陈独秀到北大后继续利用《新青年》推进新文化运动，在思想上把反对封建礼教与政治主张、民主制度紧密结合起来，认为封建礼教与民主政治不能两立，尊孔必将导致复辟，定孔教为国教也就破坏了思想自由和宗教信仰自由的民主原则。关于学校教育问题，他发表了《今日教育方针》《近代西洋教育》等文，提倡资产阶级民主主义教育，对于当时的封建教育，进行了猛烈的抨击。他说：
像我们中国模仿西法创办学校已经数十年，而成效毫无。学校处数固属过少,不能普及，就是已成的学校，所教的无非是中国腐旧的经史文学，就是死读几本外国文和理科教科书，也是去近代西洋教育真相真精神尚远。此等教育，有不如无。因为教的人和受教的人，都不懂得教育是什么，不过把学校毕业当做出身地步，这和从前科举有何区别呢？[2]
陈独秀认为“中国教育必须取法西洋”，但“若真要取法西洋，应该弃神而重人，弃神圣的经典与幻想而重自然科学的知识和日常生活的技能”。用“科学实证的精神”，以日常生活的知识技能为“教课”内容，采用“自动的而非被动的，启发的而非灌输的，世俗的而非神圣的，直观的而非幻想的，全身的而非单独脑部的”启发式教育培养人才，并认为高等教育的宗旨不同普通教育和基础教育，应当以“研究学理”为主。(www.xing528.com)
关于教学方法，1917年5月，陈独秀集中提出要运用西方自动的、启发的、实用的、社会的、直视的、世俗的、全身的、推理的、科学的真教育方法，革新那种被动的、灌输的、虚文的、私人的、幻想的、神圣的、单独脑部的、记忆的、历史的伪教育方法。
1918年9月21日，陈独秀在北大开学仪式演说中指出，现在大学生的求学目的“可分为三类：即研究学理、备毕业后应用、得毕业证书”。他指出具有第三种目的的人“必不多”，第二种目的“虽不得谓之大谬，而仅能适合于专门学校”，“唯第一目的，始与大学适合”。[3]与此同时，陈独秀提出了深化教学改革，鼓励学生“研究学理”的具体办法。这些措施均贯穿着他的基本教育思想，即自动的、启发的、反对被动的、灌输式的教育，并指导着陈独秀在北大文科的教育教学改革。
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