在《物种起源》开头两章，达尔文指出，生物会出现很多可遗传的变异。在三、四两章里，他强调， 由于大自然中生存斗争无处不在，每一个微小的变异，只要对生物有利就会被保存，凡是有害的就会被清除，这就叫“自然选择”。
达尔文的推论
“在时代的长河里，在多变的生活条件下，如果生物组织结构有几部分发生变异，这是毫无疑问的；
“由于每一物种都按很高的几何倍率增长，如果它们发生过激烈的生存斗争，也是毫无疑问的；
“考虑到所有生物之间、它们与生活条件之间，关系异常复杂，并引起构造、体质 及习性上对它们有利的多样性，这也是毫无疑问的；
“如果有益于生物的变异确实发生过，那么，具有这种性状的个体，在生存斗争中定会有最好的机会保存自己；
“根据强劲的遗传原理，它们会产生具有同样性状的后代。”
达尔文把这一保存的原理，简称为“自然选择”，它使每一生物在跟它们相关的环境中得以改进。
什么是推论？
最简单的例子：三个人在一起比高矮，如果张三比李四高，李四比王五高，那么，即使张三与王五不站在一起，我们也知道张三比王五高。推论是根据一个或几个已知的事实，合理推断出一个或几个过去未知的结论。我们来看一下达尔文前面的推论：(www.xing528.com)
●事实1：每一物种都以几何倍率增长。
●事实2：食物来源和生存空间有限。
●事实3：种内个体数量时多时少，但不会过度增加。
●推论1：生物之间必然有生存斗争——适者生存。
●事实4：每一个体都是独特的，不同个体间有变异。
●事实5：变异大多是遗传的。
●推论2：有益的变异为个体的存活和繁殖后代，提供更好的机会，它们的后代也会承继同样有益的性状。
●推论3：有益变异长期连续地出现、保存、积累（即自然选择），导致性状分异、新类型产生、改进较少的和中间类型的大量灭绝。这就是生物演化的过程。
根据这些事实和推论，达尔文勾画出生命之树，说明所有生物来自共同祖先，解释了生物多样性的由来，推翻了上帝造物的特创论。
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