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细菌RNA提取方法及质量评估

时间:2023-11-02 理论教育 版权反馈
【摘要】:4℃,12000×g离心10min,RNA沉于管底。该值为2.0时,RNA纯度为最高。一般认为,如果28S和18S条带明亮、边缘清晰,并且28S的亮度在18S条带的两倍以上,则RNA的质量较好。这样做的目的有两个,一是小心RNase的污染,防止RNA降解;二是动作过度暴力会破坏RNA的完整性。

细菌RNA提取方法及质量评估

1.Trizol法提取细菌总RNA

(1)挑取细菌单菌落,培养至稳定期,取菌液3mL离心得菌体于1.5mL离心管

(2)每管加入1mL Trizol溶液,盖紧管盖,激烈振荡15s,室温静置5min。

(3)4℃,12000×g离心10min。

(4)取上清(约1mL)转入新的1.5mL离心管中。

(5)每管加入0.2mL氯仿(0.2倍体积Trizol溶液),盖紧盖,剧烈振荡15s。

(6)室温静置3min。

(7)4℃,12000×g离心10min。

(8)小心吸取上层水相,转入另一新的1.5mL离心管,测量其体积。

(9)加入1倍体积的氯仿,盖紧盖,剧烈振荡15s。

(10)室温静置3min。

(11)4℃,12000×g离心10min。

(12)小心吸取上层水相,转入另一新的已编号1.5mL离心管。

(13)加入0.5mL的异丙醇(0.5倍体积Trizol溶液),轻轻颠倒混匀。

(14)室温静置10min。

(15)4℃,12000×g离心10min,RNA沉于管底。

(16)小心吸去上清,加1mL 75%乙醇(预冷),并轻柔颠倒,洗涤沉淀。

(17)4℃,7500×g离心5min。

(18)小心弃上清,微离,吸去剩余乙醇,室温干燥10min。(www.xing528.com)

(19)各管用50μL DEPC处理过的双蒸去离子水溶解,55~60℃温育5min,分装,-80℃贮存(可贮存5周)。

2.RNA浓度的测定

取10μL RNA样品以双蒸水稀释至2mL,转入预先以无水乙醇隔夜浸泡后晾干的石英比色皿中,小心排除气泡,以等体积的双蒸水作为空白对照,在紫外分光光度计中分别测定260nm、280nm、360nm(参比波长)的光吸收值,根据公式计算RNA的浓度。

RNA浓度(μg /μL)=OD260×稀释倍数(200)×40(μg/mL)/1000

纯RNA样品的OD260/OD280比值为 1.8~2.0,若低于该值,表明存在蛋白质污染,可重新用苯酚∶氯仿抽提。该值为2.0时,RNA纯度为最高。

3.RNA质量检测

将RNA进行琼脂糖凝胶电泳检测,目的在于检测28S和18S条带的完整性和它们的比值,或者是mRNA的完整性。一般认为,如果28S和18S条带明亮、边缘清晰,并且28S的亮度在18S条带的两倍以上,则RNA的质量较好。

(1)将洗净、干燥的电泳槽和模具,水平放置在工作台上。

(2)准确称取0.15g琼脂糖加入15mL 1×TAE中,摇匀,在微波炉内将琼脂糖溶液完全溶解,待冷却至60℃时,加入GoldView(终浓度为5μL/mL),充分混匀。

(3)插入适当的梳子,将温热的凝胶倒入胶模中,凝胶厚度为3~5mm,置于室温下凝固。

(4)待凝胶凝固后,小心移去梳子,将凝胶置于电泳槽中,加入电泳缓冲液,使液面高出凝胶1~2mm。

(5)用微量移液枪将样品与上样缓冲液混合,并将混合液小心加入上样孔内,同时加入合适分子质量范围的DNA分子质量标准作为对照。

(6)盖上电泳槽盖,调节电压100V,电泳30min左右。

(7)电泳完毕后将凝胶置于紫外透射检测仪上观察结果,用凝胶成像系统照相保存。

4.注意事项

(1)提取时要做到超净台内操作,操作戴一次性手套,EP管及Tip头都要用0.1%DEPC处理(0.1%DEPC浸泡过夜后,高压蒸汽灭菌),小心、细致晃动,每次移液要轻。这样做的目的有两个,一是小心RNase的污染,防止RNA降解;二是动作过度暴力会破坏RNA的完整性。

(2)一般RNA电泳应该是做甲醛变性电泳,但是一般的琼脂糖电泳也可以,需要上样量稍微大些,并且跑电泳的时间越短越好(这样也是为了减少外界RNase对RNA的降解)。跑完电泳立刻观察。

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