蔡元培在其早期办学期间就致力于创建各类教育团体，以求汇聚志同道合之士共同研究教育的各种问题，在其推动下，中国教育会、爱国学社等团体相继建立并在当时产生了很大影响。
蔡元培主持北京大学以后，针对学生学风不整、散漫松弛的现象，他召集学生骨干，敦劝他们发起组织各类学会，学校在经费、场地、设施等方面提供支持。在他的大力推动下，画法研究会、新闻研究会、书法研究社、体育会、哲学研究会、数理学会、化学研究会、音乐会等各类学术团体相继成立，由知名教授主持，学生根据兴趣爱好广泛参与，任情表现，表现出积极健康的追求，令北京大学的学风骤然为之改观。
蔡元培针对原来北京大学教师年年抄发旧讲义、不思进取的陋习，开创性地提出教师要在教学之外从事必要的学术研究，以求“同声相应，同气相求”，营造浓厚的学术风气，拓展教师研究问题的深度。他要求自然科学、社会科学、文学、国学等各学科成立相应的研究所。以最先办起的国学研究所为例，胡适、刘半农、周作人等定期举行学术讨论，根据研究所得分别作了《论短篇小说》《中国之下等小说》《日本近代小说的发展》等报告。蔡元培创设研究机构的主张，使一直以来仅以完成教学为任务的中国大学增加了科学研究的任务。
为引起学术论辩，活跃交流氛围，蔡元培开办了《北京大学日刊》，除发布校内新闻消息、规章制度外，还刊登师生建议并发表学术论文；刊印《北京大学丛书》，分批出版了北京大学数名大师的学术专著；1918年秋，由蔡元培提议创办的《北京大学月刊》更是成了我国最早的大学学报，在创刊词中，他系统阐发了学术自由之宗旨。(www.xing528.com)
1917年年底，蔡元培还与其他学校校长们组织了“学术讲演会”，定期组织讲演活动，以“传布科学，引起研究兴趣”。
蔡元培的一系列举措极大地促进并提升了北京大学的学术风气，促动了全国教育的研究之风。史学家吕思勉曾评述说：“从此以后，研究学术的人，才渐有开口的余地。专门的高深的研究，才不为众所讥评，而反为其所称道。后生小子，也知道专讲肤浅的记诵，混饭吃的技术，不足以语于学术，而慨然有志于上进了。这真是孑民先生不朽的功绩。”[16]
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