应用SOPMA软件对TIR 1蛋白的氨基酸二级结构进行了分析，推导结果表明TIR 1蛋白由53.23%的α-螺旋（alpha helix）、12.07%的延伸链（extended strand）、2.89%的β-转角（beta turn）和31.8%的随机卷曲（random coil）组成。α-螺旋与随机卷曲是该蛋白所占比重最大的结构元件，且α-螺旋、延伸链、β-转角和随机卷曲均匀分布于蛋白质序列中（见图4-5）。
图4-4 百子莲TIR 1基因编码序列及推导蛋白的氨基酸序列
图4-5 TIR1蛋白二级结构特征
应用I-TASSER软件对蛋白的三级结构分析也证明其TIR1蛋白具有较多的α-螺旋结构[见图4-6（a）]，且α-螺旋、延伸链和随机卷曲在空间上形成一个碗状结构，可以与IAA分子进行结合[见图4-6（a），（b）]。通过ProtParam软件分析后表明TIR 1蛋白是一个亲水蛋白，其疏水性（grand average of hydropathicity，GRAVY）值为-0.092。目前TIR 1蛋白在拟南芥生长素信号转导通路中的作用机制研究得比较明确，通过STRING软件分析表明共有9个蛋白与TIR 1蛋白具有明确的互作关系，分别为：SKP1（S PHASE KINASE-ASSOCIATED PROTEIN 1），AXR3（INDOLE-3-ACETIC ACID 7，IAA7），AXR3（AUXIN RESISTANT 3），AXR6（ARABIDOPSIS THALIANA CULLIN 1，ATCUL1），ASK1（SNF1-RELATED PROTEIN KINASE 2.4，SNRK2.4），SHY2（SHORT HYPOCOTYL 2），IAA9（INDOLE-3-ACETIC ACID INDUCIBLE 9），SKP1B（ARABIDOPSIS SKP1-LIKE 2，ASK2），IAA1（INDOLE-3-ACETIC ACID INDUCIBLE）与SGT1B（见图4-7）。
图4-6 TIR1蛋白三级结构预测
（a）TIR 1蛋白三维结构 （b）TIR 1蛋白与IAA结合的三维结构图（白色箭头：IAA）
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图4-7 TIR1蛋白互作网络
图4-8 TIR1氨基酸序列同源性比较
分析的TIR 1分别来自葡萄（Vitis vinifera，XM_002271376），二穗短柄草（Brachypodium distachyon，XP_003579653.1），高粱（Sorghum bicolor，XP_002447719.1），玉米（Zea mays，NP_001136608.1），水稻（Oryza sativa Japonica，NP_001052659.1），毛果杨（Populus trichocarpa，XM_002321300.1），（Nicotiana tabacum，GQ249408.1），龙眼（Dimocarpus longan，GQ870264.2），柑橘（Citrus trifoliate，FJ502240.1），陆地棉（Gossypium hirsutum，DQ659621.1），桃树（Prunus persica，JN865251.1），拟南芥（Arabidopsis thaliana，NM_116163.3）
将克隆得到的TIR 1基因CDS序列及编码的蛋白与NCBI数据库中其他物种TIR 1序列进行比对分析。结果表明百子莲TIR1推导蛋白序列与其他植物物种具有较高的同源性，同源性最高的是葡萄（Vitis vinifera，XM_002271376），可达78%，与其他物种的序列同源性也在50%以上（见图4-8）。为了研究TIR1蛋白与其他植物TIR1分子进化关系，利用MEGA 5软件构建了百子莲TIR1蛋白与其他11种TIR1蛋白已知序列物种的系统进化树。结果表明，百子莲TIR1蛋白最早与葡萄（Vitis vinifera，XM_002271376）聚合为一组，说明它们具有较近的亲缘关系，而与其他植物进化关系相对较远（见图4-9）。
图4-9 植物中TIR1蛋白系统进化关系
分析的TIR 1分别来自葡萄（Vitis vinifera，XM_002271376），二穗短柄草（Brachypodium distachyon，XP_003579653.1），高粱（Sorghum bicolor，XP_002447719.1），玉米（Zea mays，NP_001136608.1），水稻（Oryza sativa Japonica，NP_001052659.1），毛果杨（Populus trichocarpa，XM_002321300.1），（Nicotiana tabacum，GQ249408.1），龙眼（Dimocarpus longan，GQ870264.2），柑橘（Citrus trifoliate，FJ502240.1），陆地棉（Gossypium hirsutum，DQ659621.1），桃树（Prunus persica，JN865251.1），拟南芥（Arabidopsis thaliana，NM_116163.3）
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