一是教育部制订的教育宗旨、颁布的一系列法令得到大学的高度认同并得到较好的落实。这一时期教育部颁布的《专门学校令》和《大学令》等关于普通教育和高等教育的法令有数十项，内容涉及大学教育宗旨、学制系统、各类大学设置条件、校长选任、大学内部管理体制、学科专业设置、招生条件、学生管理、教师待遇等内容，基本上解决了大学是“什么样子”的问题。这些法令体现了新建立的民国破旧革新的历史任务导向，充分借鉴了当时国外先进的教育管理思想和实践办法，符合教育的规律要求，体现了教育发展的潮流。这些法令给转型之后处于起步阶段的新式大学以重要的遵循和指导，各项法令在大学内部得到了较好的实施，校长群体也展现出高超的治理才华，将教育部的法令精神较好地引入办学实践，并取得了显著成就。这是教育部与大学之间关系默契的一个重要体现。
二是两者都认同教育独立思想，教育部给予大学很大的尊重，大学的学术自由精神得到了维护，大学在很大程度上实现了对内部事务的“自治”。关于大学性质与大学对内部事务自治，在当时的教育部、大学和社会也是有一定思想基础的，由“行家”们主持的教育部对高校给予了充分的尊重。在大学与政府和社会的关系上，蔡元培任教育总长时期即主张教育独立，认为“教育事业不可不超然于各派政党以外，不可不超然于各派教会以外”[9]。在任教育总长期间，蔡元培在其撰写的《对于教育方针之意见》中开宗明义地将教育分为“隶属于政治”和“超轶于政治”两种，进而提出了教育独立之思想。教育部出台的许多政策规章都体现了蔡氏教育独立的主张。首先是教育家办教育。认为“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人造成一种特别器具，给抱有他种目的的人去应用的。所以教育事业当完全交与教育家”[10]。其次是教育应脱离政党、宗教而独立。他认为政党强调“群性”，更迭频繁，急于“近攻”，无法考虑长远。宗教则保守排它，进而提出教育应超然于政党与教派之外。再次是教育经费独立。教育经费由政府划拨，由学校进行分配使用，而不能被擅自作为他用。教育部颁布的法令对高等教育的管理多作原则性的规定，具体操作由各校自行裁量，教育部与高校之间相向而行，教育部给大学以自由空间。1914年12月，北洋政府教育部颁布的《整理教育方案草案》第一条就强调：“变通从前官治的教育，注重自治的教育”，“教育本为地方人民应尽之天职，国家不过督率或助长之地位”。
学校校风各异，办学思想显示出不同的特色，课堂教学中经常出现我们今天看来似乎无法容忍的现象，但这都是学校实现其教学目标的个体行为，教育部绝不干涉。例如，1923年，北京大学部分学生主张废止考试，蔡元培认为考试好处多于坏处，学校有责任考核学生在校的学习情况，但如果学生不要文凭、不要证书，可以不考试，并公布了17名“三不”的“自绝生”名单，对此等“另类”事件，教育部并未给予干涉。高校遵循教育规律办学，各展特色，教育部对高校没有各式各样的评估、考核、评审、审批等，高校的内部事务基本是高校自治。高校内部组织形式并不是政府机构的“复制”，而是真正的学术组织，学校的招生、人才引进、经费使用等皆由高校自己裁定。
1946年，周鲠生在给胡适的信中回忆蔡元培时代的北京大学：“我们在北大的时候，尽管在军阀政府之肘腋下，可是学校内部行政及教育工作完全是独立的，自由的；大学有学府的尊严，学术有不可以物质标准计度之价值，教授先生们在社会有不可侵犯之无形的权威，更有自尊心。”[11]
三是教育部在高校与军阀政府的冲突中更多地充当了高校的“代言人”。北洋政府时期，军阀性质的中央政府与高校之间由于政府拖欠教育经费，教员工资长期不发，而导致各校办学艰辛、教员生活困难，进而在1921年爆发了以北京八校为主体的要求政府“设教育基金”和“清还积欠”为主要内容的索薪运动，并得到全国各界的普遍支持和响应。在此过程中，教育部积极从中斡旋，理解并支持高校的罢课、请愿等活动，一起与中央政府抗争。教育部对各校校长及教员因不满政府的敷衍和欺骗集体请辞之事积极奔走，极尽挽留，以最大努力恢复教育秩序。教育总长范源濂对于政府漠视教育、以平息事态为目的却实无作为的欺骗行为极为愤慨，辞职抗议。1919年6月3日，教育次长马邻翼与大中小学校长及教员一同赴总统府请愿，与守卫军警发生冲突，造成北大代理校长蒋梦麟和北大教授马叙伦、李大钊等30多人重伤、100多人轻伤的“六三”事件，更加激怒了教育界，政府与教育界的矛盾难以调和，此时，教育部傅增湘等出面调停，尽最大努力恢复教育秩序。(www.xing528.com)
针对列强对华的百般欺凌，民国初期的高校师生展示了赤诚的爱国之心，对于师生的爱国行动，北洋政府感到恐惧，采取压制甚至武力镇压。在1919年爆发的五四运动中，政府军警逮捕了数十名学生，全体学生极为愤怒，北京大学校长蔡元培竭力与警察厅交涉，设法营救，学生得以保释。中央政府要对学生进行严厉惩办，并要解散大学，教育部总长傅增湘却不肯签字，此令未得以实施，之后，蔡元培、傅增湘相继辞职。教育部次长袁希涛积极在政府与师生之间协调，因无法调停而申请辞职，后傅岳棻任次长，提出政府要撤走驻在学校的军警，教育部劝学生回校复课。后政府任命胡仁源为北大校长，任令发出后北京学界群起反对，向教育部提出“拒胡迎蔡”。而此时教育部竟慨然允诺，不仅派人南下请蔡元培回校任职，还发了一道训令，调胡仁源到教育部工作，中央政府最终妥协，后虽然蔡元培坚持拒绝，未回任校长，但教育部在五四运动自始至终积极奔走，千方百计地保护师生，理解并积极支持“拒胡迎蔡”等学界主张，都显示出民国初期部校关系的“道合”和紧密。
(二)形成教育部与大学之间的基本同向的原因
一是教育部官员及部员与大学管理者之间有着共同或相似的教育理想与家国情怀，这是两者之间的“道合”。民国初期的大学多源于清末的新式学堂，而新式学堂的创建源于救国于危亡，在于富国、强兵。政府作为新式学堂创建的主导者就是要培养出一批能够实现抵御外侮、强兵、富国、兴业的人才，彰显着明显的家国抱负与情怀，大学的主要管理者也是由政府任命或委派，以实现办学目的。民国建立后，中国社会面临的国际国内环境仍需要教育作出更大贡献，这在教育宗旨和中央政府的一系列文献中都有体现，重视教育和极力推动高等教育发展、培养高级人才是教育部与大学校长群体共同的愿望。教育部和大学的管理层在理想相似或相同的基础上“道同相谋”，在对高等教育的性质及大学如何治理上的眼界、认知等也相同，因而教育部对大学管理内部事务给予较大的自主权，大学也自觉执行教育部的一系列法令。
二是教育部官员、大学校长多为自由主义知识分子，且职务常有互易，彼此理想同道，抱负同轨，在“道高于势”的思想境界下，实际上形成了大学与教育部之间的一种“诤友”关系。对此，学者崔恒秀认为这是两个条件促成的：“一是政府对自由主义知识分子的人格和信仰有相当的敬意；二是自由主义知识分子早期历史上，政府官员和他们有天然联系，即同出一校或在同一地留学。”[12]蔡元培是民国首任教育总长，后两次出任北京大学校长。许多著名的大学教授也经常在官员和大学教授两种身份之间互换。例如，早年留学英国后归国的罗文干，曾任清政府广东审判厅厅长，1912年后历任北京政府检察厅检察长、北京大学法律教授、大理院院长、财政总长等职。1928年，罗文干应东北大学聘请到文法学院任教授；1931年，被东北大学聘为大学委员会委员；同年，任国民党政府司法行政部长；1932年，兼任外交部长；1938年，任国民参政会参政员、西南联合大学教授。汤尔和留学日本归国，后又游德，获柏林大学医学博士学位，归国后任杭州浙江两级师范校医、北京医专校长，1922年后任教育总长，等等。
三是民国初期的社会历史环境也促进了教育部与大学之间同向关系的形成。北洋政府统治时期，中央政府政权不稳，疲于应付时局，权威有限，其官员多为政客和军阀，他们将更多的精力投入聚财和与割据势力的斗争之上，对教育无暇顾及，形成了中央政府对高等教育“松控”，客观上给大学和教育部之间的“道合”与互动提供了外部条件和空间。
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