政府间教育财政能力的差异直接影响了教育财政资金供给的充足和资金供给的公平，而这一问题必须通过政府间教育财政转移支付才能得到解决。转移支付是政府间的一种补助，它是以各级政府之间所存在的财政能力差异为基础，以实现各地公共服务水平均等化为主旨而实行的一种财政资金转移或财政平衡制度。在分级预算管理体制中，收支的划分不可能使各级预算主体的收支完全对应，并且同级预算主体之间在收支的对应程度上也存在差别，从而出现所谓财政收支的纵向不均衡和横向不均衡。前者是指各预算级次之间，上级预算收大于支有剩余，下级预算支大于收有缺口；后者是指同级地方预算之间，由于客观因素决定的支出需求和收入能力的不对称有大小的差别。因此，需要运用转移支付方式来实现财政体系内各级次和各地方预算收支的最终均衡。政府间转移支付的模式有三种：一是自上而下的纵向转移，即中央政府对地方政府、上级政府对下级政府的转移支付，当然也可以有相反的情况，但在规范的分税制体制下这种情况并不多见；二是地区间的横向转移，即由富裕地区将其部分富余财力直接转移给贫困地区，实行地区间的互助；三是纵向转移与横向转移相结合。我国主要采取第一种方式，即以纵向转移为主，只有少数国家比如德国，地区间的横向转移占有重要地位。[5]
1994年分税制改革中，我国地方财力被大大减弱，原因在于此次改革并未对中央和地方的财政支出做较大的调整，而是把一部分收入上交给中央。在财权上移的同时，事权却呈现下移。专项补助在省以下各级财政资金转移中，也占据重要地位。[6]民办高等教育的“溢出效应”需要转移支付来纠正。由于有一部分民办高校建立在县（区）城，因此多级政府之间的财政转移支付具有十分重要的意义。总体而言，当地方公共产品存在收益外溢性时，地方政府会做出某些无效支出的决定，此时要求上级政府对这些决定进行纠正。民办高等教育是一种具有全国性特征的准公共产品，或者说是一种正外溢性很强的地方性准公共产品，中央政府和省级政府应当担负更多的财政责任。地市级政府纠正县市辖区间的溢出效应，省级政府纠正地市间的溢出效应，中央政府纠正省际的溢出效应，这样就形成了民办高等教育服务的多级转移支付体系。此外，我国中西部地区比较贫困，经济实力较弱，为了支持民办高等教育事业的发展，按照政府间财力与事权相统一的原则，中央政府还应该以专项转移支付的方式对中西部贫困地区进行补助，增强这些地区的财政支付能力，以扶持民办高等教育发展。(www.xing528.com)
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