在中国，虽没有一个准确的学科与自然哲学相对应，但对自然观念的探索却并从未中断过。[55]宋明理学以来，格物在很大程度上可指代这种对自然的研究。明清之际，耶稣会士正是借“格物穷理”之名传入西学。[56]由于当时气本论的兴盛，西学传入正好与“实学”思潮多有契合，士人多称赞西方传入历法、测量、水利等具有实效，因此颇获接纳[57]，使之在当时得以广泛传播并发挥深刻影响。
为吸引中国士人的兴趣，科学成为重要的媒介。在耶稣会士明清之际编译的众多西学作品中，科学著作占有可观的比例。据不完全统计，自明末至清中前期传教士编译的西学著作437种，科学类131种[58]，其中关于西方自然哲学的著作亦有10余种[59]，这些著作以亚里士多德学说为基础，内容主要涵盖西方中世纪晚期的宇宙论和自然知识。
西方自然哲学最初传入中国始于罗明坚，他在1584年刊行的《新编西竺国天主实录》（以下简称《天主实录》）中全面介绍了天主教义，其中亦简略涉及水晶球宇宙体系。该书后经阳玛诺、傅汎际（Francisco Furtado，1589—1653）等增订，易名《天主圣教实录》，刊于崇祯末年。此二书虽在传播西学上有筚路蓝缕之功，但流传、影响有限。与此类似，在菲律宾传教的西班牙多明我会传教士高母羡（Juan Cobo，1546—1592）亦编译了《辩正教真传实录》，1593年刊于马尼拉[60]，其中亦附带介绍了与教义相关的水晶球宇宙理论，以及不少西方地理和生物学知识。
大约与罗明坚的《天主实录》同时，利玛窦1584年在肇庆刊刻了《大瀛全图》，后方有赵可怀（1565年进士）在苏州勒石而成的《山海舆地图》（1597）和吴中明（？—1608）在南京刊刻的《山海舆地全图》（1598），现均已佚。但据所存的一些资料，这些世界地图其实已经涉及地圆说、经纬度、天地关系等一些基本的西方自然观念[61]，再加上利玛窦的能言善辩，及其随身展示的地球仪、三棱镜等，完全可以想象当时士人的震惊与好奇。当然，影响更大的是这些地图的后来版本，如李之藻（1565—1630）刻印的《坤舆万国全图》（1602）、李应试刻印的《两仪玄览图》（1603），绘制更为精美，解说更为详细，轰动士林。这两幅图上的解说文字便成为后来《乾坤体义》的蓝本。
随着徐光启、李之藻等士人对西学的好感日增，在他们的要求下，相继又有熊三拔（Sabatino de Ursis，1575—1620）的《泰西水法》（1612）、阳玛诺（Manuel Dias Jr，1574—1659）的《天问略》（1615）、龙华民（NiccolòLongobardo，1565—1655）的《地震解》（1626）、傅汎际的《寰有诠》（1628）、高一志（Alfonso Vagnone，1568/69—1640）的《空际格致》（1633？）和《斐录答汇》（1636）等译著问世。这些著作对西方自然哲学作了全面而深入的介绍。[62]其中尤以《寰有诠》和《空际格致》最为系统，前者基本直译自科英布拉学院《论天注疏》，对亚里士多德宇宙论进行了详尽的阐述，哲学味极为浓厚；后者大体出自《天象学注疏》，以四元素说为基础对空中的各种天气现象作了全面的论说。入清后，南怀仁在《坤舆格致略说》（后增补为《坤舆图说》）中对西方自然哲学亦有涉及，但其内容多祖述前辈耶稣会士的著作，如艾儒略的《职方外纪》、高一志的《空际格致》、龙华民的《地震解》等。
综而言之，明清之际所介绍的西方自然哲学主要分为两类：宇宙论和自然知识，对应于亚里士多德自然哲学中的天界（Celestial region）和地界（Terrestrial region）。前者如《天主实录》（后增订为《天主圣教实录》）《乾坤体义》《天问略》《寰有诠》等，讨论的是月上世界（由第五元素以太构成）的结构、运动机制以及与天主教义的关联；后者如《泰西水法》《地震解》《空际格致》《斐录答汇》《坤舆图说》等，论述月下世界（由四元素组成）的各种自然现象及其原因。当然，这只是大体的划分，不少著作（如《辩正教真传实录》《乾坤体义》《寰有诠》等）对宇宙论和自然知识均有涉及。(www.xing528.com)
较早接触到西方自然哲学的乃是早期与利玛窦往来尤其是帮助利氏刊刻世界地图的士人。章潢（1527—1608）是最早对西方自然哲学有明确回应的学者，在其《图书编》中辑录了利玛窦的水晶球宇宙体系，惟仅列九重天且各重天的次序从外而内，与利说相反。与此类似，徐应秋（1616年进士）在《玉芝堂谈荟》中亦记载了顺序相反的九重天体系。
王英明（？—1614）的《历体略》是第一部中国士人独立编纂的介绍当时已传入的西方天文学知识的著作[63]，书中表明作者对西学已有较为深入的了解。此后，熊明遇与耶稣会士多有交往，对西学怀有浓厚的兴趣，所著《则草》和《格致草》（由《则草》增补而成）对西方的自然哲学多有吸收，并以此批评宋明理学。博学多才的方以智对西学比较热心，但亦多有批评，撰有《物理小识》，提出西学“详于质测而拙于言通几”的观点，影响甚巨。揭暄的态度大抵与方以智相类，并对西方自然哲学作了系统的反思与批评，撰有《璇玑遗述》，在传统元气说和阴阳理论的基础之上，结合西方宇宙论的空间观念，创造了自洽而完备的元气旋涡宇宙体系和气象理论，堪为明清之际中西科学交流创造新知的典范。游艺曾师从黄道周（1585—1646）和熊明遇，与揭暄交好，其《天经或问前集》对熊明遇的观点颇多吸收，《天经或问后集》则在揭暄的影响下，对西学的态度有所改变。
对西方自然哲学截然反对的亦不乏其人。沈
（1565—1624）、杨光先（1597—1669）对西学的反对在很大程度上因为政治上的原因，宋应星、王夫之则是基于文化的冲突。宋应星明确反对地圆说：“西人以地形为圆球，虚悬于中，凡物四面蚁附，且以玛八作之人与中华之人足行相抵。天体受诬，又酷于宣夜与周髀矣。”[64]耐人寻味的是，方以智和王夫之过从甚密，但在对待西学上却有着泾渭之别。方以智尽管对西方的通几提出批评，对所谓质测还是较为赞赏，而王夫之却连地圆说都难以相信，认为“何其陋也”。更有甚者，清初历算家张雍敬（约1642—1719），梅文鼎以一年之力，竟然仍未能说服他接受地圆的观念。[65]王夫之、张雍敬尚且如此，可以想象，两种截然不同的自然观相逢，对当时普通士人的冲击会有多大。[66]
因西方自然哲学与神学、天文学、气象学紧密相连，与中国的自然观念大相径庭，为获得中国士人的认同与好感，传教士（及其助手）无论是在术语的选择、语句的表达，乃至原意的理解上，都作了很多策略性的取舍或变通。如传教士多在西学知识中相应加入上帝的观念，利玛窦绘制世界地图之以中国为中央、所谓“地为方者，乃语其定而不移之性，非语其形体也”的论说，利玛窦、傅汎际借用阴阳理论解释西方气象知识等。另一方面，西方自然哲学传入中国后，因士人的知识背景各异，理解千差万别，其中不乏有意无意的“误解”，同时造成不少因异质观念融合产生的新知。这些均体现了明清之际中西科学交流中知识的变形和观念的交织。
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