朱熹哲学本体论的最高范畴是“理”或“天理”。“理”、“天理”是构造万事万物的本源。具有至高无上的力量，并由此引发出“理本气具”的逻辑结构。
什么是“理”？朱熹认为，“理”是万事万物的本源，是一种抽象的绝对观念。朱熹说：“宇宙之间，一理而已。”[1]把宇宙看成是“理”的演化结果。有了“理”便有了天地万物，若无“理”则无人与事物的存在。“理”是决定人、物存在的依据。而且朱熹认为，“理”在天地万物之先，先有理，然后才有天地万物，“未有无地之先，毕竟也只是理”[2]。这就把“理”当作是永恒存在的本体，天地由它而生，由它而灭。
从宇宙生成论的角度来看，朱熹把“理”视为天地万物的基础。他说：“自其未以缘本，则五行之异，本二气之实。二气之实，又本一理之极。”[3]理是最初的万物之根，由它产生阴阳二气，阴阳二气又生出金、木、水、火、土五行，五行生成宇宙天地。在这个生成过程中，理是万物之始，是宇宙的本体。朱熹试图用理说明理与物的本未关系，确立理的至高无上的地位。
“理”不仅是宇宙的本体，万物的本原，而且还是某种自然规律和道德原则，朱熹说：“阴阳五行错综不失条绪，便是理。”[4]自然虽错综复杂，但仍有一定规律秩序，这规律秩序就是理。他又说：“理则为仁义礼智。”[5]“故发而为孝弟忠信，仁义礼智，皆理也。”[6]把仁、义、礼、智等伦理原则说成是理。从本体的理到自然规律或道德原则的理，这在朱熹看来，是自上而下，顺理成章的。但是，在这里，朱熹把自然规律和人伦关系附会在一起，不是人为自然立法，而是自然为人立法，这有失妥当。
朱熹把理视为本源，把理视为形而上之道，同时又把“气”当成形而下之器，这就颠倒了物质与精神的关系，也决定了他的客观唯心主义的哲学体系。(www.xing528.com)
“气”在朱熹的理学思想中也占有非常重要的地位，它是宇宙生成的中介环节。朱熹认为，气是构成天地万物的质料，是“生物之具”，属于形而下之器。这与张载的“气”有相同之处。张载的“气”尽管有时指“太虚”，是虚空，但基本上是指“有”，具有物质性的涵义。朱熹只把气当成构成事物的物质材料，而不承认气是宇宙万物的本源。在气与理的关系上，朱熹主张理气不可分理。他说：“天下未有无理之气，亦未有无气之理。”“理未尝离乎气。”这就是说气不能离开理单独存在，并非指理气合一。朱熹的思想实质是强调理的主导地位，是理决定气，无理便无气，理始终处于主导支配地位。
与之相联系，朱熹主张理先气后。朱熹说：“理与气本无先后之可言。但推上去时，却如理在先，气在后相似。”[7]这是说理气不可离，本无先后次序，但若从理是本体而言，则是理先气后，“理是本”，只能从理的角度去理解气。这样，精神性的理成了第一性的，而物质性的气则成为第二性的，思维与存在互相倒置。
由于理是本，理先于气而存在，所以，朱熹又说：“气虽是理之所生，然既生出，则理管他不得。如这里寓于气了，日用间运用都由这个气，只是气强理弱。”[8]这是理生气的主张。气是多样复杂的，变化的，但气最终是从理中产生的，这就是朱熹理一元论的本体论。
总之，朱熹坚持理本气未的观点。这种理气倒置的唯心主义思想决定了朱熹以颠倒的形式看待个别与一般的关系。他说：“论万物之一原，则理同而气异；观万物之异体，则气犹相近，而理绝不同。”[9]事物具有多样性的原因在于理不相同，而事物多样性的统一，是因为万物理同。所以他又说：“只是此一个理，万物分之以为体。”[10]理分才有事物的多样性，理一决定了事物的统一性。由此可见，事物的多样性及其统一性最后决定于理，理不是事物本身所固有的规律，不是物质的一般，而是抽象的一般，这就把一般从个别中分离出来，使其成为高居具体事物之上而又主宰事物发展变化的神化了的绝对。
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