近年来随着生物技术的不断发展,出现了许多克隆新基因的方法和手段,如图谱克隆技术、转座子标签技术、mRNA差异显示技术、二基因组减法技术以及cDN文库筛选技术等。但上述方法大多具有实验周期长、技术步骤繁琐且工作量大等特点。cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)是一种基于PCR从低丰度的转录本中快速扩增cDNA的5′和3′末端的有效方法,以其简单、快速、廉价等优势而受到越来越多的重视。
经典的RACE技术是由Frohman等(1988)发明的一项技术,主要通过RT-PCR技术由已知部分cDNA序列来得到完整的cDNA 5′和3′端,包括单边PCR和锚定PCR。该技术提出以来经过不断发展和完善,克服了早期技术步骤多、时间长、特异性差的缺点。对传统RACE技术的改进主要是引物设计及RT-PCR技术的改进:改进之一是利用锁定引物(lock docking primer)合成第一链cDNA,即在oligo(dT)引物的3′端引入两个简并的核苷酸[5′-oligo(dT)16~30MN-3′,M=A/G/C,N =A/G/C/T],使引物定位在poly(A)尾的起始点,从而消除了在合成第一条cDNA链时oligo(dT)与poly(A)尾的任何部位的结合所带来的影响;改进之二是在5′端加尾时,采用poly(C),而不是poly(A);改进之三是采用RNase H-莫洛尼鼠白血病毒(MMLV)反转录酶或选择嗜热DNA聚合酶可能在高温(60~70℃)有效地逆转录mRNA,从而消除了5′端由于高G+C含量导致的mRNA二级结构对逆转录的影响;改进之四是采用热启动PCR(hot start PCR)技术和降落PCR提高PCR反应的特异性。
随着RACE技术的日益完善,目前已有商业化RACE技术产品推出,如CLONTECH的MarathonnTM技术和SMARTTMRACE技术。
利用mRNA 3′末端的poly(A)尾巴作为一个引物结合位点,以连有SMART寡核苷酸序列通用接头引物的oligo(dT)30MN作为锁定引物反转录合成标准第一链cDNA。然后用一个基因特异引物GSP2(gene specific primer,GSP)作为上游引物,用一个含有部分接头序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作为下游引物,以cDNA第一链为模板,进行PCR循环,把目的基因3′末端的DNA片段扩增出来(图4-1)。(www.xing528.com)
图4-1 SMARTTM3′-RACE的原理
先利用mRNA 3′末端的poly(A)尾巴作为一个引物结合位点,以oligo(dT)30MN作为锁定引物在反转录酶MMLV作用下,反转录合成标准第一链cDNA。利用该反转录酶具有的末端转移酶活性,在反转录达到第一链的5′末端时自动加上3~5个(dC)残基,退火后(dC)残基与含有SMART寡核苷酸序列oligo(dG)的通用接头引物配对后,以SMART序列为模板继续延伸而连上通用接头(图4-2)。然后用一个含有部分接头序列的通用引物UPM作为上游引物,用一个基因特异引物GSP1作为下游引物,以SMART第一链cDNA为模板,进行PCR循环,把目的基因5′末端的cDNA片段扩增出来。最终,从2个有相互重叠序列的3′/5′-RACE产物中获得全长cDNA,或者通过分析RACE产物的3′和5′端序列,合成相应引物扩增出全长cDNA。
图4-2 SMARTTM5′-RACE的原理
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