朱熹与吕祖谦关心许多地方小区建设的事务，但最关注文人知识分子群体的建立，而书院、精舍是实现这一目标最重要的组织。吕祖谦在1166年母亲去世后，选择明招山母亲的墓地附近建立一座精舍，并且在当地教导后学。朱熹的母亲于1169年9月去世，他次年也在母亲墓地不远处建立寒泉精舍。吕祖谦返家后，以当时无比丰富的家庭藏书为基础，在金华城内成立丽泽书院；由于他的声望以及校址方便，当时有300多学生同时在此就学。
朱熹1179年在江西南康任职时，也营建一座书院。他写信给吕祖谦讨论兴建的计划，并要求吕祖谦为书院撰写铭文。朱熹表示任职期间，每四五天就要到官学一次。官方开办学校是为让学生准备应试科举，朱熹却很遗憾县内三所学校都是为准备科举而设置的。他在官学中讲解经典中的道德原理，并且明确地对官学的教学内容发表意见。太学官员杨大发（1175年进士）大概对朱熹干涉学校很不满，向吕祖谦抱怨。吕祖谦得知朱、杨双方紧张关系后，写信给朱熹，提醒他不要干涉学校教师的做法。
朱熹在回信中为他在官学的行为辩解：
学中向来略为说《大学》，近已终篇，今却只是令教官挑覆所授《论语》，诸生说未到处略为发明，兼亦未尝辄升讲座、侵官渎告，如来教所虑也。
朱熹对外人的批评表示不满，声称自己只是想仿效汉代的文翁，做一点补益的工作。文翁的教化功德备受赞扬，后人认为他将孔孟之道传给四川百姓，例如杜甫（712-770年）曾说过：“文翁儒化成。”朱熹表示南康地区佛教和道教寺院为数极多，所以他的行动尤其有必要。
朱熹又在庐山重建白鹿洞书院以振兴儒家传统。这座书院坐落在距南康城十几里的一个山谷，在十、十一两世纪盛极一时，宋太宗（976-997年在位）甚至曾经赐给书院一套儒家典籍。11世纪朝廷下令所有州和部分县建立官学，以培养科举人才。固然并非所有州县都能建立官学，但兴建的风气在11世纪中期达到高潮，12世纪初的头25年时间里，又再现一次高峰。北宋政府将注意力转向官学，私学因此没落萧条，朱熹在1179年甚至得请樵夫帮忙，才找到白鹿洞书院的旧址。他上书朝廷要求资助重建这座书院，因为它象征儒家教育与文人价值，否则就只有任异教在山中林立。
这座书院获得朝廷同意后不到六个月就完成修建，并在1180年3月开放讲学，恰好是朱熹到任南康的第十二个月；努力一年就获得授权重建。白鹿洞书院除获得私人和朝廷的资助，地方政府也拨给田地作为学田，地方文人和皇室也捐赠书籍。它的重建与12世纪60年代岳麓书院的修复有相似之处，只是岳麓书院的重建被渲染得更多。孝宗时期（1162-1189年）重建或兴建很多书院，而宋代的私人书院总数至少有375个。
以朝廷官僚机构的办事效率而言，朱熹应该满意进展，事实却不然。他经常抱怨一些官员阻止计划，有人推测这位不知名的官员是杨大发，因为他不满朱熹干涉官学。不过杨大发是朱熹指派监督工程的两人之一，朱熹和他也有诗文往来，吕祖谦介入调解，必然缓和两人的紧张关系。朱熹写给吕祖谦的信中至少有五封提到杨大发，还数度赞扬杨大发建庙纪念周敦颐以及六位当地的杰出人士。建庙是朱熹计划中的重要的部分，希望以此增强当地百姓的儒家道德观念，并使地方儒生学士更能团结。如果杨大发阻挠计划，朱熹应该会在文章中否定杨大发，不会数度称赞他。杨大发虽然在15年后反对道学，但是白鹿洞的共事早已时过境迁，不应该根据后来紧张的环境衡量早期的关系。
一位美国汉学家的研究指出，朱熹有些言语显示，“别人抨击他重建书院的方式以及教学方法，使朱熹深感愤怒”。可以使我们更了解朱熹的性格。或许因为他在此以前只担任过一项职务，而且是早在二十多年前，因此对书院的拖延和问题感到不耐烦，尤其政府的官学只在书院十来里外的地方，位置更加方便，他实在需要寻找理由使用政府资源，说服地方文人捐助修建一座新的书院。所以，朱熹在给朝廷的文书中，一再强调书院重要的历史及象征意义，却很少提及书院教学的活动；给朋友的书信则直率表达他对教育的使命感。道学人士普遍担心科举对士人文化的影响，但白鹿洞书院也花费近1/3的时间准备科举。除了朱熹自己的述说，并没有其他证据显示有人反对重建这座书院，所以朱熹的抱怨大概可以反映出他行事不老练，或者误解现实政策，与吕祖谦和张栻在政府任职的情况相比较，他这方面的不足更为明显。
朱熹强调建立制度，并且获得政府的资助，所以白鹿洞书院的地位比当时其他书院更为稳固。私人的努力与资金不足以建设书院，因此朱熹的白鹿洞书院成为朝廷和道学人士在13世纪关系改善以后合作的范例。朱熹为书院制定的行为规范为日后书院的发展开创先例，与官学的繁文缛节相较，朱熹希望造成学生承担更多责任的气氛。他把一篇训词贴在大门门楣上，要求学生学习古人的行为准则：
诸君，其相与讲明遵守而责之于身焉，则夫思虑云为之际。其所以戒谨而恐惧者，必有严于彼者矣。其有不然而或出于此言之所弃，则彼所谓规者必将取之，固不得而略也。诸君其亦念之哉！(www.xing528.com)
朱熹希望学生能够修养道德，他警告说如果不然，就得接受官学里的规定。他的学生程端蒙在1187年制定一些细则，以补充朱熹的学规，不过朱熹觉得细则只能用于层次比较低的学生，而白鹿洞书院的学生已经受过官学或私塾的纪律培养，是层次很高的学者。
朱熹陈述的规则是儒家伦理道德的总结，并且成为这座书院的“学规”。这些规则都很简明扼要，除一条规则外其他都取自经典。首先规定最根本的基础，人际最基本的五伦关系，取自《孟子·滕文公上》，所谓“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信”。具有这些品德的人才可以开始学习。其次，关于学习的次序，取自《中庸》第二十章：“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”第三，关于功夫修养的关键，取自《论语·卫灵公》：“言忠信，行笃敬。”以及《易经》损益二卦象传：“惩忿窒欲，迁善改过。”第四，引用董仲舒（公元前176——前104年）的话：“正其义不谋其利，明其道不计其功”为处世态度的准则。第五，谈到与人相处之道，引用《论语·卫灵公》上的话：“己所不欲，勿施于人。”及《孟子·离娄上》中的话：“行有不得，反求诸己。”所以从第三段到第五段都是解释学习的要点，因为“学”主要是对道德原理的自我修养。
朱熹的学规不仅要有别于官学的繁琐规定，也要在佛教戒律外树立新的途径。朱熹不喜欢佛教，但他和其他儒生学士大都很欣赏禅宗的戒律。此外，朱熹的学规谈到互相鼓励道德修养，和吕大钧的乡约有相似之处。
朱熹更直接的灵感应该是吕祖谦的书院学规。吕祖谦在1167年写下他的书院规范，并在1170年前修改两次，所以这些条文比朱熹的学规早将近12年。强调在儒家生活规范中体认道德修养，是这两种学规最基本的相似处。吕祖谦在1168年立下学生需要遵守的基本常规：“凡预此集者，以孝、弟、忠、信为本。”他除将这些重要的儒家道德列作人际关系的准则外，还阐释入书院学习所必须具备的条件：“其不顺于父母，不友于兄弟，不睦于宗族，不诚于朋友，言行相反，文过遂非者，不在此位。”如果书院学生违反上述条文，同学会加以劝诫，如果不能起作用，同学就要开会讨论他犯的过错。如果仍然不改过向善，书院就要将他除名。吕祖谦的规则与12年后的朱熹学规一样，都希望能够引导学生自我修养，鼓励学生互相帮助，共同进步。
朱熹和吕祖谦的学规似乎都简单地将道德行为与学问视为一事，因此有人或许会认为他们将学问化约成道德伦理的领域，朱熹学规的倾向尤其明显。他们表面似乎将道德修养当做学问的主要内容，但不应该简单地认为他们的学问最终的目的仅是实践道德行为，这解释过于简单，会贬低他们更广泛的课程以及实践的目的。整体观察他们的思想和文章，显示他们对学问和儒家传统的看法其实包含其他的内容。
吕祖谦与朱熹后期的学规不同，他特别详细规定学生的行为细节。有些条文规定学生间相处，要根据年龄大小称呼对方，不能谄媚或贬抑别人，也要遵守预习和讨论的规定。例如，学生得记录课堂上或阅读中遇到的问题，当做小组讨论的依据，还必须在笔记上签字显示哪些问题已经讨论过。
吕祖谦认为，使学生具有群体意识十分重要，可以使学生“勿狎非类”。所谓“非类”的意思并不太清楚，但是吕祖谦似乎努力减少学生遭受来自团体外的影响。吕祖谦虽然比较开明，可是排外倾向如此明显，显示道学同道有与别的团体划清界限的普遍倾向。他们与书院外的乡绅来往十分谨慎，尽量避免联系与冲突。例如，吕祖谦规定学生不许向官员送礼或关说，告诫学生要讲地方政府和官吏的好处，不可议论他们的是非。学生与其他社会人物接触时，不能与酗酒、赌博、打架或阅读不正经书籍的人交往，而且必须与家庭保持密切的联系。吕祖谦严格要求学生和父母同住，遵守正确的丧葬礼节，避免为钱财与宗族争执。其他方面还包括在课堂上要严肃认真，学习必须勤奋。学生在一年内不能有100天以上的时间不在书院，每年至少要拜访以往的师长一次。如果在路上遇到老师，要行特殊的礼节表示敬意。这些规定的目的是维系书院的团结。
朱熹的学规比较注重基本原则，而吕祖谦的学规则比较强调行为规范；朱熹强调理论，吕祖谦侧重实践。如果指责朱熹的学规缺乏实践的意义，倒也有些言过其实，因为他强调遵守孝道。然而，他们所强调的理论和实践问题确实有明显的区别，朱熹的规范简约，且多取自经典；吕祖谦的学规详细周到，起头是总论，继以个别条文。朱熹的条文更为精致、系统，从道德修养的最基本的德目开始，结尾以三段话阐释学问的要务。两人目的都是组织学生，以研习经典及基本人伦关系的方式，学习儒家学说的真理；所以绾合儒家的团体是他们共同的主要目的之一。朱熹简练的学规名声日起，其他书院也相继采用，这份学规与吕祖谦早年学规的相似之处，再次显示吕祖谦在朱熹的贡献中发挥过作用。
吕祖谦应朱熹的要求而写作“白鹿洞书院记”，文中说重建书院的目的众所周知，朱熹对这份题记做大量评注，并将最后定稿刻在书院石碑上。他们提到重建书院的三个目的是要面对三项挑战：佛、道二教的竞争、改进教育制度以及弘扬儒学。吕祖谦讲他们都批评王安石新法中教育制度的弊病，反对学校太注重科举文章的习作，而倾向程颢的做法，以书院培养学生，强调儒家经典的学习和道德教育。根据吕祖谦的想法，这座书院会精研二程和张载的学说。
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