共生菌除了在果蝇不同发育阶段有所不同之外，在不同龄成虫之间也有差异。随着果蝇衰老，其体内细菌数量逐步增加，并且优势菌由乳酸菌转变为醋酸杆菌。此外，饮食、宿主行为、环境因子也会在一定程度上影响果蝇肠道菌群的数量和组成。DNA高通量测序技术揭示了肠道菌群的多样性、复杂性和可塑性，使肠道微生态成为研究热点之一。然而，我们对肠道菌调节宿主生理和病理的分子机制仍然不清楚，这日益成为制约肠道微生态发展的瓶颈。
果蝇是经典的遗传学模式生物，前人多用于研究果蝇对病原体的先天免疫应答，但是最近，研究者开始利用果蝇模型，研究它与共生微生物之间有益的相互作用。为什么果蝇是一个优秀的无菌和悉生动物[2]模型呢？首先，果蝇体外排卵，可以收集胚胎，并且胚胎外面包裹着一层几丁质，能抵御一定的物理和化学处理，所以只须通过体表消毒，即获得无菌胚胎。在无菌的基础上，接种特异细菌，便可建立悉生模型。其次，果蝇肠道与菌落结构均和人类相似，具有很高的保守性。最后，可借助果蝇强大的遗传学操作优势，解析肠道菌调控宿主的分子机制。总之，果蝇是研究宿主与微生物相互作用的一个优秀模型，让难获得的无菌和悉生动物在生物医学界“飞入寻常百姓家”，有助于我们深入了解细菌调控宿主生理的分子机制。
具有讽刺意味的是，对果蝇相关微生物的研究历史，几乎与这个遗传模型一样悠久。起初，人们试图通过标准化营养而减少环境因素对表型的影响，以减小实验中的误差，而现在利用悉生果蝇以观察宿主—微生物相互作用。也就是说，在无菌果蝇基础上，加入单一或者少数的已知菌株，构建悉生果蝇模型，以研究该菌株对宿主生理、免疫、神经行为等方面的特异作用。
果蝇可以作为一种高通量筛选的活体模型。相比小鼠和人，它们更加廉价方便，且操作性与可重复性强。除了果蝇提供的众多遗传工具和资源以外，与脊椎动物的微生物多样性（超过500个分类群）相比，果蝇相关的微生物群相对简单（约20个分类群）。简单的果蝇微生物群，使研究人员能够评估每一种微生物对宿主表型的作用，并且深入揭示细菌调控宿主生理的分子机制，包括对病原体的排斥、先天免疫调节、代谢、神经和行为等。到目前为止，绝大多数研究集中于微生物调控宿主代谢和免疫。(www.xing528.com)
果蝇需要共生微生物为其提供补充营养，或者提高资源利用效率。在高等动物中，肠道菌群主要在宿主体内发挥作用，通过分泌的酶降解宿主难消化的纤维素等物质，而改善宿主营养环境，同时发酵碳水化合物，生产短链脂肪酸，提高能量的综合利用效率。与高等动物不同，果蝇肠道微生物数量相对较少，从几十个到十几万个，而且果蝇肠道长度短，排空速度较快，所以体外可能是微生物发挥作用的主要场所，这也符合腐生动物的生态习性。在体外，共生菌同样可以降解纤维素，合成菌体蛋白质，发酵产生有机酸。这些经过微生物处理后的食物，对果蝇来说更加富有营养。常规饲养的果蝇拥有最快的生长速率，无菌果蝇幼虫发育迟缓，说明共生菌可以促进果蝇的发育和生长。单株共生菌能够将无菌果蝇的发育恢复至正常水平，特别在营养缺乏的条件下（1%以下失活酵母或酪蛋白），更能促进幼虫的生长。
植物乳杆菌是自然界促进果蝇生长发育一种典型共生菌，它可以增强氨基酸同化作用，从而激活TOR信号通路。TOR信号通路进一步激活生长激素（如蜕皮激素）分泌，从而促进果蝇的生长发育。醋酸杆菌通过胰岛素信号通路，可以使低蛋白质食物下幼虫的生长状态恢复至最佳状态。胰岛素的促生长作用需要细菌PQQ —ADH依赖的氧化呼吸链[3]，以帮助醋酸杆菌氧化乙醇和生产乙酸。此外，微生物还可以刺激果蝇肠上皮细胞分裂增殖，增进肠肽酶的分泌，从而增强肠道的消化能力。
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