马相伯与江南教区的主教姚宗李（Paris）及耶稣会会长丁绍明商议后，决定将徐家汇老天文台（徐家汇蒲西路221号）作为校舍。耶稣会派出传教士惠济良（Haouise）等担任义务教师。1900年8月，马相伯将其长兄马建勋所遗松江、青浦3000亩田地捐给教会，作为办学基金，并立了献据。耶稣会想借办学校传播教理，遂出面支持。1903年3月1日，震旦学院正式开学。震旦是印度对中国的旧称，八卦中“震”位主东方，“旦”象形为太阳在地平线升起，“震旦”的意思是中华的曙光。校名寄托了马相伯对学校的美好祝愿。马相伯把“震”卦图形作为校徽，并以欧洲谚语“Per Auroram ad lucem”（从震旦到光明）作为校训。在第一震旦（1903年至1905年）时期，马相伯自任总教习，负责拟订章程、设计课程和延请教师等，对学校负全部责任，法国耶稣会只派出司铎担任义务教师，不干涉学校的管理事务，马相伯与耶稣会是合作的关系。
1.走上翻译学院之路
马相伯对其创办震旦的初衷有一自述：“慨自清廷外交凌替，一不知公法，二不习制造。入手工夫则文字尚无。但欧美文字多用法文，故设震旦。”[20]在震旦学院开学典礼上，他致词说：“欲革命救国，以近代科学始；欲研究近代科学，必自通其语言始。有欲通其外国语言文字，以近代科学而为革命之准备，请归我”。[21]学校的宗旨为“广延通儒，培养译才”[22]。规定“国文已精通，不需专修，遂能全力学外国言语学者，方能入预备科”[23]。马相伯制订震旦的章程，规定学费年捐银一百两，多捐不限，试读一个月，如达不到校方要求标准，随时令退学，学费退还。清贫学生可以著作自荐，试读合格后免交学费，但毕业后须为学院半薪译书两年。学制两年，课程分为文学和质学（科学）两类。文学主课有“古文”（dead language，包括希腊文、拉丁文）、“今文”（living language，包括英文、德文、法文、意大利文）、哲学、伦理学和心理学等。另有历史、地理、政治学（包括社会学、经济学、国际公法）等附课。“用速成方法，教以英法德文，从事翻译欧美科学书籍，撷其精华，供吾借镜”。[24]可以看出，马相伯就是要把震旦办成一所翻译学院。质学主课为数学课（包括算学、几何、代数、三角、立体几何、力学、天文学）。另有动物学、植物学、地质学、农圃学、卫生学、簿记学、绘图、音乐、体操等附课。[25]马相伯自编《拉丁文通》、《致知浅说》等书作为教材，并亲自讲授拉丁文、数学、哲学和写作等课程。在教育管理上，马相伯深受欧洲人文主义思想影响，倡导“学校行政，则学生任之，养成自治之风”[26]。
马相伯反对八股和科举制度，提倡“格物致知”和“自立”之学。他制订的施教方针为：（1）培养学生自治能力，分配学生担任行政职务，以便日后将民主价值观应用于社会；（2）每星期日上午，全校学生集合辩论时事，促使学生运用书本知识寻求解决中国现实问题之道；（3）每月进行3次军训，给学生打下将来为实现近代中国的理想而战斗的基础；（4）指导研究科学的门径，精选西欧名著作教材。他还提出了学院的办学原则：崇尚科学、注重文艺、不谈教理。[27]
震旦学院无论在课程设置方面，还是在教学方法和管理制度方面，都走在时代的前列。在教育对象上，不分年龄、信仰、阶层，只要程度相当，便可入学，甚至革命者也来者不拒。在教育内容方面，以培养翻译人才为主要目的，以拉丁文、英文、法文、德文、意大利文为文学正课，辅以近代科学课程。教授多国语言意在让学生多掌握几把开启近代科学大门的钥匙。学院一改中国传统灌输式教学方法，采用西方灵活的教育方法。马相伯曾说：“我办震旦时，有一桩事可以告世人的，就是我的教授法的特点。那时一班外国人在中国教我们青年的外国语文，简直有些颟顸。譬如，他们教英文，一开始就教文句，而不教拼法，弄得学生摸不着头脑。我却从拼音字母教起，使他们渐渐可以独立地拼读外国语文。那时他们教英文所用的课本，大都是英国人教印度人用的，浅薄鄙俗，毫无意义。我却选些英国极有价值的文学作品，如狭斯丕尔等等的著作，给学生讲习，藉以提高他们的英文程度。每星期日上午九时至十二时，我召集全校学生开讲演会，指定题目，先由一人登台讲演，然后轮流推举学生中一二人加以批评，使他们各人能发挥自己的意见，互相观摩。”[28]马相伯的教法效果很好。梁启超曾对马相伯的做法大加赞扬：“教育议兴，即已两年。而今无一稍完备之私立学校，不得不谓国民之耻也。……吾闻上海有震旦学院之设，吾喜欲狂。吾今乃始见我祖国得一完备有条理之私立学校，吾喜欲狂。该学院总教习为谁，则马相伯先生，最精希腊、拉丁、英、法、意文字者也。”[29]他还将《震旦学院章程》全文刊登在他所创办的《新民丛报》上，向海内外学子广为推荐。学院声名大振，吸引了全国很多省份的学生来投考。1904年，震旦学院的学生达80余人，其中有翰林8人、举人20多人，且不乏革命党人，如马君武、于右任（化名刘学裕）、刘成禺、邵力子等。(www.xing528.com)
2.南从周的改革——学院发展道路之争
1904年，马相伯因劳累过度不得不卧床休养。他认为学院的辉煌时期即将到来，“乃请耶稣会会长尽力相助，会长乃命调安徽教士南从周（Perrin）司铎至沪充本校总教习。”南从周1858年生于法国，1885年来华。南从周到职后，对校务“擘画不遗余力，并商于马相伯变通旧章，重加厘定”[30]。他认为学生不应将主要精力放在学习外语上，而应该以学习西方科学技术为主，这无疑与马相伯将震旦办成翻译学院的意见相矛盾。他给学院添设了许多教学设备，主持将大量西语教材译为中文，同时也将中国经典译为西方语言。这就方便了西语不太精通的学生更快地研究学术。南从周的改革不仅与马相伯的教学思想相冲突，而且与马相伯的办学宗旨相左。他还宣布准备添设其他专业。他突出法文、削减英文的做法直接引发了学潮。当时上海和东南沿海城市英美势力较大，对英语人才的需求缺口较大，许多学生为了将来的工作起见，提出将教学语言由法语改为英语，但遭到南从周的拒绝。学生沈步洲演讲时说：“现在震旦学堂，已变为教会。如昔日学科，皆英、法并重，今则专用法文。且各科亦以法文教授，厥证昭著”。[31]在课程设置和校务管理上，南从周完全仿照法国大学的模式来重新组织震旦。南从周的改革引起了一些学生和在土山湾养病的马相伯的不满。学生深受马相伯“自治”精神的影响，对南从周的安排拒不从命，教会则以不派教师上课要挟。马相伯为避免师生冲突，“不欲以个人进退阻南司铎之热心，乃辞职以去。学生见创办人引退，亦相继离校”[32]。震旦停办。
关于第一震旦停办的原因，很多研究者认为是教会与马相伯争夺教育权而致，一些研究者甚至把其升格为爱国主义者与帝国主义者的斗争。笔者认为，第一震旦的停办是围绕学校发展为近代翻译学院还是发展为近代法国式大学之争所造成的。虽然当时马相伯及学生接受不了，但是后来马相伯所创立的复旦也没有发展为翻译学院，基本上是按照南从周设计的近代综合大学道路走的，证明了南从周在震旦的改革是非常明智的。
随后马相伯另创复旦公学（复旦大学前身），意在“复兴震旦”。马相伯的旧交两江总督周馥奏准拨银一万两作为创办经费，并拨给吴淞官地70亩为建校地基，暂借吴淞提镇行辕为临时校址。马相伯聘请社会名流严复、曾铸、萨镇冰等28人为校董，协助募集创办资金，并共同管理学校。1905年6月21日，《时报》登载《复旦公学广告（一）》，宣布在英租界张园北爱文牛路22号设立复旦公学事务所。7月18日，《时报》登载《复旦公学广告（二）》，宣布“本学期拟招生一百六十名，前震旦旧生报到者一百二十名，尚余四十名改补招新生。”“兹定本月二十日，就张园对面爱文牛路本公学事务所……考试。”1912年，政府拨徐家汇路的李鸿章祠堂地基（今华山路1626号）为校产，分预科、本科两科，1917年本科改名为“复旦大学”，仍由马相伯任校长。1923年迁入江湾地（今邯郸路220号）新校舍。1937年“八一三”事变爆发后，学校先后迁到庐山、重庆等地。1941年改为国立，1946年迁回上海原址。新中国成立后，复旦大学由人民政府接管，并发展成为全国重点大学。
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