晦庵继续伊川的思想。主张理气二元说，且以周子的太极，明断为理。惟晦庵所说的理，如蔓延于宇宙等，业已不说，乃与气相对的理，与太极为同一物。太极能分析一切万象而显其根柢，太极就是理，故晦庵说道：“只是一个理而已，因其极致，故曰太极。”（语录一一）太极与理，不过看起来似乎二样，显出万物的根柢时，称为太极。若理与气相对时，就称为理。晦庵的意，以为“宇宙一切现象，皆由于理气之合成而成。人物之生也，必禀此理以成其性，必受此气以成其形，性与形为有所必然的”。（学的上七十）“惟理与气非分离而存在。无此气时，理无挂搭之处。无此理时，气不能成形。故无无气之理，亦无无理之气。”（语类一一）更进而论理气作用的区别：“理为形而上之道，为万物所以生之原理；气为形而下之器，率于理而为鋳型之质料。”（学的上七十）“气之自身，不能运动。必待理之指向，始能流行。”（语类一一）“故理与气不可以时之前后论。”（语类一参考）晦庵颇信天地有始说，与《太极图说》，谓：“无天地时，只是理而已。”（语类一二）这句话简直的讲，就是有此理便有此天地，其思想似乎稍有缺憾。惟从大体上讲，理与气当然不能以时之前后论。不过理为根本的，气为附随的，故有人问理与气如何？晦庵答道：“有此理便有此气，但理是本。”（语类一二）“不过理并非别为一物，是仅存在于气之中而已。”（语类一一）晦庵理气的观念，与西洋近世哲学家所倡导的实在与现象不相同，乃理气的二元相结合，而成个个现象，不过理对于气而为根本的。
“理散在万物，然可统一，此为万物一原之所。”（学的上七十）“从万物殊别的方面观之，则理想不同。”（同上）故理者一而已，从这方面看理时，晦庵大都称之为太极，说道：“人人一太极也，物物一太极也。合而言之，则万物体统于一太极；分而言之，则一物各各具一太极。”（学的上六十八）一太极分布于万物，而一物的太极，与原始的太极，并无分别，说道：“一粒之粟，生而为苗，苗便生花，花便结实，又成粟而还复于本形。一穗有百粒，每粒个个完全。又将这百粒种时，一粒又生百粒。生生只管不已。其初只是从这一粒分去。与此相同，物物各有理，总而只是一理。”（语录一四）可知太极为一而多者。如禽、兽、草、木虽有许多差别，然理只是一个，晦庵说道：“外而至于人，则人之理不外于己也。远而至于物，则物之理不异于人也。极其大，则天地之运，古今之变，不能外也；尽于小，则一尘之微，一息之顷，不能遗也。是乃上帝所降之衷，烝民所秉之彝，刘子所谓天地之中，夫子所谓性与天道，子思所谓天命之性，孟子所谓仁义之心，程子所谓天然自有之中，张子所谓万物之一原，邵子所谓道之形体者。”（学的上七十二）这可以见到晦庵所谓：“太极，就是一的意思。不但是共遍的理如此，就是个别具体的理亦如此，就是不仅限于一物的理。”（语录一二）不过晦庵所说的太极，能否完全实现于各物，是不可不研究的。
理不能完全实现于各物，以气不同的缘故，晦庵说道：“以理言之，则无不全，以气言之，则不能无偏。”（学的七十一）“理虽无差别，而气有种种之别，有清爽，有昏浊，难一一枚举。”（语录二四十六）这就是万物差别的缘故，“不过一一皆有太极，其状恰如宝珠之在水中。在圣贤之中，则如在清水中，其精光自然发现。其在至愚不肖中，则如在浊水中，非澄去泥沙，其光不可见。”（语录二四十七）这不但是人类间有如是差别，就是人与物的差别，亦不过因气的关系。取周子的宇宙论一观，就可明白，说道：“得其气精英者为人，得其渣滓者为物，生气流行，一滚而出，初不道付其全气与人，减下一等与物也，但禀受随其所得，物固昏塞矣，而昏塞之中，亦有轻重。”（语类九十四十五）
太极为天地万物所发生的原理，太初混沌无差别，气动而生阳，静而生阴，而后生水、火，又生木、金、土，二气五行既具，而万物以生以化。得其精的就是人，得其粗的就是物，精的种类很多，粗的种类亦很多，所以人物的数目，不可胜数。二气五行所生的理起初具备于太极中，惟太极存在于上边，又存在于五行的上边，这五行和阴阳与太极合化以生物，而性全具，性就是太极，其余与周子相同。晦庵又深信气化的事，说道：“气化是当先一个人无种自生来底，形生，却是有此人，后生来底。”（语录六三）正不但过去的情形如是，虽现在的情形，亦可以深信由二五而气化行动的事，如风即是。
“天为气之清轻者，地为气之重浊者，天一昼一夜行九十余万里，颇为迅速，地凝在于中间而不落。天与地毕竟是阳气与阴气，即由于太极之动静而成：纬星是阴中之阳，经星是阳中之阴，盖五星皆是地上木、火、土、金、水之气，上腾结成者。经星为阳气之余凝结而受日光者，经星闪铄开关，其光不定，纬星不然，纵有芒角，其本体之光，亦不自动。”这并非是晦庵的创说，前横渠已有此思想，大概为横渠以前所原有之天文论。
晦庵以宇宙间为阴阳二气的屈伸往来，说道：“天地间无两立之理，非阴胜阴，则阳胜阳，无物不然，无时不然。寒暑昼夜，君子小人，天理人欲，皆然。”（语录六二）“天地之中间，此气升降上下，分而为六层。十一月冬至由下面第一层生起，直到第六层之上，极而至天，是为四月。阳生既足，更为消欲，下面阴气便生。只是这一气升降循环不已，往来于六层之中。”（语录六一）这思想前康节亦早已有过。其他雨、露、风、雷的缘起，皆以阴阳说明，康节横渠亦早已有过此说。关于鬼神的见解，出于横渠，说道：“草木发生即是神，凋残衰落即是鬼。人自少至壮，是神，衰老是鬼。鼻息呼是神，吸是鬼。屈伸往来，是阴阳二气，自然如此。气之方来皆属阳，是神，气之反皆属阴，是鬼。日午以前是神，午以后是鬼。天地造化，皆未尝不是鬼神。”（语录七二）晦庵又以宇宙间，只以一气为基础，而颇信人心能感通，说道：“父祖皆只一气，极其诚敬，则自然感通。”（语录七二）这就是赞同谢上蔡“祖考精神，便是自家精神”的说话。
以上诸说，并非晦庵所创造，惟既可见其智识的纯驳，复可见其理气二元的怎样应用。晦庵以宇宙间阴阳二气的存在为道，而此二气实具备于太极，说道：“太极不离阳阴而为言，亦不杂阴阳而为言。”（语录一二）气聚而成形，散而失形，而太极或见或不见。恰如月影之映于盆水，盆水除则月影消失，复则见。月影如太极，盆水之除复，如气之散聚。
附晦庵说：
所谓理与气决是二物，但在物上看，则二物浑沦，不可分开，各在一处，然不害二物之各为一物也；若在理上看，则虽未有物，而已有物之理，然亦但有其理而已，未尝实有是物也。（答刘叔文）
理气本无先后之可言，然必欲推其所从来，则须说先有是理。然理又非别为一物，即存乎是气之中，无是气，则是理亦无挂搭处。（语类）
天地之间，有理有气，理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形。（答黄道夫）
气则能凝结造作，理却无情意，无计度，无造作。只此气凝聚处，理便在其中。且如天地间人、物、草、木、鸟、兽，其生也莫不有种，定不会无种了，白地生出一个物事，这个都是气。若理则只是个洁净空阔底世界，无形迹，他却不会造作，气则能酝酿凝聚生物也。（语类）
气则为金、木、水、火，理则为仁、义、礼、智。（同上）
太极只是一个理字。（语类）
太极非是别为一物，即阴阳而在阴阳，即五行而在五行，即万物而在万物，只是一个理而已。因其极至，故名曰太极。（同上）(www.xing528.com)
未有天地之先，必竟也只是理，有此理便有此天地，若无此理，便亦无天地。无人无物，都无赅载了，有理便有气流行，发育万物。（同上）
太极只是天地万物之理。在天地言，则天地中有太极；在万物言，则万物中各有太极。未有天地之先，毕竟是先有此理。动而生阳，亦只是理；静而生阴，亦只是理。（同上）
万物之生，同一太极者也，而谓其各具，则亦有可疑者。然一物之中，天地完具，不相假借，不相陵夺。（周子全书跋）
或问曰：“一理之实，而万物分之以为体，故万物各具一太极，如此说则太极有分裂乎？”朱子答之曰：“本只是一太极，而万物各有禀受又各自全具一太极尔，如月在天，只一而已。及散在江湖，则随处而见，不可谓月分也。（语类）
论万物之一原，则理同而气异。观万物之异礼，则气犹相近而理绝不同也。气之异者，纯驳之不齐；理之异者，偏全之或异。（答黄商伯）
若论本原，则有理然后有气，故理不可以偏全论；若论禀赋，则有是气然后理随以具。故有是气则有是理，无是气则无是理，是气多则是理多，是气少即是理少，又岂不可以偏全论耶？（答赵致道）
昼夜运而无旦，便是阴阳之两端。其四边散出纷扰者，便是游气。以生人物之万殊，如面磨相示，其四边只管层层散出。天地之气，运转无已，只管层层生出人物。其中有粗有细，如人物有偏有正。（语类）
太极如一本身上，分为枝干，又分而生花生叶，生生不穷，到得成果子，里面又有生生无穷之理，生将出去，又是无限太极，更无停息。只是到成果实时，又却略少歇，也不是生到这里，自合少止，所谓：“终始万物，莫盛乎艮！”艮止是生息之意。（语类）
或问天地会坏否？曰：“不会坏，只道相将人无道极了，便一齐打合混沌一番。人物都尽，又重新起。（语类）
或问天地坏也不坏？曰：“既有形气，如何不坏！但一个坏了，便有一个生得来。”（同上）
天地始初混沌未分时，想只有水火二者，水之滓脚便成地。今登高而望，群山皆为波浪之状，便是水泛如此，只不知因甚时凝了？初间极软，后来方凝得硬。（语类）
或问生第一个人时如何？曰：“以气化，二五之精，合而成形。释家谓之化生，今物之化生者甚多，如虱然。”（同上）
生物之时，阴阳之精，自凝结成两个。盖自气化而生，如虱子自然爆出来。既有此两个，一牝一牡，后来却从种子渐渐生去，便是以形化；万物皆然。（同上）
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