1.音韵学方面
陈独秀晚年的十余个春秋，从未停止过对文字学的研究。他实际完成的著述，也以文字学研究为主。即使在辞世时，他的书桌上还摞着尚未出版的文字学书稿。晚年陈独秀音韵学的研究成果主要有：
（1）《古音阴阳入互用例表》。据陈独秀书稿整理者何之瑜说：“此稿系先生著于南京狱中，二十九年冬，先生成小学识字教本上篇及自序后，重订此稿，次年秋，书自序一篇，并嘱建功序印于白沙，分赠友生。”[7]《古音阴阳入互用例表》将古音分成四类十系，将《说文》《至篇》《广韵》《集韵》所收之字，依类录入，书写条理至为明晰。
（2）《中国古代语音有复声母说》。“此稿亦著于南京狱中，成于古音阴阳入互用例表之前，而后发布于东方杂志三十四卷第二十号及二十一号。”[8]这是一篇有独到见解的音韵论文。陈独秀深入研究中国古代语音后认为，人类语言之起源，或由于惊呼感叹，或由于拟物之音，日渐演变孳乳，遂成语言。惊呼感叹多演为韵及韵母，拟物之音多演为复声母。文章对单韵字研究中传统的“叶韵”（押韵）和“通转”之说表示异议，并提出以“复声母说”取而代之。
（3）《连语类编》。此稿的学术价值在于，汇编了古籍中遗留有复声母痕迹的连语（转语，联绵词），反驳了中国语言系单音节的说法，为“古代语音有复声母说”提供了证据。1941年，陈独秀写了《连语类编》自序，并在自序中提到研究连语的意义：“中国拼音文字之难行，单音及方音为二大障碍，古今语皆多复音之义明，拼音文字之障碍去其一矣。故此书非徒以考古。”[9]可见，陈独秀的研究旨在推动中国拼音文字的推广。事实上，早在新文化运动时期，陈独秀与钱玄同等人便试图在中国推广拼音文字，但由于种种原因，未能如愿。如此看来，陈独秀作此稿，正是延续了其新文化运动时期未完成的事业。此稿在狱中未能得到出版，之后在江津油印，并赠予北大同学及友人，以作报答。
（4）《荀子韵表及考释》。“此稿著于南京狱中，未注明写作年月，曾发布于《东方杂志》第三十四卷第二号。”[10]文章考释了战国时期荀子著作中的一些古字的读音，后被收入《古音阴阳入互用例表及其他》一书。
（5）《屈原韵表及考释》。“此稿或系先生于南京狱中，著作尚未告成，而中日战起，先生出狱之后，间或写一二时论文章外，完全致力于小学识字教本之创作，故此稿未能续成也。”[11]文中主要考释了屈原著作中一些古字的读音。
（6）《晋吕静韵集目》。“此稿著于南京狱中，未注明写作年月，亦未见发表。”[12]后收入《古音阴阳入互用例表及其他》一书。
（7）《广韵东冬钟江中之古韵考》。“此稿成于南京狱中，曾发布于东方杂志第三十六卷第四号上，先生又于一九四〇年春，重行修正。”[13]文中考证了广韵数字同韵异读的情况，指出并补正了顾炎武、江永、江有浩等人在广韵研究上的舛误和不足。
以上七种音韵学著述，在陈独秀逝世后，由他的学生何之瑜汇编成《陈独秀遗著》，交予商务印书馆出版。1949年3月，商务印书馆名之为《古音阴阳入互用例表及其他》，将其排版出样，共约20万字。但因当时上海社会变动，该书未及出版。所幸这些手稿和清样，一直妥善保存至今，对后人研究古文字具有极高的史料价值。(www.xing528.com)
2.文字学方面
（1）《干支为字母说》。此是一短篇学术论文，同为陈独秀在狱中所作，文章未标明写作年月，亦未发表。在文章中，陈独秀提到“干支起源甚古，约在殷商之前”，而“观《尔雅》所载干支之异名，概为复音字，其义绝不同解”。因此，陈独秀认为，干支与汉字不同，乃外族传入之“译音”，指出阴阳五行家对于干支的解释是“逞臆忘说，干支为星宿辰属之说，也不能完全说通”。因此，陈独秀指出：“干支之解释求之于义，不如求之于音，故近人干支为字母之说，有所取焉。”
（2）《实庵字说》。此稿是继1913年《字义类列》之后，又一部逐步解释汉字的文字学著作，并陆续发表在《东方杂志》第三十四卷的第五、六、七、十三号上，引起了学术界的重视。因此，1942年6月9日的《新民晚报》有人评价说：“其书最大成就，即在将有关联谊之字，分别释例，而所举间附以英语学名，于九经文字，鼎彝刻词，及音韵诸书，均有捃拾……此较孙诒让所著《名原》，仅录古文者有别。”《实庵字说》在《东方杂志》上发表之后，引起了陈独秀与郭沫若的争论。
当时，国内关于中国社会史问题的论战方兴未艾。在这场论战中，有人认为，中国历来没有奴隶社会，而是在氏族废墟上建立了封建社会，自秦汉以来，则是商业资本主义社会。对此，陈独秀表示赞同，并通过古文字研究，证明中国古代没有奴隶社会。对于陈独秀的观点，郭沫若持反对意见，并写了《读〈实庵字说〉》用以批判陈独秀的观点。郭沫若说：“关于奴隶制这个问题，我敢于十分坚决地主张，中国也和希腊、罗马一样，对于马克思的那个铁则并不例外。”并指责陈独秀是古文字研究的“外行”。
对于陈独秀与郭沫若之间争论，蒲清泉则曾证实道：
《实庵字说》与郭沫若有过争论，他对郭沫若有些地方很钦佩，如郭说古代人不知人从何来，对生殖器崇拜，古文中“也”字很多，他说“也”字是女阴的象形，人从女阴中出来，人们觉得神奇。陈说这是郭的卓见，但有的地方陈又说郭浅薄。郭曾为文答覆，说陈在这方面是行家，是前辈，但他困在狱中，看不到许多书，所以孤陋寡闻。我不懂这个问题，之所以写下来，因确有这件事。[14]
（3）《小学识字教本》。“致力于寻找汉字的规律，以解决汉字难认、难记、难写的问题，是陈独秀竭力鼓吹汉字拼音的运动一时不能实现的情况下，另辟蹊径之为。”[15]在陈独秀看来，中国人很少注重研究事物的所以然，以至于中古的科技不发达。这种情况在文字学研究上便表现得十分明显。陈独秀指出，自古以来，中国过去的小学家（研究《说文》的人），都拘泥于许慎、段玉裁的《说文解字》和注，不能形成一个文字科学。中国文字训诂学也深受其影响，再加上一些人的穿凿附会，对于汉字规律的寻找和把握逐渐被复杂化和专业化了。
《小学识字教本》分为上下两篇，上篇释字根及半字根，下篇释字根所衍生的字，且每一字均解释形、义。此种识字方法能促使读者产生识字兴趣并帮助识记汉字。从教学看，则能够帮助学生奠定科学思想训练的基础。
对于晚年陈独秀来说，《小学识字教本》的编写任务繁重，1942年，陈独秀逝世，《小学识字教本》未能完成。其后，国立编译馆将此书油印50本，按照陈独秀生前所嘱分赠专家学者及友人。
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