以最具代表性的儒家而言，中国传统的自然观念以天人合一为中心，天、地、人相互关联，气论、阴阳说、五行论、浑天说、盖天说等是其理论基础，气又可以说是其中最为核心的概念。[5]气在不同的时期有着不同的发展与内涵。[6]明代中前期，由于宋明理学，尤其是陆王心学的空谈心性，而使格致之学陷于冷落和沉寂。[7]在朱熹（1130—1200）那里，我们还能见到一些对自然的关怀（虽然其最终指向仍为德性和伦理）[8]，而到了王阳明（1472—1529），则只剩下对人心的澄清了。阳明心学在明朝中后期的影响甚大，心学学派遍及朝野。然而，随着明末政治、社会矛盾的尖锐，尤其是受到满清的沉重打击之后，迫使当时的知识分子去反思明朝式微的原因。阳明心学因此而成为众矢之的，人们普遍认为是它的空疏导致了道德的败坏和明朝的灭亡。在反对王学的思潮中，很多学者主张由陆王返程朱，亦有如孙奇逢（1584—1675）、黄宗羲（1610—1695）、李颙（1627—1705）等提出对王学修正的[9]，当然，更有纯粹反对宋明理学而全力提倡实学[10]（唯物实体论）的。尽管这三个思潮表现出很多的差别，但它们在内在理路上却颇为一致，即均主张“崇实黜虚”，只是程度有所不同。[11]
气本论是明末实学的主要表现，不仅本身不断发展壮大，而且还波及陆王返程朱和修正王学两个潮流，使实学逐渐成为当时的主要思潮，在明中后期发挥了重要的影响。气本论的系统阐发源自北宋的张载（1020—1077），是中国哲学史上的重要篇章，但后终被程朱理学所“淹没”。明代中后期，因对心学（以及理学）的批判和抵制，张载的气本论得到显著的传承与发展，王廷相（1474—1554）则是其中的关键人物。[12]
王廷相是明代中叶著名的哲学家，其主要贡献是发展了张载的气本论思想。他反对道家将“道”确立为万物生化的本原，也不赞成宋明理学所认为的“理生万物”，而是主张万物生化归于“元气”（气之本然状态）：“元气者，天地万物之宗统。有元气则有生，有生则道显。故气也者，道之体也；道也者，气之具也。以道能生气者，虚实颠越，老庄之谬谈也。儒者袭其故智而不察，非昏罔则固蔽，乌足以识道！”[13]
王廷相反对朱熹的理在气先[14]，也反对五行家说，指出所谓五行为圣王之后的异端之说，“水、火、土，天地之大化也；金、木者，三物之所自生，与人物所同出者也，安可与之相配？”不但金、木不可作为五行之二，水、火、土在生成上亦有先后顺序，“天地之初，惟有阴阳二气而已。阳则化火，阴则化水。水之渣滓便结成地。渣滓成地即土也，金、木乃土中所生。五行本然先后顺序如此。后之学者，乃不于是而求之，怪怪然惟五行家是信，亦何不思之甚哉！”[15]
王廷相之后，吴廷翰（1491—1559）、唐鹤征（1538—1619）、杨东明（1548—1624）、顾炎武（1613—1682）、王夫之（1619—1692）等人对气本论发扬光大[16]，对明清之际的思想影响甚大。尤其是王夫之对气本论哲学进行了全面的总结，并明确宣称是张载的继承者。他在哲学阐述上更进一步，形成了一个综合哲学、史学、伦理、宗教的通贯体系，亦是对宋明道学乃至整个中国传统哲学的批判总结。针对程朱“理在气先”之说，他指出“天人之蕴，一气而已”，反复申说“理依于气”“理在气中”；此外，针对朱熹之“道器之间，分际甚明，不可乱也”，他认为道本于器，“盈天地间皆器矣”。从气本论到器本论，由唯气进而讲唯器，王夫之彰显了一种更为明确的唯物论。[17]
气本论的思潮对明末的科学有着深刻的影响。李时珍（1518—1593）认为宇宙“变化皆由于一气”，在其巨著《本草纲目》中，将1892种本草列16部为纲，分60类为目，并指出：“今各列为部，首以水、火，次之以土，水、火为万物之先，土为万物之母也。次之以金、石，从土也。次之以草、榖、菜、果、木，从微至巨也。……”[18]在李时珍看来，水、火是“万物之先”，土是构成万物的直接来源，其余金、石、木等则次之，乃是从土而生。这显然是对王廷相思想的继承。(www.xing528.com)
被李约瑟称为“中国狄德罗”的宋应星（1587—约1666）亦主张气本论。或许是与其“天工开物”思想相呼应，他提出“形气化”之说，指出“天地间非形即气，非气即形，杂于形与气之间者，水火是也。由气而化形，形复返于气，百姓日习而不知也。”总之，世界都是由气构成的。由气开始，有“气聚而不复化形的”的日月，有“形成而不复化气”的土石、五金，有“化为形而不能固”的雨雪、冰雹，有“初由气化形人见之，卒由形化气人不见”的草木、虫鱼、禽兽、生人[19]，反映了他形气相互转化的唯物观念。
明末奇士傅山（1607—1684）指出：“老夫尝谓气在理先，气蒸成者始有理，山川、人物、草木、鸟兽、虫鱼皆然。右云理在气先，但好听耳，实无着落。”并从文献实证的角度对宋儒之“理”及“理学”进行了激烈的批驳。[20]
方以智（1611—1671）[21]主张气一元论，认为：“盈天地间皆物也。……通观天地，天地一物也。”[22]进而指出：“一切物皆气所为，空皆气所实也。”五行为不同性质的气，世间万事万物是气所形，精神亦为气所化。方以智同时还列举了气的四种运动形式（方以智称为“四几”）：形（凝形之气）、空气[23]（未凝形之气）、光（气蕴发为光）、声（气窍激为声）。此外尚有其他“未凝、未发、未激”各种表现形式。方以智特别重视水、火的作用，提出“水火两行交济”的命题，指出水火分属阴阳二气，两者相交相济才能维持天地间的运转，其中尤其重视火的主导性，指出“凡运动，皆火之为也。”[24]方以智崇尚火的思想，既有元明医家“主火论”的渊源，亦有当时西士认为四元素中火元素更高贵的影响。
在气本论思潮和西学东传的熏染下，明清之际出现科技知识[25]蓬勃发展的一个高峰。李时珍的《本草纲目》、徐霞客的《徐霞客游记》，宋应星的《天工开物》《谈天》《论气》，徐光启的《农政全书》，熊明遇（1579—1649）[26]的《则草》《格致草》，方以智的《物理小识》，揭暄[27]的《昊书》《璇玑遗述》，游艺（1614—1684）[28]的《天经或问》等书，虽主题各有差别，但均明显具有气本论的特征。[29]可以说，宋代以降，中国的哲学思想大体上有一个从“理本论”“心本论”到“气本论”的过渡与发展。
在对明清之际科学史或中西交流史的研究中，学界较少注意到明末气本论的兴起及其与当时科学之关系。很多学者仍然把当时科学的兴起与朱子学的复兴联系在一起，认为是朱子格致学促进了科学的发展。[30]朱子“十之三四”的格物确实对当时的科学起到了一定的作用，但其“理生物”“理在事先”等观念也遭到当时许多士人的强烈批评。因此，晚明固然有一股从心学到程朱理学的诉求，但气本论的兴起无疑是更为重要的思潮。此说一方面主张宇宙的气一元论，具有显著的唯物主义特征，另一方面亦对五行说提出批判，而对金、木的原初性提出质疑，认为金、木与其他事物一样，也是气化所成，与当时经由传教士传入中国的四元素说等西方自然哲学相互激荡、交织，产生诸多新的论争与融合。
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