这是一个平淡，但是在拜仁历史上却不得不被提起的赛季。作为德甲上届冠军，拜仁在新赛季的投入并不是很大，825万欧元从勒沃库森得到了后卫罗伯特·科瓦奇，又从汉堡买来了他的哥哥尼科·科瓦奇，前场方面拜仁如愿得到了22岁的秘鲁前锋皮萨罗。而为拜仁上赛季夺取联赛冠军完成神奇一射的后卫安德森则加盟了巴塞罗那。继1999—2001年德甲三连冠之后，拜仁的目标是成为德甲联赛中第一支四连冠的球队。
理想是美好的，现实是残酷的：德国联赛杯中拜仁0比1输给了柏林赫塔；而在联赛首轮，拜仁作客门兴，面对当时仅是升班马的门兴，拜仁0比1失利；接下来在欧洲超级杯中，拜仁在摩纳哥对阵利物浦又以2比3失利。好在这三连击并没有让拜仁倒下，从2001年11月初，拜仁开始重返积分榜榜首；11月底，拜仁又在丰田杯中经过加时赛1比0击败了博卡青年队，举起了丰田杯的冠军。常规时间两队都没有创造出太多的机会，而到了加时赛拜仁后卫库福尔一击致命，拜仁最终举起冠军奖杯，也真正地成为了“王中王”。不过了解欧洲豪门的人都知道，丰田杯杯这样的荣誉，对很多欧洲球队来说多少显得有些鸡肋，远远没有欧冠冠军那样名利双收。
远征的拜仁还是消耗了太多的精力，这使得他们难以保持非常稳定的竞技水准，于是拜仁出现了一个少见的低潮期：从联赛第13轮客场0比1负于不来梅开始，拜仁接下来又在主场0比0战平纽伦堡，客场1比2负于柏林赫塔，主场3比3战平沃尔夫斯堡，客场0比1负于罗斯托克，主场0比0战平门兴，到第19轮耻辱性地1比5输给沙尔克04为止，拜仁经历了7轮不胜的尴尬，球队排名也从第一降到了第五，这使得希斯菲尔德第一次在拜仁遭遇信任危机。
虽然拜仁此后在主场2比0击败了勒沃库森，但这却并不是转折的标志，因为接下来的这场失利，足以载入拜仁史册——刚刚夺得丰田杯冠军的拜仁客场1比2输给了升班马圣保利。圣保利只是汉堡的一个区，面积2.4平方公里，人口不足3万，但就是这样一支球队，愣是在开场就打进了两球，虽然萨尼奥尔在比赛结束前扳回一球，但拜仁还是以1比2告负。但故事还没有完，这场比赛之所以能被载入德甲史册，是因为在比赛结束之后，圣保利俱乐部连夜赶制了一批T恤，T恤上印着的字样是“丰田杯冠军的战胜者”，而这些T恤竟然脱销，成为反拜仁球迷的最爱。对于拜仁而言，这场比赛是一场深刻的教训，即使贵为丰田杯冠军，如果不能正视对手，也会输给升班马。
戏剧性的是，赛季结束之后，圣保利竟然降级了，降级了还不算，竟然还走到了破产的边缘。2003年7月11日，圣保利又邀请拜仁来踢了一场“丰田杯冠军对丰田杯冠军的战胜者”的慈善比赛，硬生生地挺过了危机。好笑的是，来踢比赛的拜仁穿了一件胸口印有Retter字样的T恤，Retter意为“拯救者”，作为对上一件T恤的回应。
此后拜仁渐入正轨，但因为联赛中期欠债太多，最终只得到了联赛第三，排名前两位的是斥资引援的多特蒙德与托普穆勒执教的勒沃库森。拜仁整个赛季输了6场球，这比夺冠的上个赛季还少输了3场。在这个失意的赛季中，拜仁唯一的亮点是门将卡恩，卡恩整个赛季只丢了23球，创造了拜仁单赛季丢球最少的纪录。(www.xing528.com)
作为欧冠卫冕冠军，拜仁的表现只是差强人意。第一阶段小组赛中，拜仁与莫斯科斯巴达、费耶诺德和布拉格斯同组，几乎毫无悬念地以小组第一的身份进入了第二循环小组赛。在第二阶段，拜仁遭遇老对手曼联、葡萄牙的博阿维斯塔和法国的南特，拜仁与曼联携手出线，由于拜仁主场1比1战平了曼联，客场0比0与曼联互交白卷，因此根据相互之间的战绩，曼联排名小组第一，而拜仁则屈居第二。
拜仁在四分之一决赛的对手是拥有齐达内的皇马，主场作战的拜仁在先丢一球的情况下最后8分钟连进两球，2比1逆转了皇马；但主场丢球也让拜仁背上了沉重的包袱，客场再战时拜仁无力撕开对手的防线反被皇马两球得手，遗憾地以0比2输掉了比赛，总比分2比3止步八强。这也是拜仁在保持了欧冠19场不败之后的首场失利。拜仁的老冤家勒沃库森倒是一路杀进了决赛，不过最终也未能闯过皇马这一关，巴拉克领衔的勒沃库森最终只获得了欧冠、德甲联赛和德国杯的三亚王。
这注定是拜仁一无所获的一个赛季，德国杯的梦想早在一个月前就已经破灭了，杀进了四强的拜仁对阵的对手是沙尔克04，两队激战了120分钟，最终拜仁0比2告负，沙尔克04在决赛中击败勒沃库森夺冠。
从冠军联赛冠军迅速沦落到一无所获，虽然有一个丰田杯冠军遮羞，但这依然是一个需要拜仁警醒的赛季。拜仁主帅希斯菲尔德后来在回忆这个赛季的时候说：“在上赛季夺得了欧冠冠军之后，球员不可避免地在本赛季出现了一些松懈，这种精神上的松懈，是技战术层面所无法弥补的。”
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