1897年10月17日，德国人马宁成立了南德意志足球协会。虽然叫南德意志足球协会，但这个协会却缺少在慕尼黑的会员。当时，慕尼黑已经有一些足球俱乐部了，比如慕尼黑体育俱乐部，但它们却拒绝加入该足球协会，这使南德意志足球协会处在一种相当尴尬的境地中。
马宁找到了自己的朋友柏林人弗朗茨·约翰，后者是慕尼黑体育俱乐部的一员，但他的想法与慕尼黑体育俱乐部的短视不同，却与马宁的理念一拍即合。于是，1900年2月27日，在慕尼黑当地一家名为吉塞拉的餐厅中，约翰率领11名前慕尼黑体育俱乐部的成员组建了拜仁慕尼黑俱乐部。在拜仁的创始名单上，总计有17人的签名，而拜仁也成为最早加入南德意志足球协会的慕尼黑俱乐部，约翰则理所当然地成为了拜仁俱乐部的第一任主席。
在创建后的短短几个月中，拜仁就以大比分战胜多个同城竞争对手，一举杀入了1900—1901赛季南德足球锦标赛的半决赛。
出于经济上的考虑，同时也为了解决球场的问题，在1906年1月1日，拜仁慕尼黑俱乐部决定与慕尼黑人体育俱乐部合并，但仍保持各自的独立性。合并后俱乐部唯一的要求就是球员要穿着慕尼黑人体育俱乐部的球衣——红色的短裤、白色的上衣，红色依然是拜仁的主色调。
在接下来的几年中，拜仁获得了多个当地联赛的冠军奖杯，并于1910—1911赛季加入了当地新创建的联赛——“Kreisliga”（地区联赛），这也是巴伐利亚州的第一个地区级联赛。拜仁获得了第一年联赛的冠军，不过直到1914年第一次世界大战开始以前，拜仁才再次获得了该项赛事的冠军。第一次世界大战中，德国所有的足球赛事都陷入停顿。
拜仁成立证书原件，上有初始会员名单。
截至1920年，拜仁已有700名会员，成为慕尼黑地区最大的足球俱乐部，并且一直延续到今天。1926年球队赢得了德国南部冠军。1927年4月3日，拜仁在一场友谊赛中2比1击败了乌拉圭冠军佩纳罗尔，鉴于乌拉圭足球在当时足坛的影响力，这场胜利引发了不小的轰动。
1932年，拜仁2比0击败法兰克福，第一次夺得全国冠军。当时拜仁是以东南部的亚军名次获得晋级资格的，而晋级之后的拜仁所要面对的是有16支球队参加的德国冠军争夺战。比赛采用单败淘汰的形式，拜仁首轮遭遇的对手是柏林队，拜仁4比2轻松取胜，四分之一决赛的对手是东德劲旅开姆尼茨，客场作战的拜仁3比2惊险晋级。
半决赛拜仁的对手是老牌德甲冠军纽伦堡，比赛在中立场地曼海姆进行，拜仁2比0取胜。而另一场比赛，法兰克福在德累斯顿2比1击败了沙尔克04，与拜仁会师在纽伦堡进行的决赛。其间不少拜仁死忠骑着自行车赶到纽伦堡为球队加油助威。拜仁的功臣是罗尔和克鲁姆，两人在第36分钟和第75分钟各进一球。当时拜仁的明星球员有海德卡夫和布莱德尔。而球队的主教练、按摩师、组织者和经理都由理查德·多姆比一人担当。夺冠后的拜仁球员是坐在敞篷马车上游街欢庆的，而这一传统一直延续至今，不过当年的敞篷马车已经变成了如今的敞篷汽车。
20世纪30年代，纳粹主义统治了整个德国。身为犹太人的球队主席以及教练只好逃离德国，许多球员也遭到清洗，人们嘲笑拜仁是“犹太人的俱乐部”。被定性为半职业俱乐部的拜仁也因而无法参加全国性的联赛，在当地联赛中仅仅排名中游。
第二次世界大战期间，德国足球陷入了停滞不前的尴尬境地。由于过去具有犹太背景，拜仁在这方面受到了很多歧视。会员、球员和观众的数量急剧下降。在之后法西斯独裁的12年中，拜仁失去了在德国足坛的顶尖地位，在德国各球队的排名中下降到第81位。1944年7月，拜仁失去了自己的主场，一颗炸弹摧毁了拜仁的办事处，这无疑是拜仁历史上最黑暗的一刻。根据俱乐部的编年史，有56名拜仁球员在战争中失去了生命，其中包括国脚约瑟夫·贝格迈尔和弗兰茨·克鲁姆，还有大量会员失踪。
这时，拜仁展现了强大的团队精神，在1945年4月23日，第二次世界大战结束的前几天，拜仁以3比2战胜了慕尼黑1860。在极其困难的战争年代，在拜仁长期担任队长的孔拉德·海德坎普为聚集球队日夜操劳。第二次世界大战结束后的1945年5月8日，拜仁球员就已经重新聚集，但他们在首场比赛中3比4不敌同城对手瓦克俱乐部。
1957年12月29日，在42000名球迷的注视下，拜仁在满座的奥格斯堡罗瑟瑙体育场，由队长约普斯特带领，以1比0击败了杜尔塞多夫，第一次夺得德国足协杯。但在这之后，球队陷入了低谷。1962年，维尔赫姆·诺伊德克开始经营球队。但球队在1963年就遭受了一个打击，在新成立的德国足球甲级联赛中，没有出现拜仁的名字。1963年，所谓的高级联赛和其他几个联赛被整合为德国足球甲级联赛，一共有5支高级联赛中的队伍加入了新组建的德甲联赛，它们分别是：慕尼黑1860（1963年南部冠军）、纽伦堡（1963年南部亚军）、法兰克福（1963年南部第四）、卡尔斯鲁厄（1963年南部第五）、斯图加特（1963年南部第六）。
拜仁在那一年获得了南部高级联赛的第三名，但是由于德国足协规定，一个城市只能有一支球队参加德甲，所以拜仁就只得和其他10支球队一起去了地区联赛。塞翁失马，焉知非福。尽管时任拜仁主席的威廉·诺伊德克非常不满，但参加低级别联赛却给了拜仁喘息的机会。面对不稳定的经济形势，拜仁不幸从南德最高级别的联赛中降级，不得不采取紧缩的财政政策，这迫使拜仁与一些高薪球员解约，转为依靠自己培养的巴伐利亚本土新生力量，并开始重视自己的青训。至此，一批年轻球员，如弗朗茨·贝肯鲍尔、塞普·迈耶和盖德·穆勒，逐渐走向前台。(www.xing528.com)
意志坚定的企业家诺伊德克为拜仁建立起了专业体系，聘请罗伯特·施旺作为德国足球界首位职业经理，并任命南斯拉夫功勋教头柴可夫斯基为球队的主教练。虽然经过大规模的革新，但拜仁却输给了普鲁士诺因基兴，第一次升级的努力宣告失败。
在1964—1965赛季里，拜仁统治性地赢得了南德地方联赛的冠军，并在升级赛中处于榜首，最终升入德国足球甲级联赛。为了答谢球迷一直以来的支持，拜仁主席诺伊德克实现了自己的承诺——在拜仁升级之后和500名拜仁球迷围着特格尔恩湖游行庆祝。
1932年决赛，身着黑色球衣的拜仁球员与法兰克福球员争顶头球。
众所周知，拜仁是一支崇尚攻势足球的球队，德甲改制以来，拜仁有总计21个赛季成为德甲攻击力最强的球队。在拜仁升级的这个赛季，拜仁在南德地方联赛中的表现之所以被称为“统治性的”，从得失球数就可见一斑——拜仁打进了146球，仅仅丢了32球，净胜球114个，这与竞争对手完全不是一个重量级的。
升级之后的拜仁立刻展现出了超群的实力。1965—1966赛季，慕尼黑1860成为德甲冠军，但这个赛季带给人们更多惊喜的是拜仁，后者打出了精彩的攻势足球，最终名列第三。在此后相当长的时间里，拜仁都被称为“最强大的升班马”。
1966年，拜仁夺得了德国杯。在接下来的一个赛季中，拜仁又在欧洲优胜者杯决赛中以1比0击败了格拉斯哥流浪者夺得了冠军，这是拜仁所获得的第一个欧洲冠军。1966—1967赛季，拜仁在德国杯决赛中4比0击败了汉堡卫冕成功。但更让拜仁球迷高兴的是，球队在半决赛中3比1击败了同城死敌慕尼黑1860。
此后拜仁的成绩稳步上升，1968—1969赛季，拜仁在主教练泽贝克的率领下，夺得了历史上的第一个双冠王。而这个冠军，也是德甲改制后拜仁所夺得的第一个联赛冠军。最终拜仁以领先排名第二的亚琛8分的优势夺冠。在2分制度的时代，8分的差距实际上是相当大的。那个赛季，拜仁打进了61球，丢31球，是该赛季德甲进球最多、丢球最少的球队，而当时德甲中并没有像如今拜仁这样的巨无霸，从第2名到第18名，每支球队的失利场次都达到了两位数，而拜仁那个赛季只输了6场球。
图中从左至右依次为：年轻时的盖德·穆勒，弗朗茨·贝肯鲍尔，塞普·迈耶。
接下来的几个赛季，拜仁都遭遇到了门兴格拉德巴赫强有力的挑战。1970年3月，在贝肯鲍尔的推荐下，35岁的拉特克接替泽贝克成为拜仁的主教练。虽然拜仁此后强势反弹，但门兴格拉德巴赫还是在1970年和1971年两度夺得德甲冠军。
此后拜仁进入了第一个全盛时期，1971—1972赛季，拜仁在拉特克的率领下14场不败，最终在2分制的情况下夺得了55分，而盖德·穆勒则在一个赛季打进了40球，这些都创造了德甲联赛的新纪录。而更为惊人的是，拜仁整个赛季打进了101球，其中联赛第16轮主场11比1重挫多特蒙德，更成为拜仁历史上永恒的经典战役。
1972—1973赛季，拜仁从联赛首轮就开始领跑，到联赛第34轮为止，一直稳坐积分榜的榜首。但欧洲俱乐部冠军杯（以下简称"冠军杯"）中，当拜仁遭遇了克鲁伊夫所率领的阿贾克斯时，年轻的拜仁还无法抵御全盛时期的对手。阿贾克斯在四分之一决赛中淘汰了拜仁之后，又在半决赛中淘汰了皇家马德里，并最终在决赛中击败尤文图斯，实现了冠军杯三连冠。
1969年拜仁在联赛夺冠时的主力队员。后排左一贝肯鲍尔、后排左二盖德·穆勒、前排左二迈耶、前排左三泽贝克。
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