朱熹继承发展了二程关于“格物致和”的学说，建立了更加完整的唯心主义认识论。
朱熹认为，决定事物发展的动力是理，作为认识的对象、自然也是理，认识论的任务就是穷理致知。但是，朱熹所要穷究的理，不是事物固有的客观规律，而是主于人心的主观之理。理存在于物体中就成为“在物之理”，存在于心中就成为“在已之理”。朱熹把“在物之理”与“在已之理”对置起来，这就构成了所谓客体与主体的对立，似乎显示出物中求理的唯物方法。然而，朱熹坚持认为，所谓“物”理不过是“心”理，事物之理具于一心，是“心包万理”。他说：“物之理都在我此理之中。”[11]事物之所以存有理，是由于心所赋予的，而非本来就存在的客观规律。
朱熹在认识的对象上，错误地把人心的反映特点与反映内容混淆起来，把客观本已存在的事物之理当成人之内心之理。这样，认识的对象就是所谓人心，而非客观事物了。
什么是“格物”呢？朱熹说：“格物者，格，尽也，须是穷尽事物之理。”[12]又说：“格，至也。物，犹事也。穷至事物之理，欲其极处无不到也。”[13]从朱熹的话里我们可以看见，“格物”就是通过形而下的事物体认形而上的理。
什么是“致知”呢？朱熹解释说：“致，推极也。知，犹识也。推极或之知识，欲其所知无所不尽也。”[14]又说：“致知，是吾心无所不知。”[15]朱熹的意思是说，知识是先验地存在于人心之中的，“致知”就是推极心中固有的知识，使其无所不知。(www.xing528.com)
既然知识早已存在于一已之心，心包万理，那么，为什么还要去认识理呢？为什么还要“格物”外求呢？朱熹说：“知者，吾自有此知。此心虚明广大，无所不知，要当极其至耳。今学者岂无一班半点，只是为利欲所昏，不曾致其知。”又说：“人之一心，本自光明。常提撕他起，莫为物欲所蔽，便将这个做本领，然后去格物、致知。”[16]这是说，知识是人心所固有，无需外求于物，人心无所不知。然而，由于“利欲”、“物欲”的驱使和蒙蔽，使人心中具有的知识天理昏暗不明，妨碍对于知识的体认。朱熹把“致知”比喻为镜子，把“物欲”比喻为昏翳，本来光明澄净的镜子被遮蔽，要恢复明亮必须擦去昏翳。人心也是如此。本来人心无所不知，“本自光明”，但时常被“利欲”、“物欲”所遮蔽，所以要清心寡欲，以明天理，体认知识。
可见，朱熹的认识论就是去降私欲，澄明本心，达到穷理致知。朱熹一方面认为理是万物之本，人们能够通过“格物”的方法认识天理，另一方面，又认为理是某种伦理道德，“格物”就是“只晨起开目时，便有四件在这里，不用外寻，仁义礼智是也。”[17]“格物”的主要内容就是遵循仁、义、礼、智，恪守君臣、父子、夫妇、兄弟等封建礼规，保证这个理不受物欲、人欲所蒙蔽。朱熹说：“敬便是天理，肆便是人欲。”[18]持敬制肆，就是遏制人欲泛滥，敬奉伦理教条。这样，朱熹“格物致知”的认识就同封建道德的修养功夫密切地结合在一起了。
一方面是“致知”，保持清心寡欲，天理自明，一方面还要“格物”穷理，这不是矛盾的吗？既然理存心内，只要持敬制肆就够了，为什么还要“格物”以“致知”呢？朱熹认为，人心之中那个先验的“已知之理”，如果不通过“格物”来穷究，仍然是悬空的，所以朱熹说：“自家虽有这道理，须是经历方得，”[19]所谓“经历”，就是“格物”，今日格一物，明日格一物，逐渐识认天理。这也就是说，通过“格物”，就会由于“经历”了“在物之理”，使先验的“在已之理”得到验证。这样，认识的过程就成了印证先验之理的过程，排除了“格物”认识客观世界的可能性。
虽然朱熹的“格物致知”的认识论是唯心主义的，但也初步接触到了认识从感性认识到理性认识的问题。朱熹认为，外界事物纷繁多样，难以一一穷尽，关键在于认识事物本体。“格物”，对于朱熹来说，是“零细”的，而“致知”则是“全体”的。既然事物现象杂多纷乱，所以，对于现象有认识只是“零细”的认识，但作为事物本体的理却无处不在，所以认识到事物本体就能掌握事物的“全体”。这样，认识就有一个由表及里，由此及彼，由现象到本质的发展过程。这是认识的一次飞跃，即由感性认识上升为理性认识。但是，朱熹的认识论的对象不是客观事物，而是“吾心”、“天理”。他把人们对客观对象的认识排除在外，认识理不需要向外探究，只要认识自我内心就够了，这就使他的认识论无法真正实现由感性认识向理性主义的飞跃，最终还是陷入了唯心主义。
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