随着《崇祯历书》及至入清后《历象考成》《历象考成后编》等书的编纂，西方主要的宇宙体系，如托勒密学说、第谷体系、哥白尼学说、开普勒定律等相继传入中国，其中尤以第谷体系影响最大，并在清中前期一直是官方钦定的天文学理论。水晶球体系的影响则日渐式微，甚至很多传教士都明确反对，如邓玉函、罗雅谷、汤若望等在编纂《崇祯历书》时即指出“舍古从今，良非自作聪明，妄违迪哲”，实因今法（第谷体系）更为精密。[38]后来的传教士自不待言。
然而，正如王锡阐所言，“至宋而历分两途，有儒家之历，有历家之历。儒者不知历数，而援虚理以立说；术士不知历理，而为定法以验天。”[39]虽然大部分从事天文历算的学者选择了第谷体系，或者是经过改造了的第谷体系，但对关心宇宙真实结构的许多士人而言，水晶球宇宙模型在清中前期仍有相当的影响。作为历算家的王锡阐和梅文鼎就是其中的典型例子，他们的宇宙模式中均明显有着实体天球的痕迹。
王锡阐对中西历法均有深入研究，他试图改善当时西方传入的宇宙体系，在《五星行度解》中描述了一种类第谷体系的宇宙结构。其中地球为宇宙的中心，在宗动天的牵引下，太阳带动水星、金星、火星、木星及土星围绕地球右旋运行（但相对太阳而言，水星和金星右旋，火星、木星和土星则为左旋）。上述各个运行轨道除了日行规是虚体外，其余均为实体。[40]可见，王锡阐的宇宙结构是第谷体系与水晶球观念的一种结合。
梅文鼎的宇宙模型，本质上与托勒密宇宙体系无异，只是不同意托氏日、月、五星之“本天”纯为几何表示，而是认为天层为有形质的实体：
七政各居其天，原非如木节之在板也。各有小轮，皆能自动，但其动只在本所，略如人之目睛，未尝不左右顾盼，而不离眉睫之间也。若如板之有节，则小轮之法又将安施？即西说不能自通矣。故惟七政各有本天以为之带动，斯能常行于黄道而不失其恒；惟七政之在本天，又能自动于本所，斯可以施诸小轮而不碍。揭说与西说，固可并存而不废者也。[41]
其中的“揭说”，即指揭暄的元气旋涡理论。从中可看出，各星体的运行并非水晶球模型那样的“如木节在板”，而是在相应的各重天中有自己的运动范围。这一种宇宙模型，实为水晶球化的托勒密体系。王氏和梅氏的观念，体现了他们不仅满足于历法计算，对宇宙的真实结构亦有深切的关怀。(www.xing528.com)
正如前面所言，对于揭暄的元气旋涡说，梅文鼎颇有赞誉。但对由此而带来的天球[42]的打破，梅文鼎则表示反对。他说：
故揭氏以丸喻七曜，只可施于平面，而朱子以轮载日月之喻，兼可施诸黄赤，与西说之言层次者实相通贯。理至者数不能违，此心此理之同，不以东海西海而异也。[43]
梅文鼎认为揭暄的宇宙模型为平面，这很难解释天文观测，尤其是黄赤交角的问题，而朱熹天层的观念则可避免这些问题。梅氏进而指出朱熹的天层说与西方的水晶球体系殊途同归，实乃“心同理同”。关于旋涡与天层的关系梅文鼎还说：
问重数既难为定，则无重数之说长矣？曰重数虽难定，而必有重数为长，何也？以七政之行非赤道也。临川揭氏曰天无层数，七政皆能动转。试以水注圆器而急旋之，则见其中沙土诸物近心者凝而不动，近边者随水而旋，又且迟速洄漩以成留逆诸行矣。又试以丸置于圆盘而辄转其盘，则其丸既为圆盘所掣，与盘并行，而丸之体圆亦能自转，而与盘相逆，以成小轮之象矣。此两喻明切，诸家所未及。然以七政能自动而废重数之说，犹未能无滞碍也，何也？谓天如盘、七政如丸，盘之与丸同在一平面，故丸无附丽而能与盘同行，又能自动也。若天则浑圆而非平圆，又天体自行赤道，而七政皆行黄道，平斜之势甚相差违。若无本天以带之，而但如丸之在盘，则七政之行，必总会于动天之腰围阔处，皆行赤道，而不能斜交赤道之内外，以行黄道矣。故曰以有重数为长也。[44]
可见，梅文鼎虽对揭暄以元气旋涡解释天体的迟伏留逆表示赞赏，但因此而废除天层却带来了新的困难。因为天绕赤道转，七政绕黄道转，它们分别在不同的平面。而在揭暄的模型中，所有的天体都在同一个面运行，这与实际的天文观测确为不符。因此，梅文鼎赞成水晶球宇宙体系中的实体天层说。揭暄的元气旋涡还引出了七政以及恒星的“自动”，对此梅文鼎则非常赞同，指出“揭说与西说，固可并存而不废者也。”这也是他接受托勒密体系的原因。[45]
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