晚年的陈独秀虽没有青年时代的激进与张扬，但在国家危难之时，他仍旧不忘自身使命，提出多种抗战救国策略。
对于如何抵抗日本的侵略战争，陈独秀提出，应发挥广大人民群众的作用，坚持全民抗战，齐心协力，共同取得抗日战争的胜利。陈独秀在发表的《各党派应如何巩固团结》中指出，各党派应以大局为重，形成为民族生存而奋斗的共同意志，团结抗战。他奉劝那些主张统一思想信仰的人们，多做点抗日救亡工作，少发点幻想。[6]
对此，陈独秀主张，党政当局应完成自上而下的改革，募集公债、动员民众、训练壮丁。
抗日战争期间，随着民族矛盾的日益加深，陈独秀曾提出抗战与建国并举的设想，主张在抗战的同时，建立独立的国家。陈独秀在《抗战与建国》一文中指出：
近来新发现“抗战建国”这一名词，可以说是有深思远虑的了。唯解释各有不同，有人说抗战胜利后再来建国；有人说一面抗战，一面建国；我认为这两说都是完全对。抗战就是建国事业之一，并且中国已建国数千年，即以民国而论，二十七年前的辛亥革命，就已经是建立一个近代国家之开端。倘以建国作建设工业解，那便诚然非抗战胜利后谈不到，无论是内战或对外战争，都是破坏经济的，尤其是对外战争，海口被封锁，交通被破坏，机器原料之输入都很困难。原有的工业基础都很难维持，民族工业之大规模的发展，更是梦话了。[7]
由于社会环境的影响及自身认识的偏差，陈独秀的某些抗战主张也有一定的历史局限性。(www.xing528.com)
陈独秀在《论游击队》中认为，敌人首先占据的是沿海大城市，妄想拿乡村来支配城市正是敌人求之不得的。此外，陈独秀还提到对游击队的认识：
在此次抗战中，如果我们执迷不悟，过分地估计游击队和游击战术，无意识地帮助敌人更容易地占据了我们全国的大城市和交通要道，即使游击队布满了全国的农村和小城市，甚至避开敌人的势力在偏僻的地方建立一些可怜的边区政府，仍然算是亡了国。[8]
可以说，陈独秀的观点与中国共产党强调的游击战争在抗日战争中的重大战略作用有本质的区别。
以上陈独秀关于抗战的见解和主张，虽然某些意见没有得到国民政府的重视，但是这些主张体现了陈独秀赤诚的爱国之心并在一定程度上鼓舞了全国军民共同抗战的决心。
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