以方以智为中心的“方氏学派”对西方自然哲学提出了激烈的批评，但同时亦吸取了其中一些他们认为“合理”的因素。如方以智就指出天分为多层和所谓永静天并不可信，并以光肥影瘦之论反驳日大于地百十六余倍，进而批评西士“详于质测而不善言通几”，但对利玛窦所描述的星体高下分布、远近及运行周期则基本认同。[16]
方以智弟子揭暄进一步在中国传统元气说的基础之上，批判地吸取了水晶球宇宙体系中的宇宙模型，提出了一种完备而自洽的宇宙论——元气旋涡说，不仅具有明晰的宇宙结构，而且提供了明确的动力机制，堪为明清时期宇宙论发展的一个典范。其说集中反映于《璇玑遗述》一书中，“昊天一气浑轮旋转图”则是其形象表示（图3-3）。
图3-3 昊天一气浑轮旋转图（《璇玑遗述》，刻鹄斋板）
在揭暄的宇宙论中，元气和旋涡是最为重要的概念，元气是构成天地的元质，而旋涡则是元气运动的表现。元气是中国传统哲学中最为核心的观念，在不同时期均有深刻的影响。正如本书绪论所言，晚明在反对心性之学的过程中，气本论逐渐成为当时最为重要的思潮之一。揭暄正是在这一思想背景下发展了他的宇宙论。关于宇宙之由气构成，其说云：
或问天地大矣，无边无际，而曰中生，以何者为中、何者为生乎？曰：由太虚之中而生。太虚之中原无一物，自不能不物，而元气生焉。元气摩荡，蒸为白露重朗，阴滋阳长，吹息不已，遂豁然内空，有若浮沤，日月星辰从兹丽矣，故天原起于微氲。于虚空之中（此天体内之空虚也），阳气薰烁，阴气蕴结，燥为野马尘埃，日飞露聚，遂环然内贯，有若弹丸，大地山河从兹始矣，故地原起于微尘。[17]
这就是说，宇宙起初是太虚，后来生元气，元气摩荡，清轻者生为天体，重浊者凝为大地。“虚能生气”的理论，由来已久。《淮南子·天文训》曰：“道始生虚廓，虚廓生宇宙，宇宙生气。气有涯垠，清阳者薄靡而为天，重浊者凝滞而为地。”《内经·天元纪大论》中说“太虚寥廓，肇基化元。”后来，经过张载的体系化，而成为“太虚即气”说。张载用冰水之喻来形容之：“气之聚散于太虚，犹冰凝释于水，知太虚即气，则无无。”[18]太虚并非仅指空间，太虚与气实为一体，与气是一种体与用的关系。
同张载一样，揭暄的宇宙有着无限性，这是由太虚的无限性所决定的。而天地在太虚中却是有限的：
无空不气，无气不空，气者天也，故地以外即天。人饮天气，恒游天中。自地至月，自月至二十八宿，自二十八宿至空洞无有，为三停。自地至月，内一停，为虚气，故能浮云往来，鼓巽生息；自二十八宿至空洞无有，为外停，亦虚气往来，蒸蒸外向，故能恒存，不倚不徙；中一停，则坚凝浑厚，栖泊日月星辰，最下者居月，最上者居宿，当坚者留，当虚者行，坚中画虚，故日月有所循。[19]
在这个宇宙中，可从外到内分成三个部分，即揭暄所谓的“三停”，从地球到月球部分为一停，从月球到二十八宿为中停，从二十八宿至空洞无有为外停。这明显吸取了西方宇宙论中的月上世界与月下世界的划分，并加入了太虚的观念。揭暄的宇宙概念乃是整个太虚之所在，天在太虚之中，地在天之中。“空洞无有”表明了太虚的无限性[20]，并“蒸蒸外向”、“不倚不徙”。关于宇宙的结构和无限性，他还说：“天在太虚，如一尘之举；地在天中，如一尘之停”[21]，这是对中国传统天地结构的一大突破[22]，既有对太虚理论的发展，同时也受到了西方宇宙论的影响。
在这个漫无边际、虚无缥缈的宇宙之中，“中一停”的天却具有坚的性质，因此能承载日月星辰，能裹住厚重的地球：
天包列曜于内，使非坚以维之，则列曜飞越，何以运行而不易？地厚三万里，周九万里，可谓重矣，使非坚以贞之，则地宜陨坠，何以举之若轻尘？如气之举豆，假非脬之能包，则气散矣，安能居中而不动乎！[23]
然而，天的这种坚性并非形质性的坚，而是气体旋转之疾而产生的一种刚性，所谓“非坚硬之坚，惟气疾故坚”[24]，恰如朱熹借道家学说而所谓的“刚风”。正因为这种气疾“刚风”所具有的约束性，天才能包住里面的气，并在气旋的作用下，使日月星辰旋转而“运行不易”，使地球居中不坠，如“气之举豆”。
天的这种特性，则是由于气的旋涡所造成的。旋涡是揭暄宇宙论中另一个非常重要的概念，天及日月星辰都是在这个动力的推动下运转，地球则其中保持静止。他在同游艺的讨论中，用盆水之旋展示了这一试验：
……剖析辩正之余，取盆水而轮之，只见水转而见沙泥自聚中，而动者动，静者静，迟者迟，速者速，伏逆者伏逆，无不由此一气运之使然也。[25]
在此盆水之喻中，静止于中的地球便犹如“自聚中”的泥沙，对迟留伏逆的“天体”亦有极为形象的说明。所有这一切都是由于气旋使然。他还说：(www.xing528.com)
天惟一气，亦只一动，然其气外刚而内柔，刚者健行，柔者受掣，其位渐远，其气渐涣，其力渐薄，其行亦渐微，追随不及，以次而杀。其实气随气转，所鼓惟一，所向皆同也。而诸政之受掣于内者，依高下之位，迟速顺逆分焉。如轮水于盆，著浮物数片，从弦轮之，则外急内缓，上顺下逆，凡掣轮、摄轮、冲轮，上中下三行，次轮又次轮，加减损益分，再行加减损益分。[26]
犹如盆水之旋一样，宇宙中的气旋也是唯一的，这正是他不赞同天分层的原因。气在旋转过程中，外面的气转动快而急，里面的气则柔而缓，从而导致日月星辰快慢有别，并产生所谓“掣轮”“摄轮”“冲轮”，迟留伏逆由是而生。
揭暄也指出气旋的产生是由于气的上升从而形成的环形运动，其中可能与四元素说中气上升归于本所的思想有关。他说：“气好升，迫于内则循地而转，气随地转，天随气转。”气的上升而形成的环形运动，颇类于现在所说的大气环流，或行星风带，该环流围绕着地球转（气的旋转反过来又促使地居中不动），天及日月星辰则随着气旋转。
梅文鼎比较中肯地评价了揭暄的气旋理论：“谓七政之小轮，皆出自然，亦如盘水之运旋，而周遭以行，急而生漩涡，遂成留逆，实为古今之所未发。”[27]这一评价对揭暄在后来的历史记忆中起到了非常重要的作用，后来学者对揭暄的论述中多提到这一点。
我们看到，揭暄的气旋理论与朱熹的“刚风”说有一定的渊源。朱熹指出天地初间，只有阴阳之气，气运行摩荡，渣滓便结在中央，成为所谓的大地不动，而气清者便成为天和日月星辰。[28]揭暄的盆水之喻与此多有相似。但是，朱熹并没有地球的观念，他大概还是认为是平的，或者解释成一个六面体。[29]且他尚承认天层的存在，即所谓的气旋是有形的，居于最上的则称为天壳：
《离骚》有九天之说，注家妄解，云有九天。据某观之，只是九重。盖天运行有许多重数，里面重数较软，至外面则渐硬。想到第九重，只成硬壳相似，那里转得又愈紧矣。[30]
揭暄明确表示天惟一体、气旋一体而不赞同天层的观念，并进一步指出：
问：月处下，日居月上，火、木、土、恒星以次而远，或分天为三、为九、为十一天，洵有几重乎？曰：天一而已，其体则厚。盖天原以一气生，天生地，生万物，惟是混沦磅礴，广厚无际，日月星辰丽于中，如山之宿石。[31]
可见，把天分为三层、九重还是十一重等，都是不必要的假设。天作为一个整体旋涡式地围绕着地球转，而七政以及列星则在旋涡的推动下，以一定的“轨道”围绕地球运动。值得指出的是，揭暄虽打破天层的观念，但对利玛窦所给出的天体高下分布、远近距离、运行周期等数据基本都予以采纳。[32]
因此，揭暄的元气旋涡说，正如徐光启发起编译《崇祯历书》时所说“镕彼方之材质，入大统的型模”一样，是将水晶球宇宙体系的结构纳入到了传统气本论之中，非常形象地体现了中西观念的交织与融合，因其具有明确的动力机制和明晰的宇宙结构而颇受时人赞誉。游艺的宇宙结构说与揭暄甚为相似，只是在宗动天之上尚承认有常静天[33]，这应是受其师熊明遇影响的结果。
揭暄的元气旋涡说与笛卡尔的以太涡漩理论（Vortex Theory）看上去颇有些相似。[34]但事实它们均是在各自的思想传统下形成的。揭暄的元气旋涡与中国的自然观一脉相承，元气说是中国思想的核心，而旋涡说是受张载和朱熹等人启发而形成；而笛卡尔的理论则显然是对亚里士多德学说的一个反动与革新。
笛卡尔认为，世界是由一种连续的“精微物质”（有人称之为以太）构成，因此，世界不存在虚空，这一点同亚里士多德都是一致的。这种“精微物质”衍生成三种元素：火、气、土。地球、行星、彗星乃由土构成，而由火构成的太阳、恒星则存在于由气组成的天空中。由于火的精微程度很高，所以火的若干部分也恒常存在于其他地方的各种细孔里。[35]上帝首先赋予物质以一定的运动，由于不存在虚空，所以必然有些物质要做圆周运动，由此而形成涡漩（Vortex）。恒星、行星、彗星等就是在这个过程中形成的。此后，行星、彗星等就在涡漩的推动下围绕着恒星运动。因此，宇宙由众多相互联接的涡漩组成。[36]
概而言之，揭暄和笛卡尔的宇宙论有以下相似性：（一）宇宙的本原，一为元气，一为以太，均是具有连续性的介质。此外，元气能生水、火，而以太则能衍生出火、气、土三种物质。（二）宇宙的动力，一为元气的旋涡，一为以太的涡漩，两者均能在物理上较好地解释行星的运动。（三）他们的宇宙都不是严格的无限性。如前所述，揭暄虽具有一种朴素的无限观念，但其地球中心观决定了宇宙并非严格的无限性。而笛卡尔则认为世界的界限是不确定的（indefinite），这是介于有限与无限之间的一个中间状态，是一种潜在的无限性。但事实上，笛卡尔已经具有无限的观念，他用这个词只是安慰一下神学家而已。[37]
它们的不同之处表现于：（一）揭暄的天地为一个统一的旋涡，整个世界都在这个旋涡的推动下运动；而笛卡尔的宇宙则有众多的涡漩，太阳系只是其中之一。（二）揭暄坚持地心说，而笛卡尔为日心说。
然而，两者有着相似的命运，在历史的长河中仅仅是昙花一现。笛卡尔的情况是由于一个更具解释力的学说——牛顿力学的出现，而在中国，由于后来的士人有更新的西方宇宙理论可以选择，使揭暄的学说也被历史淹没。但这不妨碍他们在历史上的位置。
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