Southern杂交可用来检测经限制性内切酶切割后的DNA片段中是否存在与探针同源的序列，它包括下列步骤。
（1）酶切DNA，凝胶电泳分离各酶切片段，然后使DNA原位变性。
（2）将DNA片段转移到固体支持物（硝酸纤维素滤膜或尼龙膜）上。
（3）预杂交滤膜，掩盖滤膜上的非特异性位点。
（4）让探针与同源DNA片段杂交，然后漂洗除去非特异性结合的探针。
（5）通过显影检查目的DNA所在的位置。
Southern杂交能否检出杂交信号取决于很多因素，包括目的DNA在总DNA中所占的比例、探针的大小和比活性、转移到滤膜上的DNA量以及探针与目的DNA间的配对情况等。在最佳条件下，放射自显影曝光数天后，Southern杂交能很灵敏地检测出低于0.1pg与32P标记的高比活性探针的（＞109cpm/μg）互补DNA。如果将 10μg基因组DNA转移到滤膜上，并与长度为几百个核苷酸的探针杂交，曝光过夜，则可检测出哺乳动物基因组中1kb大小的单拷贝序列。
将DNA从凝胶中转移到固体支持物上的方法主要有3种。①毛细管转移：本方法由Southern发明，故又称为Southern转移（或印迹）。毛细管转移方法的优点是简单，不需要用其他仪器。缺点是转移时间较长，转移后杂交信号较弱。②电泳转移：将DNA变性后，可电泳转移至带电荷的尼龙膜上。该法的优点是不需要脱嘌呤/水解作用，可直接转移较大的DNA片段。缺点是转移中电流较大，温度难以控制。通常只有当毛细管转移和真空转移无效时，才采用电泳转移。③真空转移：有多种真空转移的商品化仪器，它们一般是将硝酸纤维素膜或尼龙膜放在真空室上面的多孔屏上，再将凝胶置于滤膜上，缓冲液从上面的一个贮液槽中流下，洗脱出凝胶中的DNA，使其沉积在滤膜上。该法的优点是快速，在30min内就能把所需DNA从正常厚度（4～5mm）和正常琼脂糖浓度（＜1%）的凝胶中定量地转移出来，转移后得到的杂交信号比Southern转移强2～3倍。缺点是如不小心，会使凝胶碎裂，并且在洗膜不严格时，其背景比毛细管转移要高。
1.实验材料
待检测的DNA，已标记好的探针。
2.实验设备
电泳仪，电泳槽，塑料盆，真空烤箱，放射自显影盒，X光片，杂交袋，硝酸纤维素滤膜或尼龙膜，滤纸。
3.实验试剂
（1）10mg/mL溴化乙锭（EB）。
（2）50×Denhardt′s溶液 5g Ficoll-40，5g PVP，5g BSA，加水至500mL，过滤除菌后于-20℃储存。
（3）1×BLOTTO 5g脱脂奶粉，0.02%叠氮钠，储于4℃。
（4）预杂交溶液 6×SSC，5×Denhardt，0.5% SDS，100mg/mL鲑鱼精子DNA，50%甲酰胺。
（5）杂交溶液 预杂交溶液中加入变性探针即为杂交溶液。(www.xing528.com)
（6）0.2mol/L HCl。
（7）0.1% SDS。
（8）0.4mol/L NaOH。
（9）变性溶液 87.75g NaCl，20.0g NaOH，加水至1000mL。
（10）中和溶液 175.5g NaCl，6.7g Tris-HCl，加水至1000mL。
（11）20×SSC 3mol/L NaCl，0.3mol/L柠檬酸钠，用1mol/L HCl调节pH至7.0。
（12）SSC 2×，1×，0.5×，0.25×和0.1×，用20×SSC稀释。
4.操作步骤
（1）约50μL酶切10pg至10μg的DNA，然后在琼脂糖凝胶中电泳12～24h（包括DNA相对分子质量标准物）。
（2）500mL水中加入25μL 10mg/mL溴化乙锭，将凝胶放置其中染色30min，然后照相。
（3）依次用下列溶液处理凝胶，并轻微摇动：500mL 0.2mol/L HCl 10min，倾去溶液（如果限制性片段大于 10kb，酸处理时间为20min），用水清洗数次，倾去溶液；500mL变性溶液两次，每次15min，倾去溶液；500mL中和溶液30min。如果使用尼龙膜杂交，本步可以省略。
（4）戴上手套，在盘中加20×SSC液，将硝酸纤维素滤膜先用无菌水完全湿透，再用20×SSC浸泡。将硝酸纤维素滤膜一次准确地盖在凝胶上，去除气泡。用浸过20×SSC液的3层滤纸盖住滤膜，然后加上干的3层滤纸和干纸巾，根据DNA的复杂程度转移2～12h。当使用尼龙膜杂交时，该膜用水浸润一次即可，转移时用0.4mol/L NaOH代替20×SSC，简单的印迹转移2～3h，对于基因组印迹，一般需要较长时间的转移。
（5）去除纸巾等，用蓝色圆珠笔在滤膜右上角记下转移日期，做好记号，取出滤膜，在2×SSC中洗5min，凉干后在80℃中烘烤2h。注意在使用尼龙膜杂交时，只能空气干燥，不得烘烤。
（6）将滤膜放入含6～10mL预杂交液的密封小塑料袋中，将预杂交液加在袋的底部，前后挤压小袋，使滤膜湿透。在一定温度下（一般为37～42℃）预杂交3～12h，弃去预杂交液。
（7）制备同位素标记探针（参见一、核酸探针标记的方法），探针煮沸变性5min。在杂交液中加入探针，混匀。如步骤（6）将混合液注入密封塑料袋中，在与预杂交相同温度下杂交6～12h。
（8）取出滤膜，依次用下列溶液处理，并轻轻摇动：在室温下，1×SSC/0.1%SDS，15min，两次。在杂交温度下，0.25×SSC/0.1% SDS，15min，两次。
（9）空气干燥硝酸纤维素滤膜，然后在X光片上曝光。通常曝光 1～2天后可见DNA谱带。对于不小于108cpm/μg从缺口平移所得探针，可很容易地从10μg哺乳DNA中检测到10pg的单拷贝基因。
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