教育部初立，面对数千年来形成的封建教育思想和形式，教育立法需开新风。“今破坏已完，建设伊始，前日富于破坏之学问者，今当变求建设之学问。”[6]教育部密集发布并推行了一系列体现历史潮流和符合教育规律的高等教育法令，对包括高等教育在内的全国教育制度进行了卓有成效的改革，开高等教育之新风，对高等教育进行宏观管理，这是当时政府对高等教育进行管理的最主要内容。
这一时期的高等教育立法涵盖了学校宗旨、学制、学科、课程、制度以及教职员薪俸等方面的内容，基本上回答了“大学是什么样”的问题。比较重要的法令有如下几个。
1912年1月，教育部颁布《普通教育暂行办法》，共14条，规定学堂改称学校；教科书须合于民国的共和宗旨，禁用清学部规定的教科书；废止旧时的奖励出身制度；等等。此办法震撼了年深日久的封建教育秩序，创造了民主共和的清新之风，5月初，蔡元培通令将北京大学堂更名为北京大学校，并提名严复出任校长。
《学校规程令》(1912年9月2日)明确了学校管理学生的准则；《学校制服规程令》(1912年9月3日)规定了男女学生制服；《学校仪式规程令》(1912年9月3日)规定了各种纪念日、开学、毕业的新礼仪；《学校学年学期及休业日期规程令》(1912年9月13日)规定了学校学年学期及休业(放假)安排；等等。各级学校无论从形式上还是内容上都呈现了与清末根本不同的新面貌。
《专门学校令》(1912年10月22日)明确专门学校以教授高等学术，养成专门人才为宗旨，专门学校的种类有法政专门学校、医学专门学校、药学专门学校、农业专门学校、工业专门学校、商业专门学校、美术专门学校、音乐专门学校、商船专门学校、外国语专门学校等，明确了专门学校的定位，种类涵盖了经济和社会以及个人发展的各个领域。规定“国立专门学校统由教育部管辖”。法令根据学科对专门学校进行分类，规定地方公立专门学校和私立专门学校的设立、变更和废止均须呈报教育总长认可。法令对学生入学资格等也作了规定，但对学校内部管理的规则等未作明确规定。
《大学令》(1912年10月24日)在开篇便开宗明义地提出：“大学以教授高深学问，养成硕学闳材，应国家需要为宗旨。”并对学生入学资格、大学院生入院资格、各科之修业年限、学位授予等问题作出了规定。在涉及大学内部治理的问题中，《大学令》第十二条规定：设校长一人，总辖大学全部事务；各科设学长一人，主持一科事务；大学设教授、助教授，必要时延聘讲师。
《大学令》第十六、十七条规定，大学设评议会，以各科学长及各科教授互选若干人为会员，大学校长可随时召集评议会，自为议长。评议会审议事项：一、各学科之设置及废止；二、讲座之种类；三、大学内部规则；四、审查大学院生成绩及请授学位者之合格与否；五、教育总长及大学校长咨询事件。凡关于高等教育事项，评议会如有意见，得建议于教育总长。
《大学令》第十八、十九条规定，大学各科各设教授会，以教授为会员，学长可随时召集教授会，自为议长。教授会审议事项：一、学科课程；二、学生试验事项；三、审查大学院生属于该科之成绩；四、审查提出论文请授学位者之合格与否；五、教育总长、大学校长咨询事件。
1917年，教育部对《大学令》进行了修正：设校长一人，总辖大学全部事务；各科设学长一人，主持一科事务。其独立一科之大学不设学长。大学设正教授、教授、助教授。大学遇必要时延聘讲师。大学设评议会，以各科学长、正教授及教授互选若干人为会员。大学校长可随时召集评议会，自为议长，遇必要时，得分科议事。评议会审议事项有：一、各学科之设立、废止；二、学科课程；三、大学内部规则；四、学生试验事项；五、学生风纪事项；六、教育总长及校长咨询事件。
《大学令》明确了大学的宗旨，规定大学设置预科，预科毕业或以考试证明具有同等学力者才能升入大学，大学高年级学生须完成一定研究课题才能毕业，大学分设文、理、法、商、医、农、工七科，而以文、理二科为主。对大学内部行政管理体制的规定，意在形成以校长为学校总管，学校重大事务由评议会、教授会议决的一种校长领导下的分权制，实行教授治校、专家治校，走教育行政学术化的道路。(www.xing528.com)
1924年2月，教育部颁布《国立大学校条例令》，对国立大学内部的组织结构作了新的规定，执行数年的《大学令》废止。根据新的条例令，大学设校长一人，总辖校务，由教育总长聘任；设董事会，由校长、教育总长从部员中委派的董事、董事会推选并由教育总长聘任的董事等构成，第一届董事由教育总长直接聘任。董事会的主要职责是审议学校工作计划及预算、决算等重要事项；设评议会，由校长及正教授、教授互选若干人构成。主要职责是评议学校内部组织及各项章程等重要事项；设教务会议，由各科各学系及大学院主任构成。主要职责是审议学则及全校教学、训育事项；各科、各学系及大学院，各设教授会，由本单位的正教授、教授构成。主要职责是规划课程及运行，视情况请讲师列席；设事务各课(委员会)办理学校各项相关事务；各科、各学系、大学院各设主任一人，由正教授或教授兼任，必要时设教务长一人，由正教授或教授兼任。
《法政专门学校规程》(1912年11月2日)规定了办学宗旨、修业年限、学科及科目等；《私立大学规程令》(1913年1月16日)规定了私立大学设立的条件；《高等师范学校规程令》(1913年2月24日)规定了学科、学额及修业年限、入学退学及儆戒、学费、服务等内容；《高等师范学校课程标准令》(1913年8月19日)规定了各科每学期的课程名称及学时。
《大学规程令》(1913年1月)的最大贡献和特色是详尽地规定了学科门类和具体科目，可谓是中国第一部学科专业目录(表3-1)。
表3-1 《大学规程令》规定的学科、门类及科目情况
《国立大学职员任用及薪俸规程令》(1917年5月3日)规定了国立大学职员任用及薪俸情况，规定国立大学职员有“校长、学长、正教授、预科教授、助教、讲师、外国教员、图书馆主任、庶务主任、校医、事务员”[7]，同时规定了各类职员的任用方式及薪俸等级(表3-2)。
相关的法令还有《法政专门学校准暂设别科停止令》(1912年10月25日)、《私立专门以上学校认可条例令》(1915年7月20日)、《大学分科外国学生入学规程令》(1916年)、《修正大学令》(1917年9月27日)、《修正专门以上学校职员任用章程令》(1917年)、《女子高等师范规程令》(1919年3月12日)和《国立大学校条例令》(1924年2月23日)等。
综上所述，教育部发布的一系列法令、政策规章制度，通过一些基本性、通用性的规定，解决了大学是“什么样子”的问题，关于大学的一系列构想把准了当时世界高等教育的脉搏，为现代中国大学的形成和现代大学制度的确立提供了重要基础，开创了我国高等教育的新时代，也为后来蔡元培在北京大学将这种可能变为现实创造了条件。1912年7月初，蔡元培在民初政争中义无反顾地辞去教育总长职务，并于9月远赴德国留学，其好友、原副手、教育次长范源濂继任教育总长，并表示要“切实实行(民国)元年所发表的教育方针”[8]。
表3-2 《国立大学职员任用及薪俸规程令》俸薪等级(单位：元/月)
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