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三步-提取真菌RNA-实现分子微生物学实验

时间:2023-11-02 理论教育 版权反馈
【摘要】:⑨DNase I消化(可选择)利用本试剂盒提取RNA时可以有效地去除植物组织中绝大部分的基因组DNA,提取的RNA一般不含基因组DNA。因此,在实验中必须采取以下措施:戴一次性干净手套;使用RNA操作专用实验台;在操作过程中避免讲话等。通过以上办法可以防止实验者汗液、唾液中的RNA分解酶的污染。

三步-提取真菌RNA-实现分子微生物学实验

1.总RNA提取——酸性硫氰酸胍法

(1)0.2g菌丝体在研钵中经液氮冷冻磨碎,转移至2mL离心管,加入600μL冰预冷的提取缓冲液和4μL的巯基乙醇,振荡混匀。

提取缓冲液(300mL):硫氰酸胍141.8g,柠檬酸钠2.2g,月桂基肌氨酸钠1.5g,去离子水至300mL。113℃灭菌30min。

(2)加入60μL 2mol/L NaAc(pH 4.6),混匀。

(3)加入等体积的水饱和酸性酚抽提,之后另加入200μL的氯仿,再行抽提。

(4)置冰上20min后,4℃离心,13000r/min 15min。

(5)取上清至新管,加冰预冷的等体积异丙醇,混匀,置-70℃ 1h以上。

(6)4℃离心,13000r/min 15min,尽可能去上清,加入100μL 4mol/L LiCl,充分振荡,置冰上10min。

(7)4℃离心,13000r/min 10min,去掉上清,加入300μL无RNase水,振荡使溶解,再加入等体积的1∶1酚∶氯仿。

(8)4℃离心,13000r/min 10min,取上清至新管,再用氯仿抽提1~2次。

(9)往上清加入30μL 3mol/L NaAc(pH 5.8),再加入600μL无水乙醇,摇匀后置-70℃30min。

(10)4℃离心,13000r/min,15min,用冰预冷的70%乙醇洗涤沉淀两次,晾干后溶解于50μL无RNase水。

2.试剂盒法

RNA提取试剂盒(以TaKaRa MiniBEST植物RNA提取试剂盒为例)可以对各种简单的植物组织材料(叶片、茎、幼苗等)、富含多糖多酚的植物组织材料(果实、种子等)、真菌等进行RNA的提取。

(1)操作步骤

①将新鲜的或超低温冻存的植物组织样品迅速转移至用液氮预冷的研钵中,用研杵研磨组织,期间不断加入液氮,直至研磨成粉末状(无明显的可见颗粒,如果没有研磨彻底会影响RNA的收率和质量)。将研磨成粉末状的样品(50~100mg)加入到含有450μL缓冲液RL(使用前请确认已加入50×DTT溶液)的1.5mL灭菌管中,用移液枪反复吹打直至裂解液中无明显沉淀。

②将裂解液12000r/min,4℃离心5min。

③将上清小心吸取到新的1.5mL灭菌管中。

④加入样品裂解步骤中上清或混合液1/2体积的无水乙醇(此时可能会出现沉淀),使用移液枪将溶液混合均匀。

⑤立即将混合液(含沉淀)全部转入到RNA吸附柱(含2mL收集管)中(如果混合液的体积大于600μL,请分批加入,每次加入的体积不要大于600μL)。

⑥12000r/min,离心1min,弃滤液。将RNA吸附柱放回到2mL收集管中。

⑦将500μL缓冲液RWA加入至RNA吸附柱中,12000r/min离心30s,弃滤液。

⑧将600μL缓冲液RWB(请确认缓冲液RWB中已经加入了指定体积的 100%乙醇)加入至RNA吸附柱中,12000r/min离心30s,弃滤液。请沿RNA吸附柱管壁四周加入缓冲液RWB,这样有助于完全冲洗沾附于管壁上的盐分。(www.xing528.com)

⑨DNase I消化(可选择)利用本试剂盒提取RNA时可以有效地去除植物组织中绝大部分的基因组DNA,提取的RNA一般不含基因组DNA。若后续实验对RNA纯度要求比较严格,可以选择性地在RNA吸附柱膜上进行DNase I消化。

a.DNase I反应液的配制:取5μL 10×DNase I缓冲液、4μL重组DNase I(无RNase,5U/μL)、41μL无RNase dH2O到新的1.5mL无RNase离心管中,混合均匀。

b.向RNA吸附柱膜中央加入50μL DNase I反应液,室温静置15min。

c.向RNA吸附柱膜中央加入 350μL的缓冲液RWB,12000r/min离心 30s,弃滤液。

⑩重复操作步骤⑧。

⑪将RNA吸附柱重新安置于2mL收集管上,12000r/min离心2min。

⑫将RNA吸附柱安置于1.5mL的无RNase收集管(试剂盒提供)上,在RNA吸附柱膜中央处加入50~200μL的无RNase dH2O或0.1%DEPC处理水,室温静置5min。

⑬12000r/min离心2min洗脱RNA。

⑭若想提高RNA的收量,可再向RNA吸附柱膜中央加入50~200μL的无RNase dH2O或0.1% DEPC处理水洗脱RNA;若要得到高浓度的RNA,也可以将第一次的洗脱液重新加回至RNA吸附柱中,室温静置5min,12000r/min离心2min洗脱RNA。

(2)实验试剂

①制品内容(10次量)本试剂盒分为组分Ⅰ和组分Ⅱ两部分。

组分Ⅰ(-20℃保存)

组分Ⅱ(室温15~25℃下保存)

a.操作前请在缓冲液RL中加入50×DTT溶液,每 1mL缓冲液RL中加入20μL 50×DTT缓冲液。此裂解液最好现用现配。加入50×DTT溶液的缓冲液RL裂解液可在室温下放置1个月。

b.试剂中含有强变性剂,应避免与皮肤、衣物等接触。若不小心接触到眼睛或皮肤时,请立即到医院进行处理。

c.首次使用前,向缓冲液RWB中添加6.3mL的100%乙醇。

②其他试剂液氮,RL缓冲液,无水乙醇,80%乙醇(0.1%DEPC处理水配制)。

(3)预防RNase污染的注意事项

①RNA制备的关键是要抑制细胞中的RNA分解酶和防止所用器具及试剂中的RNA分解酶的污染。因此,在实验中必须采取以下措施:戴一次性干净手套;使用RNA操作专用实验台;在操作过程中避免讲话等。通过以上办法可以防止实验者汗液、唾液中的RNA分解酶的污染。

②使用器具尽量使用一次性塑料器皿,若用玻璃器皿,应在使用前按下列方法进行处理:用0.1%DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃下处理12h;然后在120℃下高压灭菌30min以除去残留的DEPC。

③用于RNA实验的试剂,须使用干热灭菌(180℃,60min)或使用上述方法进行DEPC水处理灭菌后的玻璃容器盛装(也可以使用RNA实验用的一次性塑料容器),使用的无菌水须用0.1%的DEPC处理后再进行高温高压灭菌。

④RNA实验用的试剂和器具建议专门使用,不要用于其他实验。

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