文艺复兴运动为西方带来了曙光，不过，对于大学而言，真正激起历史震荡的倒是后来的宗教改革运动。[1]宗教改革后，新旧教派力量形成了均势，大一统的天主教世界不复存在，各诸侯国逐渐达成了“教随国定”的宗教和解方案。新教诸侯各国与罗马教皇划清了界限，各地的大学必然面临着新的选择，同被纳入到了“教随国定”[2]的历史进程中。
17世纪科学革命的发展，再次让大学这座象牙塔感受到了“超凡脱俗”的尴尬，大学也因为受制于特定的宗教信仰而脱离社会的发展。特别是在“教随国定”的框架下，此时的“学术圈子”已经完全沦为了“宗教圈子”，世俗化的改革成为大学向现代转型的重要契机。1694年成立的哈勒大学（Martin-Luther-Universitat Halle-Wittenberg）和1737年成立的哥廷根大学（George-August-University of Goettingen），都是由政府所创办，其教授的任命权也由政府直接掌握。
大学世俗化的发展，促使大学与政府的关系日趋紧张。在具体协调二者的关系方面，普鲁士教育大臣威廉·洪堡提出了大学的基本原则，这就是学术自由、教学与研究的统一，三者的核心都是建立对大学教授的充分信任与赋权，并通过教授评议会实现大学的管理与决策，从而使德国的大学成为真正的教授大学。这是因为，德国的大学评议会并非仅仅是所谓的“学术权力”机构，其除了拥有大学全部学术事务审议决策权之外，还拥有了重大行政事务审议决策。[3](www.xing528.com)
大学通过全体成员会议（council）选举产生会议主席和财务人员，再选出校长。同乡会的行政管理功能逐渐被以教师为中心的学院（学部）取代，形成了集教学与行政管理职能于一体的学者共同体。学者共同体的组织原则是每个成员享有平等的发言权。由于成员之间的交流主要是直接的面对面交谈，因而其规模就受到限制，进而学者共同体全体成员会议的决策权力逐渐减小，原来为全体成员会议做准备的执行委员会慢慢发展成为重要的决策机构，之后又逐渐演变为由教授占支配地位的学术评议会（academic senate）。
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