明清之际西方自然哲学在中国的传播与影响，长期以来便是学界的重要议题。关于亚里士多德学说在中国的传播，最早可追溯到荷兰遣使会传教士惠泽霖（Hubert Germain Verhaeren）。他对明清之际传教士的译著有不少深入的研究，1935年在《亚里士多德在中国》一文中对《寰有诠》《灵言蠡勺》《名理探》《修身西学》等著作进行了探讨，指出它们均译自科英布拉学院注疏。[67]此外，他对传教士携入中国的西书进行了系统的梳理，编撰《北堂书目》；以及差不多同时徐光启裔孙徐宗泽编著的《明清间耶稣会士译著提要》，为我们提供了一幅西学传华的概貌。[68]
随后，方豪对中西交通史作了系统的研究，其中不少关于明清之际西学（包括自然哲学）在中国的传布与影响，至今仍具重要的参考价值。[69]进入20世纪下半叶，李约瑟在其巨著《中国科学技术史》的第三卷中，对耶稣会士在中国传播西学亦多有涉及，因怀有对中国文化的热爱，他对当时传入的西学多有贬抑。[70]迄今为止，中外学者对罗明坚、高母羡、利玛窦、熊三拔、傅汎际、高一志等传教士的相关研究则不胜枚举，恕不一一列举，详见本书参考文献。
20世纪70年代以来，关于西方自然哲学在中国传播的研究进入了一个新的阶段，不同文化之间知识传播所引发的歧异与冲突受到越来越多的关注。美国学者裴德生（Willard J.Peterson）以方以智为案例，探讨西学对中国士人的影响，尤其关注西方自然哲学与传统格物之间的关系，指出西方的自然研究对格物产生了一定的促进作用。[71]此外，他结合西方学术背景对明末传入的西方自然哲学译著进行了系统的梳理，按涉及的主题将这些著作分为月上世界、月下世界、人（解剖学、生理学、心理学）三个部分，文中尤其对四元素说的传入作了深入的分析。[72]
同样以方以智为中心，张永堂从思想史的角度对方氏的生平与思想作了细致的梳理；其研究进而拓展到所谓的“方氏学派”，关乎熊明遇、方孔炤（1591—1655）、方以智、揭暄、游艺，以及梅文鼎、王锡阐（1628—1682）等士人，重点探讨明末清初理学与科学的关系问题，以表明西学的输入促进了科学在理学中的独立与分化。[73]
冯锦荣通过对方氏学派的学术主张和政治立场的考察，指出其儒学立场以及不仕清的政治主张使得该学派对西学有较为友善的态度。他随后研究了西学对熊明遇父子和李之藻所造成的重要影响；并以《乾坤体义》《寰有诠》为例，探讨了明末传华的亚里士多德自然哲学知识。[74]此外，石云里、韩琦对《寰有诠》的来源及其影响亦均有过深入的分析。[75]
近些年来，徐光台以熊明遇为中心，从四元素说、天体色相、气象知识等方面细致研究了熊明遇等人对西方自然哲学的反应与吸收，近并有《格致草》（附《则草》）校释问世，对明清之际西方自然哲学在中国所引起的文化激荡进行了深入的探讨[76]；此外，他还从儒学与科学角度，指出耶稣会士在充分认识到科学在西学和儒学中地位的基础上，策略性地以“格物穷理”之名将西学传入中国，熊明遇等士人则因西学冲击形成自然知识考据学。[77]
作为明清之际和中西科学交流中一位特别的学者，揭暄对西方自然哲学进行了系统的反思并辅以传统气本论形成了自己十分完善的宇宙体系，近些年来颇受学界关注。除上述张永堂著作外，日本学者吉田忠（Yoshida Tadashi）较早对揭暄的宇宙论进行了探讨，但指出其采用的是第谷体系。[78]石云里深入研究了揭暄对天体自转、潮汐以及宇宙动力机制的一些独特看法。[79]王元春对揭暄的宇宙演化思想有进一步的分析。[80]笔者对揭暄的生平著作、前后期思想演化、对中西方自然观念的超越与创新作了系统的探讨。[81]陈悦对揭暄的生平交游及其宇宙结构有进一步的论述。[82]
也有学者从专题的角度对西方自然哲学在中国的传播进行深入的探讨。比如地圆说，林金水、郭永芳、洪建荣、祝平一、陈美东等先后探讨了地圆说对明清士人的冲击及其反响，诚为西学传入中国一个十分重要的方面。[83]关于四元素说之传入，裴德生、徐光台均有专门论述（详上）。关于水晶球宇宙体系，日本学者今井溱对《乾坤体义》中水晶球宇宙模型的西方来源作了细致的分析[84]；李约瑟指出该模型传入中国的负面意义，中国的宣夜说是一种更为可取的理论[85]；而江晓原则针对李氏指出该模型在中国影响甚微[86]；近来笔者对明末水晶球宇宙体系和三际说在中国所遭遇的变形与同化亦有过相应的案例研究。[87]
跨文化的知识传播是一个复杂的互动过程。钟鸣旦（Nicolas Standaert）以利玛窦地图为例，从方法论的角度分析了17世纪中西交流研究中的四种理论框架：传播模式（Transmission Framework）、接受模式（Reception Framework）、发明模式（Invention Framework）、互动和交流模式（Interaction and Communication Framework），指出互动与交流模式涵盖了前三种，是一种更为可取的进路。通过这种模式，可更深刻地反映不同文化之间的相互塑造和交织。因此，“他者”理论可用于分析明清时期的中西文化交流。[88]他还分析了耶稣会士与中国学者间关于格物穷理的讨论，指出耶稣会士采取格物-穷理-知天的认知模式，来适应与士人的交流。[89]
艾尔曼（Benjamin Elman）在其《科学在中国（1550—1900）》一书中系统论述了明清时期在耶稣会士和新教传教士影响下中国人关于自然的研究，面对西学的大量涌入，中国人最终还是“以他们自己的方式”（on their own terms），产生了“他们自己的科学”（their own science）。[90]与此相类，张琼以“接触地带”（Contact Zone）理论，探讨了明末清初西方地理知识传入中国后，在中西观念混杂的学术生态中，中国士人重新审视中国在世界中的位置以及大地之为球形的思想场域。[91]这些为跨文化传播中知识变形与观念交融的复杂性提供了很好的借鉴。
总之，目前学界对明清之际西方自然哲学在中国的传播以及对当时士人的影响已有很多的探讨。然而，关于明清之际西方自然哲学在中国的传播尚缺乏一幅完整的图景，我们仍需从中西文化交流的宏观背景下，对传教士相关译著和中国士人对这些著作的反应与受容进行系统的梳理。此外，从前的研究多是以一种静态的观点来看待文化接触中自我（传统）与他者（西学）之间的关系，关于西方自然哲学传入中国时所受到的变形及传播过程中受到的“误解”尚未受到足够的重视：如传教士对所传入的自然观念做了什么样的改造或过滤？中国士人分别对这些知识做了什么样的变形，并同化到相应的知识体系中？这些取舍或“误读”对中国人的自然观产生了什么样的形塑，反映了怎样的文化心态和社会背景？因此，本书将以文化互动的视角，对明清之际西方自然哲学在中国的传播进行全面、深入的考察，着重探讨一种文化中的知识进入另一种文化时，是如何在被变形的基础上得到传播的，以期为理解当时的中西文化交流提供新的角度，同时希望能对当前知识全球化背景下的科学交流提供一定的借鉴。
此外，揭暄与方以智、方中通、游艺等人都有过直接的交往，但他何以发展出一个与他们迥乎不同的宇宙体系？他的宇宙体系对儒学和西学均有所“超越”，那么，西学在其中起到了什么作用？士人对西学的反应体现了什么样的文化心态？本书将在全面梳理明清士人对西学态度的基础上，重点阐述揭暄之独特性，以探讨明清之际中西科学交流中观念的相互影响和交织。
本书分上下两篇。上篇梳理明清之际传教士对西方自然哲学的翻译与引介，对利玛窦、熊三拔、阳玛诺、龙华民、傅汎际、高一志、南怀仁等传教士的自然哲学著作进行文本分析，尤其与相应的底本进行比较，考察他们在翻译过程中所作的知识过滤或改造。下篇探讨中国士人对传入西方自然哲学的反应与吸收，以王英明、熊明遇、方以智、揭暄、游艺、王锡阐、梅文鼎、张雍敬、李明徹等为重点，分析中国士人对西方自然哲学的认知和反应。通过这样的双重比较，以期更深入地理解两种不同文化碰撞时所产生的互动效应，这两个群体对“他者”文化的认知和对“自我”文化的认同，以及跨文化交流中传播者和接受者的相互塑造和观念的交织。同时对那些全盘反对西学的中国士人也将作适当的分析，进而理解西学、儒学和科学之间的复杂关系，以更全面把握异质文化之间沟通的困境。为照顾结构与内容的平衡，上下两篇的一些内容有所交叉，如利玛窦关于四元素说、三际说的介绍置于下篇相应章节（上篇则主要论述其宇宙体系），而关于中国士人对西方地震、气象知识的反应与吸收则随于上篇《地震解》《空际格致》等节中叙述。
本书的标题“观念的交织”乃是借用钟鸣旦“礼仪的交织”“文本的交织”[92]，意在表明明清之际西方自然哲学传入中国的过程中，中西学之间相互塑造、影响甚至交织的复杂互动。无论是传播者为适应中国人的理解，将中国的九天说与水晶球宇宙体系相比附，用五行说与四元素说相对比，以中国阴阳说辅助解释西方的理论，还是中国士人将西方宇宙体系糅合到传统的元气说中，借用西方的三际说结合元气、阴阳理论创造出新的气象学知识，将地圆说纳入到中国的传统文献中进行重新阐释，等等，无不体现了这种互动。耶稣会士面对中国的强大传统使他们以适应的策略移译西方的观念，中国士人在评判传入的西学时多以中国自己的角度加以理解，并进而对中国的传统重新加以审视。传播者与接受者之间相互影响、塑造，构成了明清之际中西文化交流中独特的历史场景。
【注释】
[1]利玛窦：《坤舆万国全图》“总论”。《浑天仪注》云：“浑天如鸡子。天体圆如弹丸，地如鸡中黄，孤居于内，天大而地小。”（《晋书·天文志上·天体》）“有谓地为方者，语其德静而不移之性，非语其形体”乃化自《周易·坤文言》之“坤至柔而动也刚，至静而德方。”李之藻在《浑盖通宪图说》自序中亦引此言云：“地形亦圜，其德乃方。……坤之文曰至静而德方。”可见，利玛窦的这些说辞是与李之藻等人交流而得。感谢郑诚博士提示。
[2]梅文鼎：《梅氏丛书辑要》卷49，同治十三年刻本，《历学疑问补一》，“论周髀中即有地圆之理”。
[3]翻译本身已是一种文化折衷，但比起这个意义上的翻译，传教士的“翻译”著作更有一种文化调适的策略暗含其中。
[4]周振鹤：“前言”，《明清之际西方传教士汉籍丛刊》（第一辑，第一册），南京：凤凰出版社2013年版，第15页。
[5]此外，在中国的思想史上，道家强调道创生万物的宇宙论也是一个重要的传统，参见徐复观：《中国人性论史·先秦篇》，上海三联书店2002年版，第290-298页。
[6]日本学者小野泽精一等对此有较为全面的论述，但对明末清初气的观念的新发展未有足够的重视。参见小野泽精一、福永光司、山井涌编，李庆译：《气的思想——中国自然观与人的观念的发展》，上海人民出版社2014年版。
[7]葛荣晋主编：《中国实学思想史》（中），北京：首都师范大学出版社1994年版，第78页。
[8]朱熹：《朱子语类》卷十八云：“但须是六七分去里面理会，三四分去外面理会方可。若是工夫中半时，已自不可。况在外工夫多，在内工夫少耶，此尤不可也。”
[9]陈祖武：《从清初的反理学思潮看乾嘉学派的形成》，中国社会科学院历史研究所清史研究室编：《清史论丛》第六辑，北京：中华书局1985年版，第238-251页。
[10]实学一词之意极为广泛，在不同的历史时期有着不同的内涵。然而，实学真正成为一股思潮，则始于宋代。区别于佛家和道家的空无之学和一些儒家的辞章之习，宋代理学强调达用和实理，在实用和学理的层面主张崇实黜虚。后与各个历史时期想适应，实学大体经历了明中后期的元气实体论、明清之际的经世致用论、乾嘉时期的“实事求是之学”以及晚清的经世实学。参见葛荣晋：《中国实学文化导论》，北京：中共中央党校出版社2003年版。
[11]葛荣晋主编：《中国实学思想史》（中），北京：首都师范大学出版社1994年版，第95-96页。
[12]参见葛荣晋：《王廷相和明代气学》，北京：中华书局1990年版。
[13]王廷相著，王孝鱼点校：《王廷相集》（三），《慎言》卷10，“五行篇”，北京：中华书局2009年版，第809页。
[14]王廷相著，王孝鱼点校：《王廷相集》（二），《王氏家藏集》卷33，“横渠理气辩”，北京：中华书局2009年版，第602-603页。
[15]王廷相著，王孝鱼点校：《王廷相集》（二），《王氏家藏集》卷33，“五行辨”，北京：中华书局2009年版，第597-599页。蒋国保：《王廷相“气本”论的内在理路》，见氏著《方以智与明清哲学》，合肥：黄山书社2009年版，第249-262页。
[16]张岱年：《张载，十一世纪中国唯物主义哲学家》，《张岱年全集》第三卷，石家庄：河北人民出版社1996年版，第276-277页。
[17]萧萐父、许苏民：《王夫之评传》，南京：南京大学出版社2002年版，第105-121页。
[18]李时珍：《本草纲目凡例》，见李时珍著，史世勤、贺昌木主编：《李时珍全集》（一），武汉：湖北教育出版社2004年版，第1页。
[19]宋应星：《宋应星佚著四钟：〈野议〉〈论气〉〈谈天〉〈思怜诗〉》，上海人民出版社1976年版，第52页。
[20]吴根友：《傅山反理学思想的社会政治指向——以傅山肯定“无理”范畴为视角》，《南京大学学报》（哲学·人文科学·社会科学版）2007年第6期，第87-94页。
[21]方以智，字密之，号曼公，又自号愚者、浮山愚者、宓山子等等，中年归隐、披缁后名号更是变更无常，如无可、五老、药地、噅噅子、极丸学人、无可智道人等。安徽桐城人。明万历三十九年（1611）生，1640年进士，后任工部观政、翰林院检讨。1644年李自成陷北京被捕，后逃脱流离岭南。1646年曾出任南明桂王永历朝经筵讲官，不久即离去，隐居于福建、湖南、广西、贵州等地。1650年被清兵擒，被放后落发为僧，往返于江苏、安徽等地。1662年入主江西青原山净居寺。1671年因“粤难”案受牵连，被押赴问罪，途中死于江西万安县惶恐滩。著有《博依集》《浮山文集》《浮山后集》《膝寓信笔》《方子流寓草》《药地炮庄》《东西均》《象环寤记》《冬灰录》《通雅》《物理小识》等，“约达四百万字以上”，遍及哲学、经学、天文、地理、博物、医药、文字、音韵等，是明清之际与顾炎武、黄宗羲、王夫之齐名的思想家，又与陈贞慧、冒辟疆、侯方域一起号称“明末四公子”。其科学著作《物理小识》虽仅占其著述中很小的一部分，但因其分门别类、融贯中西，在明清时期有重要影响。参见任道斌：《方以智年谱》，合肥：安徽教育出版社1983年版；方以智著，庞朴注释：《东西均注释·序言》，北京：中华书局2001年版；罗炽：《方以智评传》，南京：南京大学出版社2006年版。余英时认为方以智为保晚节，自尽于惶恐滩，参见余英时著：《方以智晚节考》（增订版），北京：生活·读书·新知三联书店2004年版。
[22]方以智：《物理小识》，“自序”，清刻本。
[23]此有别于方以智本体论意义上的气。
[24]方以智：《物理小识》卷一，“天类”。
[25]既包括对自然的哲学解释（即所谓的自然哲学），也包括实证性的博物知识和偏重应用的技术知识。
[26]熊明遇，字良儒，号坛石，人称文直先生，江西进贤人。生于万历七年（1579），万历二十九年（1601）进士，授吏部观政。后历任浙江长兴知县、礼部主事、兵科给事中、福建兵备佥事、福宁治兵使者、南京都察院右佥都御史、兵部右侍郎、兵部左侍郎、南京刑部尚书、兵部尚书。明清鼎革后避隐福建潭阳，顺治六年（1649）卒。在长兴任职期间与东林党人过从甚密，成为东林人士；万历三十七年（1609）北京任职后，与利玛窦熟识；万历四十一年（1613）丁母忧返京待补，与庞迪我、熊三拔、阳玛诺、毕方济等交游，曾为熊三拔《表度说》、庞迪我《七克》作序，并参与阳玛诺《天问略》的校阅。著有《绿雪楼集》十四卷、《文直行书》三十卷、《中枢集略》十卷、《驯稚堂集》四卷、《罗岕茶记》一卷、《则草》《格致草》等。《则草》《格致草》是在西学影响下的自然哲学著作，后者是在前者的基础之上增订而成。参见冯锦荣：《明末熊明遇〈格致草〉内容探析》，《自然科学史研究》1997年第4期，第304-328页；徐光台：《函宇通校释：格致草（附则草）》，上海交通大学出版社2014年版，第1-17页。
[27]揭暄，字子宣，号韦纶，别号半斋，江西广昌人。少年有异秉，喜欢论兵，年轻时即写下《性书》《昊书》《兵经》《战书》，被当时江西提学副使吴炳（1595—1648）称为异人异书。顺治二年（1645），清兵攻占南京。翌年与父亲揭衷熙，同乡何三省、骆而翔，以及福宁知州揭重熙等一起起义投奔唐王。其父被委以推官，他则为职方司主事。他曾经向唐王陈述天时、地势、人事，及攻守战御机要凡十策，均被采纳。福建的抗清活动失败后，隐居山林，潜心著述，与方以智父子、丘维屏、游艺、甘京、余飏、郭林等人过从甚密。揭暄一生留下很多著作，传世之作除上述四种外，尚有《兵法纪略》以及《璇玑遗述》，其他如《二怀篇》《道书》《帝王纪年》《天人问答》《禹书》《星图》《星书》《水注》《火法》《舆地图》《揭方问答》等似已佚。《璇玑遗述》大概成书于1680年之后，方中通以其创新性而名之曰《写天新语》。此书广受时人赞赏，如丘维屏、余飏、方以智、方中通、游艺、梅文鼎等均赞誉他不仅超迈西学，对传统天算亦多有发明与创新。《璇玑遗述》中的不少内容并被采纳到游艺的《天经或问后集》，对游艺晚期的思想起到了很大的促进。梅文鼎有《〈写天新语〉抄存》一卷，著录于《勿菴历算书目》之中。后藉“西学中源”、经世实学、晚清西学大举入华等思潮，《璇玑遗述》在乾隆、咸丰以及光绪年间均有刊刻，从一个侧面见证了有清一代思潮之变迁。参见孙承晟：《揭暄〈璇玑遗述〉成书及流传考略》，《自然科学史研究》2009年第2期，第214-226页。
[28]游艺，字子六，号岱峰，福建建阳人，宋儒游酢（1053-1123）之后裔。师从于黄道周、熊明遇、方以智，并与揭暄多有往来。著有《天经或问前集》《天经或问后集》《诗法入门》等。《天经或问》曾传入日本，对日本学界有很大影响。
[29]葛荣晋主编：《中国实学思想史》（中），北京：首都师范大学出版社1994年版，第78-95页。
[30]John B.Henderson，The Development and Decline of Chinese Cosmology，New York：Columbia University Press，1984；张永堂：《明末清初理学与科学关系再论》，台北：台湾学生书局1994年版，第2页；徐光台：《“自然知识儒学化”：通过自然知识在“格物穷理”中的地位来看朱熹与利玛窦的历史关连》，钟彩钧主编：《朱子学的开展：学术篇》，台北：汉学研究中心2002年版，第161-195页。
[31]David C.Lindberg，The Beginnings ofWestern Sciences：The European Scientific Tradition in Philosophical，Religious，and Institutional Context，600 BC to AD 1450，Chicago/London：The University of Chicago Press，1992，pp.1-4；John Henry，The Scientific Revolution and the Origins of Modern Science，New York：Palgrave，2002，p.148.
[32]参见保罗·费耶阿本德著，张灯译：《自然哲学》，北京：人民出版社2014年版。
[33]参见David Cahan，ed.，From Natural Philosophy to the Sciences，Chicago：University of Chicago Press，2003；Edward Grant，AHistory ofNatural Philosophy：From the AncientWorld to the Nineteenth Century，Cambridge：Cambridge University Press，2007.
[34]ThomasWorcester，ed.，The Cambridge Companion to the Jesuits，Cambridge：Cambridge University Press，2008，pp.72-73.
[35]耶稣会科英布拉学院附属于科英布拉大学。科英布拉大学作为葡萄牙最古老的大学，于1290年在里斯本成立，后几经辗转，1537年迁至科英布拉方正式名为科英布拉大学。1542年，在葡萄牙国王的支持下，在科英布拉大学成立相对独立的耶稣会学院；1547年，该学院升格为艺学院（College of Arts），因教育卓著而广为外国认可；1555年，艺学院被委任耶稣会管理并成为科英布拉大学的一部分。至18世纪下半叶耶稣会在葡萄牙被取缔，耶稣会在科英布拉大学一直占有非常强势的地位。参见Cristiano Casalini，trans.Luana Salvarani，Aristotle in Coimbra：The Cursus Conimbricensisand the Education at the College of Arts，London/New York：Routledge，2017，pp.34-50.
[36]1584年，为纪念教皇格里高利十三世，罗马学院改名为格里高利大学（Gregorian University）。
[37]ThomasWorcester，ed.，The Cambridge Companion to the Jesuits，Cambridge：Cambridge University Press，2008，pp.74-75.
[38]ThomasWorcester，ed.，The Cambridge Companion to the Jesuits，Cambridge：Cambridge University Press，2008，pp.74-75.
[39]Claude Pavur，S.J.，trans.& annotated，The Ratio Studiorum：The Official Plan for Jesuit Education，St.Louis，MO.：Institute of Jesuit Sources，2005.(www.xing528.com)
[40]Robert Schwickerath，S.J.，Jesuit Education：Its History and Principles Viewed in the Light ofModern Educational Problems，St.Louis，MO.，1903，pp.133-134.
[41]James M.Lattis，Between Copernicus and Galileo：Christoph Clavius and the Collapse of Ptolemaic Cosmology，Chicago/London：The University of Chicago Press，1994，pp.2-7.
[42]《天球论》（De sphera）是13世纪天文学家萨克罗博斯科（Johannes de Sacrobosco）以亚里士多德宇宙论和托勒密天文学为基础编写的讲义，在中世纪影响很大，注释本很多，其中尤以克拉维乌斯的注释本为甚，是耶稣会罗马学院的必修教材。参见James M.Lattis，Between Copernicusand Galileo：Christoph Clavius and the Collapse ofPtolemaic Cosmology，Chicago/London：The University of Chicago Press，1994.
[43]Ugo Baldini，Legem impone subactis：Studisu fi losofia e scienza deiGesuiti in Italia，1540-1632，Rome，1992；Ugo Baldini，Saggisulla cultura della Compagnia diGesù（secoli XVI-XVIII），Padua，2000.
[44]Alistair C.Crombie，Science，Art and Nature in Medieval and Modern Thought，London：Hambledon Press，1996，pp.118-126.
[45]Katharine Park，Lorraine Daston，eds.，Cambridge History of Science，Vol.3，Cambridge：Cambridge University Press，2008，p.555.
[46]David L.Wagner，ed.，The Seven Liberal Arts in the Middle Ages，Bloomington：Indiana U-niversity Press，1983.
[47]Robert Schwickerath，S.J.，Jesuit Education：Its History and Principles Viewed in the Light ofModern Educational Problems，St.Louis，MO.，1903.，pp.107-136.
[48]高一志在《童幼教育》尤其是下卷“西学第五”章中介绍了西方的教育制度：首先为文学；其次分为三端：一为法学，一为医学，一为哲学（斐罗所非亚，即格物穷理），哲学细分为五类：逻辑（落热加）、物理学（非西加）、数学（玛得玛弟加）、形而上学（默大非西加）、伦理学（厄第加）；最后为神学（陡罗日亚）。与此相类，艾儒略在《西学凡》中指出，西学教育按阶段大体分为六科：文科（勒铎理加）；理科（斐录所费亚），又可细分为：逻辑（落日加）、物理学（费西加）、形而上学（默达费西加）、数学（马得马第加）、伦理学（厄第加）；医科（默第济纳）；法科（勒义斯）；教科（诺搦斯）；道科（陡录日亚）。自然哲学则属于哲学或理科中的重要组成部分。参见徐光台：《明末西方教育的传入及历史反思》，《台湾东亚文明研究学刊》2004年第2期，第77-104页。
[49]方以智：《膝寓信笔》，《桐城方氏七代遗书》，光绪十四年刻本，页25a-b。
[50]John W.Padberg，S.J.，ed.，The Constitutions of the Society of Jesus and Their Complementary Norms：AComplete English Translation ofOfficial Latin Texts，St.Louis，MO.：The Institute of Jesuit Sources，1996，p.130.感谢潘澍原博士提供此文献。
[51]Charles B.Schmitt，et al.，eds.，The Cambridge History of Renaissance Philosophy，Cambridge：Cambridge University Press，1988，p.814.
[52]Charles B.Schmitt，et al.，eds.，The Cambridge History of Renaissance Philosophy，Cambridge：Cambridge University Press，1988，p.814；John P.Doyle，translated with introduction and notes，The Conimbricenses：Some Questions on Signs，Milwaukee（Wisconsin）：Marquette University Press，2001，pp.15-21.
[53]如北堂藏书包括所有这些讲义（编号1359—1379），并相应有多种版本，见Hubert Verhaeren，Catalogue de la Bibliothèque du Pé-t'ang，Pékin：Imprimerie des Lazaristes，1949，pp.395-399.
[54]戚印平：《沙勿略与耶稣会在华传教史》，《世界宗教研究》2001年第1期，第66-74页。
[55]较之西方，中国的自然观念以天人合一为基础，带有浓厚的综合特征和人文色彩。在众多的学派中，几乎每一个学派都有自己的自然观念，这些观念经过长时间的相互影响和融合，再加上儒学的独尊，最终形成以儒家思想为主导的自然观。概而言之，气、阴阳、五行、盖天说、浑天说、宣夜说等是最能反映中国自然哲学的一些概念。Cf.Joseph Needham & Wang Ling，Science and Civilisation in China：History of Scientific Thought，Vol.2，Cambridge：Cambridge University Press，1956；席泽宗主编：《中国科学技术史·科学思想卷》，北京：科学出版社2001年版。
[56]徐光台：《藉“格物穷理”之名：明末清初西学的传入》，哈佛燕京社、三联书店主编：《理性主义及其限制》，北京：生活·读书·新知三联书店2003年版，第165-208页。
[57]钟鸣旦：《格物穷理：十七世纪西方耶稣会士与中国学者间的讨论》，《哲学与文化》1991年第7期，第604-616页；ThomasWorcester，ed.，The Cambridge Companion to the Jesuits，Cambridge：Cambridge University Press，2008，p.175.
[58]钱存训著，戴文伯译：《近世译书对中国现代化的影响》，《文献》1986年第2期，第176-204页。
[59]明清之际亦传入一些西方生理、心理学著作，如《泰西人身说概》《人身图说》《性学觕述》等。这类著作多涉及生物的生理和心理现象，并常归于神学，与自然哲学亦有某些关联。参见董少新：《形神之间：早期西洋医学入华史稿》，上海古籍出版社2012年版。
[60]高母羡虽未在中国内地活动，其著述当时亦未传入中国，但因《辩正教真传实录》一书以中文编译，且主要针对的是当地的华侨，故本书亦一并论之。
[61]汤开建、周孝雷：《明代利玛窦世界地图传播史四题》，《自然科学史研究》2015年第3期，第294-315页。利玛窦1584年在肇庆刊刻的地图应名为《大瀛全图》，而非一般认为的《山海舆地（全）图》。
[62]此外，《表度说》《万物真原》《主制群徵》《灵言蠡勺》《寰宇始末》以及《崇祯历书》等著作中对西方自然哲学亦有不同程度的涉及。
[63]陈美东：《中国科学技术史·天文学卷》，北京：科学出版社2003年版，第638页；徐光台：《明清鼎革之际王英明〈历体略〉的三阶段发展》，《故宫学术季刊》2008年第1期，第41-74页。
[64]宋应星：《谈天·日说一》，载《宋应星佚著四种：〈野议〉〈论气〉〈谈天〉〈思怜诗〉》，上海人民出版社1976年版，第101页。玛八作（Mapazo），在现在阿根廷境内。
[65]江晓原：《明清之际中国人对西方宇宙模型之研究与态度》，载杨萃华、黄一农主编：《近代中国科技史论集》，南港：中研院近代史研究所、新竹清华大学研究所，1991年，第33-53页；祝平一：《中法殿军张雍敬》，《自然科学史研究》2011年第4期，第409-416页。
[66]曹婉如、席泽宗曾对士人对西学的态度分为全盘接受、选择吸收和彻底反对三类，但他们的主要着眼点在整个西学上〔见《中国科学技术史稿》（下），北京：科学出版社1982年版，第203-206页；《中国科学技术史·科学思想卷》，北京：科学出版社2001年版，第12-13页〕，而此处则主要从自然哲学上探讨。
[67]Hubert Verhaeren，“Aristote en Chine，”Le Bulletin Catholique de Pékin（《北京公教月刊》）22（1935）：417-429.此文后被方豪摘译为《论寰有诠译本》，发表于《我存杂志》1937年第3期，第127-128页。
[68]Hubert Verhaeren，Catalogue de la Bibliothèque du Pé-t'ang，Pékin：Imprimerie des Lazaristes，1949；徐宗泽：《明清间耶稣会士译著提要》，上海：中华书局1949年版。
[69]参见方豪：（1）《方豪文录》，北平：上智编译馆1948年版；（2）《中西交通史》，1953—1954年；（3）《李之藻研究》，台北：商务印书馆1966年版。
[70]如Joseph Needham，Science and Civilisation in China，Vol.3：Sections 19-25，Cambridge：Cambridge University Press，1959，pp.437-461.
[71]Willard J.Peterson，（1）Fang I-chih's Response to Western Knowledge，Harvard doctoral dissertation，1970；（2）Willard J.Peterson，“From Interest to Indifference：Fang I-Chih and Western Learning，”Ch'ing-shih wen-t'i3，no.5（1975）：60-80；（3）Fang I-Chih：“Western Learning and the‘Investigation of Things'，”in W.T.de Bary ed.，The Unfolding of Neo-Confucianism，New York/London：Columbia University Press，1975，pp.369-411；（4）Bitter Gourd，Fang I-chih and the Impetus for Intellectual Change，New Haven/London：Yale University Press，1979.
[72]Willard J.Peterson，“Western Natural Philosophy Published in Late Ming China，”Proceedings of the American Philosophical Society 117，no.4（1973）：295-322.
[73]张永堂：（1）《方以智的生平与思想》，台湾大学历史研究所博士论文，1977年；（2）《明末方氏学派研究初编：明末理学与科学关系试论》，台北：文镜文化事业有限公司1987年版；（3）《明末清初理学与科学关系再论》，台北：台湾学生书局1994年版。
[74]冯锦荣：（1）《明末清初方氏学派之成立及其主张》，载山田庆儿编：《中国古代科学史论》，京都：京都大学人文科学研究所1989年版，第139-219页；（2）《明末熊明遇父子与西学》，载《明末清初华南地区历史人物研讨会论文集》，香港：香港中文大学历史系，1993年，第117-135页；（3）《明末熊明遇〈格致草〉内容探析》，《自然科学史研究》1997年第4期，第304-328页；（4）《熊明遇（1579—1649）的西学观：以熊氏早期的西学著作〈则草〉为中心》，《明清史集刊》（香港大学）2001年第5卷，第323-344页；（5）《明末清初知识分子对亚里士多德自然哲学的研究——以耶稣会士傅泛际与李之藻合译的〈寰有诠〉为中心》，载吴嘉丽编：《世界华人科学史会议论文集》，台北：淡江大学历史学系、化学系，2001年，第379-388页；（6）《明万历版利玛窦辑、毕懋康演、佘永宁刊刻〈乾坤体义〉蠡探——兼论利玛窦对〈节本托勒密天文学大成〉的校算工作及耶稣会的知识》，北京外国语大学中国海外汉学研究中心、中国近现代新闻出版博物馆编：《西学东渐与东亚近代知识的形成和交流》，上海人民出版社2012年版，第342-374页。
[75]石云里：《〈寰有诠〉及其影响》，《中国天文学史文集》（第6集），北京：科学出版社1994年版，第323-344页；Han Qi，“F.Furtado（1589—1653）S.J.and His Chinese Translation of Aristotle's cosmology，”History of Mathematical Sciences：Portugal and East Asia，Lisboa：Fundação Oriente，2000，pp.169-179；韩琦：《傅汎际、李之藻译〈寰有诠〉及其相关问题》，《西学东渐研究》（第五辑），北京：商务印书馆2015年版，第224-234页。
[76]徐光台：（1）《明末清初西方“格致学”的冲击与反应：以熊明遇〈格致草〉为例》，载《世变、群体与个人：第一届全国历史学学术讨论会论文集》，台北：台湾大学历史系1996年版，第236-258页；（2）《明末西方四元素说的传入》，《清华学报》1997年第3期，第347-380页；（3）《明末清初中国士人对四行说的反应：以熊明遇〈格致草〉为例》，《汉学研究》1999年第2期，第1-30页；（4）《熊明遇对天体色相的看法》，《台湾哲学研究》2000年第3期，第23-46页；（5）《明末清初中西传统自然哲学的遭遇：以熊明遇论冰雹为例》，李弘祺编：《理性、学术与道德的知识传统》，台北：喜马拉雅基金会2003年版，第575-610页；（6）《异象与常象：明万历年间西方彗星见解对士人的冲激》，《清华学报》2009年第4期，第529-566页；（7）熊明遇著，徐光台校释：《函宇通校释：格致草（附则草）》，上海交通大学出版社2014年版。
[77]徐光台：（1）《儒学与科学：一个科学史观点的探讨》，《清华学报》1996年第4期，第369-392页；（2）《“自然知识儒学化”：通过自然知识在“格物穷理”中的地位来看朱熹与利玛窦间的历史关连》，载钟彩钧主编：《朱子学的开展：学术篇》，台北：汉学研究中心2002年版，第161-195页；（3）《利玛窦〈天主实义〉中的格物穷理》，《清华学报》1998年第1期，第47-73页；（4）《藉“格物穷理”之名：明末清初西学的传入》，载《理性主义及其限制》，北京：生活·读书·新知三联书店2003年版，第165-208页。
[78]Yoshida Tadashi，“Cosmology in the Xuanji Yishu（璇玑遗述）of Qi Xuan（揭暄）”，《香港大学中文系集刊》1987年第2期，pp.13-20.
[79]石云里：（1）《揭暄的潮汐学说》，《中国科技史料》1993年第1期，第90-96页；（2）《揭暄对天体自转的认识——兼论揭氏在清代天文学史上的重要地位》，《自然辩证法通讯》1995年第1期，第53-57页；（3）《揭暄对欧洲宇宙学与理学宇宙论的调和》，《九州学林》第2卷2期，上海：复旦大学出版社2004年版，第43-64页。
[80]王元春：《试论揭暄的宇宙演化思想》，《科学技术与辩证法》2003年第3期，第67-70页。
[81]孙承晟：（1）《明清之际士人对西方自然哲学的反应：以揭暄〈昊书〉和〈璇玑遗述〉为中心》，中国科学院自然科学史研究所博士学位论文，2005年；（2）《揭暄〈璇玑遗述〉成书及流传考略》，《自然科学史研究》2009年第2期，第214-226页。
[82]陈悦：《会通与重构：〈璇玑遗述〉研究》，南京：江苏科学技术出版社2012年版。
[83]林金水：《利玛窦输入地圆说的影响与意义》，《文史哲》1985年第5期，第28-34页；郭永芳：《西方地圆说在中国》，《中国天文学史文集》（第四集），北京：科学出版社1986年版，第155-163页；洪健荣：《明末清初熊明遇对西方地圆说的反应：〈格致草〉相关地圆论题的传承与发展》，《第四届科学史研讨会汇刊》，南港：台湾中研院科学史委员会，1996年，第107-129页；祝平一：《跨文化知识传播的个案研究：明清之际地圆说的争议（1600—1800）》，《中央研究院历史语言研究所集刊》1998年第六十九本第三分，第589-670页；Pingyi Chu，“Trust，Instruments，and Cross-Cultural Scientific Exchanges：Chinese Debate over the Shape of the Earth，1600-1800，”Science in Context 12，no.3（1999）：385-411；陈美东、陈晖：《明末清初西方地圆说在中国的传播与反响》，《中国科技史料》2000年第1期，第6-12页。
[84]今井溱：《乾坤體義雜考》，藪內清、吉田光邦編：《明清時代の科學技術史：京都大學人文科學研究所研究報告》，京都大學人文科學研究所1970年版，第35-47页。
[85]Joseph Needham & Wang Ling，Science and Civilisation in China：Mathematics and the Sciences of the Heavensand the Earth，Vol.3，Cambridge：Cambridge University Press，1959，pp.437-461.
[86]江晓原：《明清之际中国人对西方宇宙模型之研究与态度》，杨萃华、黄一农主编：《近代中国科技史论集》，南港：中研院近代史研究所、新竹清华大学历史研究所1991年版，第33-53页。
[87]孙承晟：（1）《明末传华的水晶球宇宙体系及其影响》，《自然科学史研究》2011年第2期，第170-187页；（2）《明清之际西方“三际说”在中国的流传和影响》，《自然科学史研究》2014年第3期，第259-271页。
[88]Nicolas Standaert，（1）“Methodology in View of Contact Between Cultures：The China Case in the 17th Century，”CSRCSOccasional Paper，No.11，Center for the Study of Region and Chinese Society，Chung Chi College，The Chinese University of Hong Kong，2002；（2）《礼仪的交织：明末清初中欧文化交流中的丧葬礼》，上海古籍出版社2009年版，第227-253页；（3）“Jesuit Corporate Culture as Shaped by the Chinese，”in John W.O'Malley S.J.，Gauvin Alexander Bailey，Steven J.Harris，T.Frank Kennedy S.J.，eds.，The Jesuits：Cultures，Sciences，and the Arts，1540-1773，Toronto/Buffalo/London：University of Toronto Press，1999，pp.352-363.
[89]Nicolas Standaert，（1）“The Classification of Sciences and the JesuitMission in Late Ming China，”in Jan.A.M.De Meyer & Peter M.Engelfriet，eds.，Linked Faiths：Essays on Chinese Religions and Traditional Culture in Honour of Kristofer Schipper（Sinica Leidensia，46），Leiden：Brill，1999，pp.287-317；（2）《格物穷理：十七世纪西方耶稣会士与中国学者间的讨论》，《哲学与文化》1991年第7期，第604-616页；（3）《简论明末清初耶稣会著作在中国的流传》，《史林》1999年第2期，第58-62页.
[90]Benjamin A.Elman，On Their Own Terms：Science in China，1550-1900，Cambridge（Mass.）/London：Harvard University Press，2005.
[91]Qiong Zhang，Making the New World Their Own：Chinese Encounterswith Jesuit Science in the Age ofDiscovery，Leiden/Boston：Brill，2015.另亦有用“贸易区”（Trading Zone）理论阐述明清中西科学交流者，见Xiang Huang，“The Trading Zone Communication of Scientific Knowledge：An Examination of Jesuit Science in China（1582-1773），”Science in Context 18，no.3（2005）：383-427.
[92]Nicolas Standaert，（1）The Interweaving ofRituals：Funerals in the Cultural Exchange Between China and Europe，Seattle/London：University ofWashington Press，2008；（2）The InterculturalWeaving ofHistorical Texts：Chinese and European Stories About Emperor Ku and His Concubines，Leiden：Brill，2016.（前者中译本见钟鸣旦著，张佳译：《礼仪的交织：明末清初中欧文化交流中的丧葬礼》，上海古籍出版社2009年版。）
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