至22岁改为15岁至20岁，只招收男生。他参照法国高等教育的模式，将原来的预科、本科四年，改为预科三年、本科三年，共六年。学生从预科第三年起，每年两次将作业送至欧洲校园校阅、比勘、评点。[40]学校注重对学生进行美育和体育教育等，探索出一条有利于震旦生存发展的道路，使震旦继续朝着世俗化、专业化方向迈进，尤其学校实行预科、本科各三年的学制，标志着震旦开始走上参照法国大学办学的轨道。
1912年6月30日，震旦大学为12名学生举行毕业典礼，“是日中西官绅，均命驾莅止。冠裳济济，萃于一堂。”上海民政局长发表演说：“震旦名誉，昭昭在人耳目间，科学程度，视欧美同等学校，初无愧色。”[41]从1912年正式授予文凭开始，至1918年，共有64人获得文凭，震旦在社会上声誉日著。震旦毕业生所获得的文凭，在中国境内具有法律上的效力。[42]1918年11月30日法国教育部颁布部令，承认震旦高中（前预科）毕业证书与法国中等中学有同等程度，各院卒业之学生考入法国大学时可免修法定学分一次。凡在震旦理工学院电气机械系毕业者，得免试入巴黎高级电学院。每学年终了，法驻华公使署派员到校监视，每院1人，并在法学士、法学博士、工程师、医学博士证书上签名。[43]
2.创办医学院，并获得法国政府大量资助
医科是法国传统优势学科，震旦早有开办医科的计划，所以1908年为新校舍选址时以广慈医院为邻。[44]1913年，法国里昂大学资深教授、里昂科学院院士万桑博士（Eugène Vincent）来震旦考察，回法国后，他发表文章极力称赞震旦办学完善、学生成绩优异，并举1912年北大入学考试第一名为震旦学生为例，主张法国应该大力相助，此论一出，颇引起欧洲人士的注意。他还撰写了《法国在中国的影响和德国事业——法国在中国建立医学院的必要性》一书，指出德国在震旦附近建立的同济医工学堂对法国的利益构成了挑战。法国不能坐视德国在华医学教育的发展而无动于衷，应该立刻采取行动，“如果法国政府也像德国政府一样，就能够实现我们扩大法国道德与文化影响的愿望，并和德国机构抗衡。”[45]该书在法国出版后，引起法国政府的关注，并拟拨款25000法郎帮助震旦成立医学院。1914年，南道煌任院长时震旦学院正式设立医科，学制四年，采用法国医学专业的课程设置、教学大纲和教材。
1918年，法国政府向震旦拨款588000法郎。这是震旦自开办以来首次接受来自法国政府的大额资助。1919年、1920年，法国政府向震旦拨款250000法郎和477000法郎。从1921年到1925年，每年625000法郎。此后一直持续对震旦进行资助，数额多少不等。[46]广慈医院（今瑞金医院前身）、圣心医院都是震旦医科的附属机构，学生以此为实习医院。另外设有两所震旦高级护士学校。在战争时期震旦还设伤兵医院等机构。1923年，震旦规定：“得医师文凭者可入巴黎大学五年级医学科实习”。后来有很多学生到法国巴黎医学院、巴斯德研究所、斯特拉斯堡医学院留学。1932年，教育部批准立案，定名震旦大学医学院，贝熙业（Bussiere）兼任院长。1938年由富莱梅（P.Flaimet）继任，医学院设医学和牙医两系。医学系学生毕业后授予医学博士学位。
1937年“八一三”事变后的第二天，震旦医学院师生及法医研究所同人共同筹设救护医院，被上海市救护委员会编为第三救护医院，由孙达方医师任院长，设总务、收发和医务三科。护士则由天主教修女充任。[47]震旦师生把数十间自己的宿舍和新建的大礼堂作为收治伤员的地方。20多名医学院学生还冒险奔赴前线救治伤员。时正值暑假，医学院学生纷纷返校，与教师一起积极救护伤兵，成效显著。时中国红十字会会长称震旦救护医院“诊治热心，设备周到，故伤兵死亡者极少，而用费亦极经济”[48]。“八一三”事变期间，震旦总共收治伤兵1424人，实施手术1629次。法国Brugeas博士在第一次世界大战时曾为军医，在震旦从事教学工作时间长达14年，这次他亲自为很多伤员做了手术。除收到民众慰劳金4678元、中国红十字会两次拨款共1800元外，震旦承担了其余医疗、伙食等费用。[49]宋国宾教授还率一部分学生于安当医院开设第十八伤兵医院。他们为伤兵包扎伤口，取出子弹碎片，做截肢手术。不具备救护知识的学生主动做事务性工作，如维持秩序、做担架员等等。整个抗战期间，因为震旦大学位于法租界，没有被日军占领，大多数师生继续上课，没有受到大的损失。
3.工科走在中国各大学的前列
工科是法国传统的优势学科。震旦工科的设置适应了中国社会发展的需求。1937年之前，全国只有少数高等院校开设了工科专业，如圣约翰、津沽、岭南、之江的土木工程，金陵的化学、电力机械工程，圣约翰的机械制造等。震旦是最早开设工学科目和开设工学科目最多的教会大学。早在1903年就开设了冶金科、开矿科、电机试验、铁道科、建筑学等科目。1914年增设工程科。正是因为其工科的设置适应了中国需要，其毕业生始终供不应求。
1868年，韩石贞（P.Heude）司铎创办了徐汇自然科学研究所博物院。1929年，上海耶稣会决定把其并入震旦，名为震旦大学自然历史博物院，为了纪念其创办人，法文名称定为Le Musee Heude。韩石贞司铎来华前，徐家汇天主堂中已有些生物标本。韩司铎长期在中国各地搜集标本，坚持了30余年。徐汇自然科学研究所博物院的标本数量越来越多。后来柏永年司铎（Frederic）、白玉戊司铎（P.Belval）和郑壁尔（Piel）主持院务，又增添了很多标本，此外还收藏了一些历史文物。
震旦大学自然历史博物院多次与美国国家博物院、哈佛大学、康奈尔大学、英国伦敦博物馆、法国巴黎自然历史博物馆、日本东京帝国大学以及奥地利有关机构交换动植物标本和刊物。[50]在上海市档案馆留下的关于与国外交换标本的外文函件极多。震旦博物院所藏中国产动植物标本数量为远东第一。植物学室藏有标本五万余件。动物陈列室及哺乳类陈列室藏有皮张、脑骨各千余。[51]很多国家的科学家慕名而来。震旦博物院南有植物园一所，培植花卉树木以供研究。震旦博物院的经费非常充裕，不但得到震旦大学的拨款，还受到美国洛克菲勒基金委员会的资助。[52]
5.世俗化的特色(www.xing528.com)
在其所著《传教士与近代中国》第十三章第四节“对三所教会大学的考察”中，顾长声认为：震旦大学“宗教气氛浓厚，学生都必须接受神父的宗教灌输并参与弥撒等宗教活动。学生一踏进校门，首先要接受所谓‘爱天主、爱教会、爱教宗、爱天上的美善’的‘四爱教育’和熟读‘校规’。在校期间如有违反，轻则罚不准领‘圣体’，重则开除教籍及学籍。”但是他并没有提出立论的证据。笔者从大量的原始史料中得出的结论并非如此。
“信仰绝对自由为本校传统的政策，故校内不设宗教课程，而对宗教仪式亦向无强迫一般学生参加之情事，在一般教会学校中可谓独具特色。”[53]1903年，马相伯提出学院的办学原则：“一崇尚科学，二注重文艺，三不谈教理”。第一震旦和第二震旦初期，在校学生都是非教徒，以后逐渐有了一些来自上海和外地天主教教会中学的教徒学生。1905年，学校制定《乙巳年重订章程》，声明本院宗旨“主为便益本国学生，不必远涉重洋留学欧美，而得欧美普遍及高等程度之教育。不涉宗教”，体现出震旦具有鲜明的世俗性，这与其他教会大学有很大的区别。从1903年、1905年和1909年震旦的课程设置来看，都没有宗教课程。[54]
1911年震旦才有第一个非教徒学生受洗入教。1918年，教徒学生只有50人。1924年震旦学生共392人，其中320人为非教徒。[55]20世纪20年代，震旦学生大多数仍是非教徒。20世纪三四十年代，教徒学生的比例上升，但从没有超过半数。1936年9月10日，《上海泰晤士报》刊载了题为“震旦大学的辉煌”的文章，文中写道：“震旦大学1903年诞生于中国本土，由法籍传教士举办，它是中国第二大私立大学。虽然它由法籍耶稣会士领导，但不论从什么方面来说，它都不是一所宗教机构。它没有神学院，不提供自然进化论的课程。不强迫学生到小礼拜堂做礼拜。”宗教课程和活动也只面向天主教徒，不强迫非教徒参加。震旦大学向无强制性宗教教育，只对天主教徒学生讲授教理，引导宗教生活。一次考试中，才尔孟院长以“上帝是否存在”为题，让学生发表评论，一位学生在试卷中论证了“上帝并不存在”，结果他的分数名列全班第二。[56]
那么作为天主教教会大学，震旦能给天主教带来什么影响呢？首先它解决了天主教徒接受高等教育的问题，“震旦的存在本身，就是护教的明证。震旦向教友提供了高等教育。如果没有震旦，教友只能去新教大学或者异教大学”[57]。其次，它使更多人了解了天主教，“一个中国人哪怕在教堂前经过100次而不被邀请进去，也就永远不会了解天主教。但是在教会学校就可以通过接触天主教的教师、神父或教友来了解”[58]。震旦正是通过这种“润物细无声”的方式弘扬了天主教。
6.震旦在教育部成功立案
震旦曾三次向政府立案。第一次是在1904年，获时任两江总督周馥批准。第二次是在1912年，震旦“以本校章程及课程详表代呈前教育部声明备案，是年6月，校中即接奉部电‘核得程度尚无不合，暂准备案’”[59]。1927年南京国民政府成立后，震旦筹划第三次立案。1931年9月，震旦成立九人校董会，由中法知名人士组成，其中华籍六人，分别为马相伯、王一亭、林康侯、陆伯鸿、朱铭德和杨维时；法籍三人，为韦礼敦公使、惠济良主教和才尔孟司铎，而以马相伯为校董会主席。[60]上海天主教耶稣会重要人物南从周、孔道明（De Lapprent）、富而康（P.Fourier）、姚赞唐（Y.Henry）、帅理蔼（Scellier）、桑黻汉（Lefèrer）、才尔孟（Germain）和茅若虚（Dumas）都先后担任过震旦的“院长”或“常务校董”。董事会介于教会与学生之间，协调两者之间的关系，起到了缓解矛盾、维持学校平稳发展的关键作用。震旦向教育部提出立案申请后，1932年11月7日，教育部派员到校视察。按相关规定，要由中国人担任大学校长。于是耶稣会请震旦校友、曾留学比利时的数学博士胡文耀（时任中法国立工业专门学校代理校长）担任校长，管理震旦大学及其从属机构，主持校务。但他只是名义上的校长，耶稣会仍掌握着震旦的实际权力。12月，教育部正式准予立案，全称为“私立震旦大学”。学校将医科改为医学院，院长由法国驻华使馆医师贝熙业兼任；将理科改为理工学院，学制四年。教育部对立案前的学位也予以承认。这使在校生和以往毕业生极为振奋。在南京政府任职的震旦毕业生在立案一事上对震旦帮助很大。对于政府要求震旦用国语上课，学校予以拒绝。桑黻汉认为，用国语上课“震旦一定会灭亡，学生既然能在别的学校受到同样好的教育，何必来震旦呢？”[61]
立案后，震旦仍由法国人才尔孟主持校务，继续用法语进行教学，震旦声誉更佳，直至抗日战争全面爆发，入学人数保持上升势态。1935年，震旦法学院法科研究所成立，分设法律学和政治经济学两部，可授予学生硕士学位。[62]1937年震旦医学院增设两所高级护士学校，一所设于广慈医院，另一所设于圣心医院，统称为震旦高级护士学校，胡文耀兼任校长，由二所医院的修女直接管理，聘请所在医院的临床医师兼任教师。
7.增设震旦女子文理学院
1936年，震旦大学与美国天主教圣心会达成协议：以震旦大学的名义在上海开办一所女子大学，由美国天主教圣心会负责管理，而受震旦大学校长的节制。1937年，在上海的蒲石路增设震旦女子文理学院，简称震旦女大，这是当时唯一的女子教会大学，其设置的课程有教育、中英文学、化学、经济和家政等。其第一教学语言为汉语，第二教学语言为英语，招收高中毕业的女生。
8.建立大学区制度
大学区制便于衔接大、中、小学三种不同层次的教育，从而达到人力、物力和财力的优化配置。震旦大学仿照法国的大学区制，建立了大学部、高中部和初中部，均由震旦大学校长任校长，并在高中部和初中部设教务主任和训务主任各一人。[63]高中部和初中部的经费由震旦大学拨付。1920年，震旦应扬州官绅的要求，创办了扬州震旦附属中学，开办之初学生仅23人，但是随后发展很快。震旦又相继建立了南京震旦附属中学、松江震旦附属中学和安庆震旦附属中学等。震旦还支持建立了一批预备学校，如北平南堂法文学校、天津法汉学校、汉口中法学校、上海中法学校、上海圣芳济中学、昆明法越学校、广州法国中学、澳门撒肋爵会立中学等。[64]这些附属学校和预备学校是震旦大学部的生源基地，其法语课程的设置为学生打下了语言基础。附属中学一般是各年级同时招生，如上海中法学校附中1936年招生广告规定初高中一、二、三年级同时招生，凡投考初高中一年级者，免试法文。扬州附中、南京附中及附属光启中学也是如此。[65]
9.雄厚的师资队伍
震旦“对于教员人选异常注意，其本籍教授讲师则务求受过最新科学教育者，外籍教授亦类多通达中国情形者”[66]。曾任震旦医学院院长的富来梅神父（P.Flamet）拥有法国里昂大学病理学博士学位。另外还有不少毕业于震旦又出国深造的校友，在学成后也回校任教。如著名的内科医师邝安堃教授、外科医师傅培彬教授、耳鼻喉科医师刘焘教授等。1933年，毕业于巴黎大学牙医学院的勒乔爱（Dr.Le Goaer）担任牙医系主任，1939年自法国留学归来的沈国祚继任系主任一职。文学院下设中国文学系、法国文学系与拉丁文学系。巴黎大学文字学博士、耶稣会会士张伯达神父任文学院院长兼中国文学系主任，法籍溥君南神父任法国文学系主任，拉丁文学系则由王昌祉与陈云棠两位中国神父负责。中国文学系聘请上海著名学者任教，如钟泰、施蛰存、朱雯、唐弢、周子美、王元化、贾植芳、程石泉、何满子、钱钟书、赵国材、黄朴、赵乐谦等。不少国内外著名教授应邀前来任职。其中，外籍耶稣会士任院长的有：法学院院长彭廉石神父（P.Bonnichon），他是法国巴黎大学的法学博士，曾为凡尔赛学院的教授；理工学院院长雁月飞神父（P.Lejay），他是法国巴黎大学物理学博士。根据1936年《私立震旦大学一览》的统计，在学校的师资队伍中，法籍教师人数居第一位，中国教师居其次，另外还有一些来自其他国家的教师。具体来说，法学院中，法籍教师16人，华籍教师13人，其他1人；医学院中，法籍教师11人，华籍教师11人，其他1人；理工学院中，法籍教师18人，华籍教师10人，其他1人。[67]
10.震旦桃李满天下
震旦大学在中国的影响越来越大，全国高中毕业生纷纷踊跃投考。1947年有3000多人参加震旦招生考试，录取了460人。在校学生人数迅猛增加，1948年在校学生人数达到1300人，而在最初的15年，人数从没有超过200人。[68]其工程类毕业生就职于铁道、矿务、化工、电力和船舶制造等部门，数理专业毕业生则多服务于大学和研究机构，另有许多毕业生赴法国留学。1908年秋，浙江省举行留学欧美考试，震旦方面应试者有宁波的胡文耀、翁文灏及嘉兴的孙文耀，发榜时三人俱名列前茅，一时有“震旦三文”之称。这三人赴比利时鲁文公教大学，学业成绩每冠同侪，多次受该校嘉奖，学成归国后各有贡献于学术界。医学院学生人数虽不多，但有相当部分赴法、比、加、美等国留学或进行研究。到1934年为止，震旦医学院已经培养出89名医学博士，其中有据可查的有[69]：
20世纪40年代，天主教会在华开办的医院和诊所中，75%到85%的医生是震旦大学医学院的毕业生。[70]许多人医术好、医德高，成为当时的名医。1932年以后，法学院学生越来越多。法学院毕业生多就职于政府机关。据1935年统计，法学院毕业生在政府工作的有70人，在海外担任使领者有十四五人。[71]如司法院副院长谢冠生、最高法院推事胡文秉、外交部总务司司长宋国枢、外交部专门委员陈雄飞、外交部礼宾司司长凌其韩、外交部国际司司长朱鹤翔、西贡总领事尹凤藻、西贡领事李文显等。
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