有了一架可以放大至1000倍左右的显微镜，看细菌是便当的事了。只需将那有菌的东西，挑下一点点涂于玻璃薄片上，和以一滴清水，放在镜台上，把镜筒上下旋转，把眼睛搁在接目镜上一看，镜中自然隐约浮出细菌的原形来。
但是，这样看法，就好像半夜醒来，睡眠迷离中，望见天空烁烁灼灼，忽明忽昧的星河星云，看得太模糊恍惚了。
自柯赫先生引用了染色法以来，细菌也施紫涂朱，抹黄穿蓝盛装艳服起来，显得格外分明鲜秀。
后来的细菌学家相继改良修进，革兰先生发明了阴阳染色法齐尔、尼尔森两先生发明了抗酸染色法，于是细菌经过洗染之后不仅轮廓明显，内容清晰，而且可做种种的分类了。
就其轮廓而看，细菌大约可分为六大类：一为像菊花似的“放线菌”，二为像游丝似的“丝菌”，三为断干折枝似的“枝菌”（即分枝杆菌），四为小皮球似的“球菌”，五为小棒子似的“杆菌”六为弯腰曲背的“弧菌”。那第六类，有的多弯了几弯，像小小螺丝钉，又叫作“螺旋菌”。
这些细菌很少孤身漂泊，都爱成双结对，集队合群地到处游行。球菌中，有的结成葡萄般的一把一把数十百个在一起，名为“葡萄球菌”，有的连成珠儿般的一串一串，有短有长，名为“链球菌”，有的拼成豆、栗子、花生般的一对一对，名为“双球菌”，有的整整四个做成一处，名为“四联球菌”，有的八个叠成立方体，名为“八叠球菌”。(www.xing528.com)
杆菌中，有的竹竿儿似的一节一节；有的拥有马铃薯般的胖胖的身躯；有的大腹便便，身怀芽孢；有的芽孢在头上，身像鼓槌；有的两端肿胀，身似豆荚；有的身披一层荚膜；有的全身都是毛；有的头上留有辫子；有的既有辫子，又有尾巴；长长短短，有大有小。
细菌都有点阴阳怪气，有的阴盛，有的阳多，有的喜酸性，有的喜碱性。若用革兰先生的染料一染，点了碘酒之后，再用火酒来洗，有的就洗去了颜色，有的颜色却洗不去了。洗去的就叫作“阴性革兰氏球菌”及“阴性革兰氏杆菌”；洗不去的就叫作“阳性革兰氏球菌”及“阳性革兰氏杆菌”哩。这阴阳两大类的球菌和杆菌，所以别者，皆因其化学结构及物理性质有所不同，换言之，即它们生理上的作用，是不一样的呀。
有一类分枝杆菌，如著名的结核杆菌，满身都是油，很不容易染色，后来齐先生和尼先生，把它放火上烘，烘得油都化走了，于是一经染色，就是放在酸汁中浸，也洗不退，这就是抗酸染色，这一类杆菌，又被称为抗酸杆菌了。
染色之道益精，菌身的内容益彰。细菌身上或有芽孢，或有荚膜，或有鞭毛。前文已经隐隐提出。芽孢用以传种，荚膜用以自卫，鞭毛用以游动。
除此之外，孢中并非空无一物，有说还有孢核，有说还有色粒，连细菌学家，都还没有一律的主见，我们俗人，不管这个。
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