为配合改革，陈独秀认为应该革新文学。陈独秀发表文章《文学革命论》，高举“文学革命军”大旗向封建文学进行抨击，为之奋不顾身，其中写道:
有不顾迂儒之毁誉，明目张胆以与十八妖魔宣战者乎？予愿拖四十二生的大炮，为之前驱。[9]
北大改革期间，由于陈独秀等人大力提倡白话文，反对文言文，甚至过激地提出废除中国文字的观点，一时遭到反对派的攻击。在与古文大师林琴南的争论中，陈独秀指出“学问独立，思想自由”是神圣不可侵犯的，谁反对这两大信条，谁就是“学术界之大敌，思想界之蟊贼”。他说，“所谓固有文化，无非是孔孟的伦理学说”，而伦理学说“随着人生的观念，变动不异……近日何日，岂容闭门独尊，故步自封”。
经过以陈独秀为代表的学者共同努力，通过《新青年》的传播，他们运用白话所写的文章深入人心，越来越多的人认清了形势，自动站到了文学改革者的阵营，由此推行白话文也越来越趋于现实。
陈独秀改革文学的主张和行动迎合了当时的社会，对促进中国文学的正常发展，抨击旧文学起了巨大作用。文学革命成为“五四”新文化运动的重要内容。经过他们的努力，1920年全国中小学语文教材开始使用白话文。废除文言文，采用白话文，是新文化运动的一件大事，也是陈独秀革新教育中的内容之一。(www.xing528.com)
陈独秀在北大两年多的时间里（1917年至1919年4月），除担任文科学长外，还兼任“本校评议会”的评议员、《北京大学日刊》编辑、“北京大学附设国史编纂处”编纂股主任、“本校入学试验委员会”副会长（会长为蔡元培）、“编辑会”评议员、“法文协会”评议部成员等职务。此外，他还与沈尹默等人向校评议会提出组织大学俱乐部，划分大学区域，制定教员制服等建议，并与刘半农等人推动白话文教学等。
陈独秀担任北大文科学长期间，北大变成了传播新文化、新思想的中心阵地，此自然遭到了校内守旧势力的攻击，古文大师林琴南对陈独秀的攻击最为猛烈。1919年3月18日，他在北京《公言报》发表《致蔡鹤卿书》，痛骂陈独秀“覆孔孟，铲伦常”，指出：
若尽废古书，行用土语为文字，则都下引车卖浆之徒，所操之语按之皆有文法，据此则凡京津之稗贩，均可用为教授矣。
同时，国会议员张元奇把陈独秀的教育改革作为材料之一，向国会弹劾教育部部长傅增湘和北大校长。受此影响，原先推荐陈独秀出任北大文科学长的汤尔和、沈尹默，转而要求蔡元培撤销陈独秀的文科学长之职。蔡元培虽然“颇不愿那时去独秀”，但迫于各方面压力，不得已于同年4月10日主持北大教授会议时正式决定废除学长制，改而成立由各科教授主任组成的教务处，马寅初出任首任教务长。陈独秀北大文科学长职务的撤销，宣告北大文科改革告终。
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