《尚书》一案，至为纷纭。《尚书》在西汉时有今文、古文之分。今文《尚书》出自汉初伏生，后分为欧阳和大、小夏侯，皆立于学官。今文《尚书》共28篇。除此之外，《泰誓》一篇晚出，但据《汉书·董仲舒传》，武帝刘彻即位之初，向大儒董仲舒提出何为“受命之符”。董仲舒对策说：“臣闻天之所大奉使之王者，必有非人力所能致而自至者，此受命之符也。天下之人同心归之，若归父母，故天瑞应诚而至。《书》曰：‘白鱼入于王舟，有火复于王屋，流为鸟’，此盖受命之符也。”(88)董子所引“《书》曰”为《泰誓》语。据此可知《泰誓》当出现于武帝初以前，并可知至董仲舒时《泰誓》已成为今文《尚书》中的一篇。因此，今文《尚书》又为29篇。
汉武帝时鲁恭王坏孔子宅，孔子后裔孔安国得到用先秦古文字写成的《尚书》，是为古文《尚书》，亦称“《逸书》”。古文《尚书》较今文《尚书》多16篇。
古文《尚书》在两汉时未立学官，直到三国魏始立学官，但这并不是说古文《尚书》在两汉时就无人研习。孔安国得古文《尚书》后“以今文读之”，司马迁亦曾问古文《尚书》于孔安国。这说明，古文《尚书》在西汉时曾传授于民间。另据《后汉书·杜林传》，西汉末杜林得漆书《古文尚书》一卷，“常宝爱之，虽遭困难，握持不离身”。杜林原长于古文，得此漆书《古文尚书》后遇郑兴（原刘歆弟子）、卫宏、徐巡，其人亦皆好古文，于是声气相投，林出此书“以示宏等曰：‘林流离兵乱，常恐斯经将绝。何意东海卫子、济南徐生复能传之，是道竟不坠于地也。古文虽不合时务，然愿诸生无悔所学。’”(89)此后，古文《尚书》经贾逵、马融、郑玄等相继鼓吹激荡，遂旗鼓大张。至东汉末郑玄撰《古文尚书注》，古文《尚书》已取得压倒今文《尚书》的优势。所以到魏文帝曹丕时古文《尚书》终得立于学官。经“永嘉之乱”（311年），今文和古文《尚书》同毁佚于兵燹。东晋初，豫章内史梅赜献《古文尚书》，此《古文尚书》较今文《尚书》多25篇。
梅赜所献《古文尚书》每篇之后都有孔安国的“注”，这就是所谓的“孔安国传”（现称“伪孔传”）。书前还有一篇据说是孔安国的“序”。此书在南朝梁开始取得学界的信任而公开流行。当时研究《尚书》的学者如蔡大宝、巢猗等都曾替此书作过疏。此书“初犹与今文并立，自陆德明据以作《释文》，孔颖达据以作《正义》，遂与伏生二十九篇混合为一”(90)。梅赜所献《古文尚书》从此成为经典。
对梅赜所献《书》的怀疑始于南宋吴棫。他撰《书裨传》，将梅赜所献书多出的25篇拿来与今文《尚书》相比，发现今文《尚书》文词古奥，很难读懂；而多出的古文《尚书》文从字顺，反倒容易读。今文理应好懂，反而难读；古文理应难读，反而好懂，吴氏遂怀疑梅赜所献书。朱熹稍晚于吴棫，其《语类》中也有不少对梅赜所献《尚书》表示怀疑之论。如《书临漳所刊四经后》：“《尚书》孔安国《传》，此恐是魏晋间人所作，托安国为名，与毛公《诗传》大段不同。今观序文，亦不类汉文章（汉时文字粗，魏晋间文字细），如《孔丛子》亦然，皆是那一时人所为。”“某尝疑孔安国《书》是假书，如毛公《诗》，如此高简，大段争事。汉儒训释文字，多是如此，有疑有阙，今此却尽释之，岂有千百年前人说底话，收拾于灰烬屋壁中，于口传之余，更无一字讹舛，理会不得？兼小序亦可疑。……况先汉文字重厚有力量，今大序格致极轻，疑是晋宋间文章。况孔《书》至东晋方出，前此诸儒皆不曾见，可疑之甚。”“汉儒以伏生之《书》为今文，而谓安国之《书》为古文。以今考之，则今文多艰涩，而古文反平易。或者以为今文自伏生女子口授晁错时失之，则先秦古书所引之文皆已如此。或者以为记录之实语难工，而润色之雅词易好，则暗诵者不应偏得所难，而考文者反专得其所易。是皆有不可知者。”
从朱熹的怀疑可以看出，他也多从文体入手抉摘梅赜所献书之可疑。以朱熹的学问和名气，他提出《古文尚书》可疑是有影响力的。此后，揭发的学者渐趋其多。元“吴澄诸人本朱子之说，相继抉摘，其伪益彰，然亦未能条分缕析以抉其罅漏。明梅
始参考诸书，证其剽剟，而见闻较狭，搜采未周”(91)。至阎若璩《尚书古文疏证》出，“乃引经据古，一一陈其矛盾之故，古文之伪乃大明”(92)。
阎若璩（1636—1704），字百诗，号潜邱。年少时多病，读书木讷但刻苦。15岁时颖悟开窍，曾集陶贞白、皇甫士安语自勉谓：“一物不知，以为深耻；遭人而问，少有宁日。”年比长，学有进，颇自负，以“读书种子”衡学界，仅得三人。其《潜邱札记》卷四《南雷黄氏哀辞》云：
当吾发未燥时，即爱从海内读书者游。博而能精，上下五百年，纵横一万里，仅仅得三人：曰钱牧斋宗伯；顾亭林处士；及先生梨洲而三。钱与家有世谊，余不获面；顾初遇之太原，持论岳岳不少阿，久乃屈服我；至先生则仅闻其名。……盖自是而海内读书种子尽矣！
阎氏身当明清之交，这时故国之亡在人们心头留下的隐痛并未逝去，阎却以“贰臣”钱牧斋与不事清廷、洁身自好的顾亭林、黄梨洲同举并列，可谓不伦不类；三人中阎氏对梨洲之亡虽也有“海内读书种子尽”之评，但他对梨洲的治学并不推服，他也根本不理解梨洲治学之苦心孤诣。据《左传·襄公二十五年》，崔杼弑君，齐太史与其弟因直书“崔杼弑其君”相继被杀，齐太史另一弟仍坚持写这句话，崔杼不敢再杀。南史氏听说此事，拿着竹简从楚国前往，准备直书其事，以死殉职。半路得知已经写成，乃还。对于这件事，梨洲曾说“此梼杌之书法”。梼杌为楚史官，梨洲强调南史氏继承了楚国史官秉笔直书的传统。阎氏却认为：
南史，楚史官，执简而往书齐国之事，此何异于送死？且吃自己饭管人家闲事乎？太冲之徒粗，此其一班！(93)
在清初那样一个特殊的时代背景下，梨洲表彰古史官书法不隐是有深意的。阎氏身为史家却讥南史氏多管闲事，这种出自史家之口对南史氏的讥评还不多见，阎氏缺乏起码的史识。他说梨洲之徒粗，他本不解梨洲之用心，精神意趣与梨洲相去甚远。对于亭林，阎氏说“久乃屈服我”，可见亦不甚推服。是故三人中唯钱牧斋一人为阎氏所服，从中益可见阎的识人趣向。
阎氏年二十时读《尚书》，对古文25篇发生怀疑。他沉潜三十余年，乃得其症结所在，作《尚书古文疏证》八卷。此为阎氏代表作。他另有《毛朱诗说》一卷，《四书释地》六卷，《潜邱札记》六卷，《孟子生卒年月考》一卷，《困学纪闻注》二十卷。
阎若璩走上辨伪考信之路，首先是其自身治学之旨趣使然。阎的路径趋向于实证。他曾说：“《颜氏家训》曰：学问有利钝，文章有巧拙。钝学累功，不妨精熟；拙文研思，终归蚩鄙。但成学士，自足为人。必乏天才，勿强操笔。此十言者可以教天下万世，不独吾徒之药石也。”(94)从治学特点看，阎若璩走的实际上是“钝学累功”之途，属于那种日积月累，苦苦穷年，宁守拙而摈取巧一路。
对于读书，阎若璩表现出特有的细心，他认为：“古人之事，应无不可考者。纵无正文，亦隐在书缝中，要需细心人一搜出耳。”(95)戴东原赞阎氏谓：“阎百诗善读书。百诗读一句书，能识其正面背面。”(96)阎氏子阎咏《先府君行述》也说：“府君读书，每于无字句处精思独得，而辩才锋颖，证据出入无方，当之者辄失据。常曰：读书不寻源头，虽得之殊可危。手一书，至检数十书相证，侍侧者头目皆眩，而精神涌溢，眼烂如电。一义未析，反复穷思，饥不食，渴不饮，寒不衣，热不扇，必得其解而后止。”
例如，某日阎氏在徐乾学寓邸夜饮，徐就“使功不如使过”一语出处求教阎氏。阎氏谓：“宋陈傅良时论有‘使功不如使过’题，通篇具就秦穆公用孟明发挥，应是昔人论此事者作此语，弟不知出何书耳。”徐闻阎氏语极赞其淹博。越十五年，阎氏读《旧唐书·李靖传》，篇中引用“使功不如使过”语，阎氏认为此即语之出处。又越五年，读《后汉书·独行列传》言及索虏放，又用此语，阎乃知此语的原始出处(97)。为此闲闲一语，阎竟萦绕脑际二十年而未尝稍懈怠，终至检得出处，阎氏读书用心之深细于此亦可洞见。这一小事亦可知阎氏“一物不知，以为深耻；遭人而问，少有宁日”的自勉确非虚语。
阎氏走上辨伪考信之路，又有家学渊源的背景。阎氏父修龄为淮上望社主办人之一。修龄虽以诗名闻世，但望社学风却趋向于实证一路。据谢国桢《明清之际党社运动考》所引阮葵生《茶余客话》云：“陈碧涵先生为望社名诸生，专精三礼之学，淮士治礼经者多从之游。”谢国桢据此谓望社“以《三礼注疏》之学为尚，因此开出来阎若璩考古一派”(98)。另据谢氏同上书，收有李元庚《望社姓氏考》，从中可知阎若璩原就是望社成员。阎氏随父入望社，耳濡目染望社崇实学风，这对他最终走上辨伪考信之路，其影响亦不容忽视。
阎若璩辨梅赜所献《古文尚书》之伪，所列证据128条，从篇名、篇数、典籍、典制、天文、地理、语言习惯、文法诸方面对梅赜所献《尚书》进行了全方位的分析与批驳。例如，其卷一第一“言两汉书载古文篇数与今异”，拿《伪古文尚书》篇数与《汉书·儒林传》、《汉书·艺文志》、《汉书·楚元王传》、《后汉书·杜林传》中所载有关《古文尚书》篇数的说法相勘，知《伪古文尚书》篇数不合《古文尚书》；卷一第三“言郑康成注古文篇名与今异”，拿《伪古文尚书》篇名与郑康成《尚书注》所引16篇《古文尚书》篇名相对勘，知《伪古文尚书》篇名与《古文尚书》不合；其卷二第二十三“言晚出书不古不今非伏非孔”，以《伪古文尚书》与郑康成《尚书注》所引16篇《古文尚书》及蔡邕熹平四年（175年）所刻《熹平石经》中的《尚书》相对勘，知《伪古文尚书》与《古文尚书》和《今文尚书》不唯文字有异，而且史实亦有舛讹；其卷四第五十五、第五十九、第六十二、第六十三诸条，从典章制度的角度论证《伪古文尚书》之伪；其卷四第六十四、卷五第七十三诸条，从遣词用语的特点抉摘《伪古文尚书》的罅漏；其卷六第八十一、八十二、八十三、八十四诸条以历法证《伪古文尚书》之伪；第八十五、八十六、八十七、八十八、八十九诸条以历史地理证《伪古文尚书》之伪。
阎若璩生活在明清之交那样一个弃虚蹈实学风转轨的时代，他崇尚实证的个人品性在所遭遇的社会思潮与学术环境哺育滋养下发展起来。《尚书古文疏证》繁征博引、反复厘剔、原原本本、有条有据，这种新学风大不同于晚明，这也使阎氏能够发人所未发，将辨《古文尚书》之伪的工作安放到了一个极为坚实的基础上。例如阎若璩辨孔安国献书事，这个问题，因司马迁曾说孔安国早卒，故人多谓其献书之事子虚乌有（附带说一句，后康有为等一批今文家均以孔安国早卒为据，称孔安国献书之事为刘歆伪造。他们如果仔细读《尚书古文疏证》，也就不会如此鲁莽灭裂下结论）。因此，这一问题对于辨清古文《尚书》源头至关重要。《汉书·楚元王传》：“鲁恭王坏孔子宅，欲以为宫，而得古文于坏壁之中，逸礼有三十九，书十六篇，天汉之后孔安国献之。”《汉书·艺文志》：“《书》得多十六篇，安国献之，遭巫蛊之祸，未立于学官。”阎若璩引后指出：
余尝疑安国献书，遭巫蛊之难，计其年必高，与马迁所云蚤卒者不合。信《史记》蚤卒，则《汉书》之献书必非安国；信《汉书》献书，则《史记》之安国必非蚤卒。然马迁亲从安国游者也，记其生卒必不误者也。窃意天汉后安国死已久，或其家子孙献之，非必其身，而苦无明证。越数载，读荀悦《汉纪·成帝纪》云：“鲁恭王坏孔子宅，得《古文尚书》，多十六篇，武帝时孔安国家献之，会巫蛊事未列于学官。”于安国下增一“家”字，足补《汉书》之漏。(99)
对孔安国究竟有没有献书的问题，以往论者一般多抓住司马迁所说孔安国早卒，轻易否定孔安国有献书事。阎若璩宁愿下苦功仔细研读搜寻史料，他从荀悦《汉纪》中终于寻出证明。荀悦晚班固50年，亦东汉大史家，阎若璩引之立说，足为孔安国确有献书事添一强有力的佐证。
孔安国所献《古文尚书》中原有《伊训》一篇，刘歆《三统历》曾引用过《伊训》中“诞资有牧方明”语。到梅赜所献《古文尚书》也有《伊训》篇，但梅氏《伊训》却没有刘歆引用过的这句话。阎若璩据此断定梅赜所献《书》必为伪造而非出自孔安国(100)。阎氏善于从《伪古文尚书》的内部矛盾入手抉摘其罅漏，故其所辨精当难移。又如《泰誓》问题。如前所说，董仲舒《对策》曾引用《泰誓》，据此可知《泰誓》在武帝初已出现。但因其晚出，马融尝疑之。马融举《春秋》、《国语》、《孟子》、《荀子》、《礼记》这五部典籍曾经引用过的《泰誓》语，拿来与今《泰誓》相对勘，指出“今文《泰誓》皆无此语”。梅赜所献《古文尚书》有《泰誓》上、中、下三篇，阎若璩以梅氏《泰誓》与马融所举《泰誓》语相对勘，发现“伪作《古文》者不能博及群书，止据马融之所及，而不据马融之所未及”(101)，也就是说，马融所举今文《泰誓》漏引的原《泰誓》语，梅氏《泰誓》都补引了。但梅氏《泰誓》独独漏引了《墨子·尚同》篇曾引用过的《泰誓》语。阎若璩指出：
墨子生孔子后孟子前，《诗》、《书》完好未遭秦焰，且其书甚真，非依托者比，而晚出之《古文》独遗此数语，非一大破绽乎？(102)
又如，真《古文尚书》有16篇，此说到底有没有根据？这也是《尚书》学上的一个重要问题。《古文尚书》多16篇，此说最早见于《汉书·儒林传》，人们一般均指为刘歆所说。但阎若璩指出，《汉书》“一则曰得多十六篇，再则曰逸书十六篇，是《古文尚书》篇数之见于西汉者如此也”(103)。据《后汉书·杜林传》，杜林曾在西州得漆书《古文尚书》一卷，此书贾逵曾为之作训；马融、郑康成曾为之传注。阎氏指出：该书“虽不言篇数，然马融《书序》则云‘逸十六篇’，是《古文尚书》篇数之见于东汉者又如此也”(104)。再参照郑玄所注《古文尚书》篇数，可知郑所注篇数，“上与马融合，又上与贾逵合，又上与刘歆合”(105)。这个问题，阎若璩找出五条证据，证明真《古文尚书》比《今文尚书》多16篇一说的确是有来历的。特别是阎氏所举东汉自杜林直到郑玄的例证，其中提到杜林一派弟子马融所作的《书序》称“逸《书》十六篇”，郑玄所注《古文尚书》16篇与之合，言征据足，体现了阎若璩治学的淹博细腻有裁断。
《四库全书总目提要》尝论阎氏《疏证》之不足谓“其书编次先后，未归条理，盖犹草创之本，其中亦有未核及疏略处。而诸条之后，往往衍及旁文，动盈卷帙……究为支蔓”。从《疏证》的夸靡炫博来看，《四库提要》之评允当。但《疏证》在辨伪学史和《尚书》学史上占有重要地位，这也是不争的事实。阎氏书面世，使得《古文尚书》之真伪这一千年聚讼未决的重大学术问题终于有了一个明确结论。其意义正如梁启超《中国近三百年学术史》所说：
《古文尚书》这部二千余年来公认为神圣不可侵犯之宝典，上自皇帝经筵进讲，下至蒙馆课读，没有一天不背诵它。忽焉真赃实证，发现出全部是假造……自此以后，今文和古文的相对研究，六经和诸子的相对研究，乃至中国经典和外国经典的相对研究，经典和野人之语的相对研究，都一层一层地开拓出来了。(106)(www.xing528.com)
《四库提要》尝赞誉阎若璩著《疏证》谓“考证之学，未之或先”，将阎氏及其《疏证》看成了一部“纯”考据著作。《疏证》卷二《第十七》亦自诩其著述之唯“真”是求，写道：“或问曰：子于《尚书》之学信汉而疑晋疑唐犹之可也；乃信史信传而疑经，其可乎哉？余曰：何经、何史、何传？亦唯其真者而已。经真而史传伪，则据经以正史传可也；史传真而经伪，犹不可据史传以正经乎？”《潜邱札记》卷二中又说：“不读郑注，无以窥宋注之源；不尽屏汉宋而专读正文，又无以深维作者之意。学者诚能沉酣于正文，而后稽之郑注，以穷其源；参之陈说，以定其归。”
读此说，似益觉阎氏之不专主汉宋那种“超家派”的公正，以及他的实事求是。《疏证》是不是一部“纯”考据之作？《疏证》是否像阎若璩自诩的那样唯“真”是求？辨伪学精髓在于实事求是、去伪存真。从此角度看，《疏证》的确发掘了《古文尚书》作伪真相，有实事求是的精神成分。但是，如果将阎氏辨《古文尚书》真伪放到清初理学清算的学术大背景下加以考察便可看出，阎著《疏证》并不是单纯的考据，它受到了清初理学清算学术思潮的激荡，这是客观背景的一方面；阎氏主观上也并非唯“真”是求。他在考据辨伪搞清史实的背后还有更深一层的意蕴，那就是清算理学。
《伪古文尚书·大禹谟》有所谓“十六字心传”，又称“虞廷心传”：“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中。”(107)它是数百年理学形上学在儒学经典中的重要根据。清初学界清算理学即多围绕着抉发“虞廷心传”的源流而展开。
李绂与阎若璩同先后，撰有《古文尚书考》，李绂指出：“《古文尚书》凡《今文》所无者如出一手，盖汉魏人赝作。朱子亦尝疑之，而卒尊之不敢废者，以‘人心、道心’数语为帝王传授心法，而宋以来理学诸儒所宗仰之者也。”(108)
按：清初学者将《古文尚书》的辨伪当作一个“理学”问题来对待，这从李绂的话中可以看得很清楚。而李绂敏锐地将视角对准了“虞廷心传”，这就从一个侧面反映出清初学者所关注的学术热点所在。李绂指出，“人心惟危，道心惟微”两语实出自荀子，荀子则引自《道经》。他指出：“孔孟为儒家而黄老为道家，自战国至汉无异辞。道家之书则曰‘经’，如老子《道德经》、庄子《南华经》、列子《冲虚经》、关尹子《文始经》，皆是。”
这是说，儒家经典初不称“经”，只有“道家”称“经”。汉初崇尚黄老，武帝设立五“经”博士，恰是受了汉初遗风影响，“盖汉初尚黄老，儒者慕焉，因亦效道家者流，各尊其所治之书为经，自称曰经师”。
表面上看，李绂这里似在考察儒学以“经”命名的历史源流，但他的真实旨意实际上在于厘定儒、道门庭，将羼入儒学的道家革除儒门。所以他要从“经”的名称源头溯起，并指明儒学在汉武帝时已受到了道家“污染”。这种立场，恰与清初的学术大背景相一致。既然“孔孟为儒家而黄老为道家，自战国至汉无异辞”，那么，汉儒因受黄老思想影响称“经”称“经师”也就不足为训；既然儒、道两家战国时已泾渭分明，荀子便不应引用《道经》——荀子为后世援道入儒开了一个恶例。李绂这是在借批荀而棒打宋明理学的援道入儒。
阎若璩《疏证》撰成后，黄宗羲曾为《疏证》作《序》。《序》的末尾梨洲有这样一段话：
忆吾友朱康流谓余曰：“从来讲学者未有不渊源于危微精一之旨，若无《大禹谟》则理学绝矣，可伪之乎？”余曰：“此是古今一大节目。‘允执厥中’，本之《论语》(109)。‘惟危惟微’本之《荀子》(110)。《论语》曰：‘舜亦以命禹’，则舜之所言者即尧之所言也。若于尧之言有所增加，《论语》不足信矣。人心道心正是荀子性恶宗旨。惟危者以言乎性之恶；惟微者，此理散殊无有形象，必择之至精而后始与我一，故矫饰之论生焉。后之儒者于是以心之所有唯此知觉，理则在于天地万物，穷天地万物之理合于我心之知觉而后谓之道。皆为人心道心之说所误也。夫人只有人心，当恻隐自能恻隐，当羞恶自能羞恶，辞让是非莫不皆然。不失此本心，无有移换，便是允执厥中，故孟子言求放心不言求道心；言失其本心不言失其道心。夫子之从心所欲不逾矩，只是不失人心而已。然则此十六字其为理学之蠹甚矣！’康流不以为然。呜呼！得吾说而存之其于百诗之证，未必无当也。”(111)
梨洲序《疏证》，奠尾处大段涉及理学一些重要范畴、命题，其中透露了这样一个讯息：清初学界确是将《古文尚书》的辨伪作为一个“理学”问题来对待的，而“虞廷心传”之辨则成了众所瞩目的学术热点。朱康流“《大禹谟》可伪之乎？”的疑问适可提供一有力的佐证。在梨洲，他拈出一个“人心”，认为“虞廷心传”在“人心”旁又设一“道心”，殊为多事。梨洲用“当恻隐自能恻隐，当羞恶自能羞恶”来批判“惟精惟一”的“矫饰之论”，这是用“践履”之“行”来驳“务虚”之“知”；用形下之“器”排斥形上之“道”。这也正是清初弃“虚”蹈“实”学风的应有之义。梨洲与朱康流辩，在梨洲，主观上当然为了捍卫理学。殊不知理学之论人心，恰是借助于论“道心”之“微”，也就是将形下践履安顿于形上之思的基础上，这才使理学“上”“下”兼备，圆融无碍。如若抽去“道心”，抽去了道心之“微”，实乃抽去了理学之所以为理学的魂魄，不啻是对理学釜底抽薪的破坏与打击。值此求“器”不求“道”，重“行”不重“知”，取“形下”而弃“形上”的学风转轨时代，理学既遭清算，学人遂不免将理学分为两橛，取其“致用”（形下践履之用）而弃其“无用”（形上哲学之思），是故有梨洲这种既想捍卫理学，却又不自觉地破坏了理学的矛盾之举。于其中最可体味出学风将变未变时的消息。梨洲寄希望于阎氏《疏证》之作有助于提高学界对“虞廷心传”之害的认识，正可视为当时学界主流对辨《古文尚书》真伪的一种“理学期待”。
从主观上说，阎氏撰《疏证》，其理学清算的动机同样不应忽视。阎氏《疏证》卷二第三十一条“言人心惟危道心惟微纯出荀子所引道经”写道：
或难余曰：虞廷十六字为万世心学之祖，子之辞而辟之者，不过以荀卿书所引偶易为《道经》，而遂概不之信，吾见其且得罪于圣经而莫可逭（避也——笔者）也。余曰：唯唯否否。尧曰：咨尔舜，允执其中。传心之要尽于此矣，岂待虞廷演为十六字而后谓之无遗蕴与？且余之不信而加辟之者亦自有说。读两《汉书》，见诸儒传经之嫡派既如此矣；读注疏见《古文》卷篇名目之次第又如此矣，然后持此以相二十五篇，其字句之脱误愈攻愈有，捃拾之繁博愈证愈见，是以大放厥词昌明其伪。不然徒以“道经”二字辄轻议历圣相传之道统，则一病狂之人而已矣，岂直得罪焉已哉！(112)
这里，阎若璩与李绂一样考证出了“虞廷心传”语本自荀子，而荀子引自《道经》。而阎引《论语》立论，意谓儒学经典原已有传心之要语，荀子不从“自家”元典中汲取营养，构筑“传心之要”，而是引用“别家”的《道经》内容“扩充”《论语》。至《大禹谟》又将《论语》语演为十六字，此殊为多事。归本溯源是荀子多事。阎氏这里反复说明他辨“虞廷心传”只依据史实说话，辩白说其并没有“得罪圣经”之意；他之所以敢“大放厥词”，是因为“虞廷心传”确为伪造，这些言论表明，当时陆王一派的势力尚强大，故阎氏以史实压陆王。阎这种自我表白恰恰暴露了他撰《疏证》的那一层理学清算动机。
《疏证》的奠尾为第128条“言安国从祀未可废因及汉诸儒”，此条阎氏对汉代以下的经学有一个总体性评价。从孔安国开始直到晚明，对于在孔庙中谁人当祀，谁不当祀，阎氏都有明确的交代。阎功名心极重，汲汲乎属意于朝廷的任用与评价，属于那种暮齿心热、争誉邀宠的学者(113)。阎氏此条从历代学者中筛选出一个从祀者名单，谓“余之为斯论也，自以为不可复易”，并以此条作为《疏证》的奠尾，其中一定寄托着阎氏的私心与暗想。因此，这一条在《疏证》中的特殊意义应当引起注意。
阎氏此条中提出当“罢祀”者，从西汉到晚明独独三人：王阳明、陆象山、陈白沙。阳明当罢祀，阎氏理由是阳明“亦仅以议论曰无善无恶是也”。又说：“辨无善无恶者众矣，而莫善于万历间顾、高二公。”(114)
如前所说，阳明有“无善无恶性之体”的“天泉证道”，东林士子多批驳之，意在倡导一种弃虚蹈实学风。现阎氏重新拾起这一“理学”命题。而阎氏大段援引的恰恰是顾宪成、高忠宪批判阳明援佛入儒的原话，以此作为阳明当罢祀的理据。此论与《疏证》中的学术用语全不类。若仅从这篇文字看，阎根本就是一位“理学家”而不像“考据家”。这使他撰《疏证》的那一层理学动机暴露无遗。阎氏引用顾、高二人的辟佛之论，这就为阎氏撰《疏证》的理学背景再添一注脚：辟“二氏”这一清初学界瞩目的中心问题，同样也在阎氏的学术视野之内。
从阳明上溯，阎若璩再指陆象山、陈白沙亦当罢祀。关于象山当罢祀，他认为：“阳明之学出于象山，象山生平亦无可以，亦当以其议论曰颜子为不善学是也。此语果是，则孔子为非；孔子不非，则此语殆无忌惮。且荀卿之所以疵者在言性恶，与孟子相反。反孟子者既去，反孔子者顾可晏然而已乎？程子曰：既不识性，更说甚道？余亦谓不识颜子而轻诋之，岂真读孟子而有得耶？不过取其便于己似己处标以为宗。不罢象山亦无以服荀卿之心。”
关于白沙当罢祀，阎氏指出：“或谓予：子既欲近罢阳明，远罢象山，则居于两公之间如白沙者亦应在所罢矣。予曰：然。亦以议论。白沙诗有云：‘起凭香几读《楞严》’；又云：‘天涯放逐浑闲事，消得《金刚》一部经。’生平所学固已和盘托出，不为遮藏，较阳明予尤觉其本色。窃以儒如胡安定，虽粗然尚守儒之藩篱。如陆与陈与王，虽深，却阴坏儒之壸奥，故一在莫敢废；一在必当罢。”
这里，阎若璩已将理学中陆王一派彻底否定。阎若璩也承认陆王精细深微，但精细深微而阴坏儒学壸奥者反不如拙朴守定儒学藩篱者，所以说“一在莫敢废，一在必当罢”。阎氏的这个宁“下”毋“上”，宁“拙”毋“灵”论，全是清初弃虚蹈实一派话头；他以象山非孔之“无忌惮”；以白沙好佛不守儒学疆域为其当罢祀之据，这与他罪阳明之佞佛一样，用心皆深沉：阎氏要以陆王一派非孔佞佛的“确凿罪证”将其革除儒门，而又使清初陆王学者无以为之辩。
阎氏反陆王，其学术立场终在朱子一边。《潜邱札记》卷六《又与石企斋书》阎氏以陆子静为贼船，以朱子为金科玉律，褒贬分明。他又说：“近代儒者有言，虽使游、夏复生，不能尽《学》、《庸》、《语》、《孟》之蕴奥。然犹幸有朱子注在。愚童而习之，长而遵之，莫敢异说。”(115)
阎氏这种尊朱斥陆王的立场，显然陷入了清初学界“述朱述王”之纷争。反映在《疏证》中，也就并非像阎氏自诩的那样公正、不存门户偏见。对于这一点，毛奇龄看得最分明。在《与阎潜邱论尚书疏证书》中毛氏写道：
昨承示《尚书疏证》一书，此不过惑前人之说，误以《尚书》为伪书耳，其与朱陆异同则风马不及，而忽诟金溪（指陈白沙——笔者）并及姚江，则又借端作横枝矣。……今人以圣门忠恕，毫厘不讲，而沾沾于德性、问学，硬树门户，此在孩提稚子，亦皆有一诋陆辟王之见存于胸中。以尊兄卓识而拾人牙慧，原不为武，然且趋附之徒借为捷径，今见有以此而觊进取者。尊兄虽处士，然犹出入于时贤时贵之门，万一此说外闻，而不谅之徒藉为口实，则以此而贻累尊兄之生平者不少，吾愿左右
之也。
众所周知，毛奇龄的门户在陆王一边。对于清初流行的非陆王思潮他感到不满。“孩提稚子亦皆诋陆辟王”一说，尤可见理学清算运动以陆王为众矢之的之时风盛况。毛氏病阎氏《疏证》“横生枝节”，并以“拾人牙慧”相讥，批评阎氏原为考据作《疏证》，然终不免陷入“述朱述王”的世风之中。毛氏生性居傲好争胜，“其文纵横博辨，傲睨一世”(116)，他见阎氏《疏证》得名，遂横生醋意，撰《古文尚书冤词》强与阎氏角。然毛氏强辞终不能夺阎氏正理，且《疏证》之未周全处经毛氏指摘阎氏又作了修正(117)，这就使阎氏更加立于不败之地。然而，结合《疏证》之辨“虞廷心传”，尤其是《疏证》奠尾处阎氏非陆王的大段议论来看，毛奇龄终究点中了阎氏理学动机之要害。
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