民办高校的有效管理是为了实现办学目标。从民办高校内部来说，办学目标即是人才培养目标；就民办高校整个发展而言，办学目标表现为学校经营目标，包括人才培养和办学财富、资产的积累，为社会输送合格专门人才，为学校未来的发展奠定人力和物力资源基础。民办高等学校从管理向经营转变，使学校的办学从校内走向市场，获得了新的动力和源泉。企业作为独立且直接从事物质生产经营活动的营利性组织，取得一定的经营成果，获得一定的利润是其经营的基本原则和目标。民办高校经营目标与原则有其特殊性，不能忽视人才培养目标片面追求办学利润。这种特殊的经营目标和原则决定或反映了民办高校在经营意识、经营机制、经营技巧、经营范畴等方面与企业直接从事的生产经营活动既有联系，又有区别。民办高校的办学经营活动是一个持续发展的过程，在这个过程中，受高等教育市场、决策、信息、政策、消费者等因素的影响，这些因素的不同作用决定了民办高校的经营风格和经营效果。
民办高校的发展是需要良好经营为依托的。在社会和经济转型时期，民办高校依靠办学的原始积累可以促进办学规模的扩张，这主要得益于民办高校自身机制灵活、自主办学的优势，使民办高校捕捉到发展的机遇。但是随着民办高校队伍的扩大，民办高校之间的竞争也日趋激烈，更不用说公立高等教育管理体制从宏观到微观的全方位改革所带来的压力，民办高校的发展面临严峻挑战。原始的轻经营重管理的办学方式，必然为既善管理又善经营的新的办学方式所取代。在学校的经营上，发挥多元市场（包括生源市场和资本市场等）的潜力，主动扩大有效供给，引导教育消费，重新配置资源，重新确立权力、利益、责任。民办高校的有效经营，在很大程度上就是保证民办高校的经济与福利最大化，使学校既拥有良好的经济支撑，又培养出高质量的专门人才。为此，需要建立一个高效灵活的运营机制，在这种机制下，市场的原理发挥重要作用，民办高校的资源能够得到合理和优化配置，学校内部责权利的协调关系能够得到制度的保障，办学中不规范的经济行为受到约束，为民办高校的持续发展营造一个良性的经济环境，提供了强大的动力。其中，民办高校经营组织和经营制度的创新和完善显得尤其重要，在这方面，我国民办高校仍然需要进一步努力和探索，从单一的管理型组织向经营型组织转变，建立和完善经营制度。
相较于公立高校，我国民办高校办学在内部管理体制、办学自主权、“管”“办”分离等内部运行管理体制方面最起码有五种权利。一是教师聘用权。民办高校公开招聘教师，在《劳动法》的框架下与教师签订合同，学校对教师的管理依据“契约”进行，改变原来单一的人事档案管理模式。二是内部收入分配权。民办高校在教师薪酬分配机制上，实行薪酬分配和个人绩效及学校效益挂钩的富有弹性与激励性的分配制度，做到突出岗位、淡化身份、以岗定薪、优质优酬。三是教材选择权。民办高校拥有更多的教育教学自主权，在开发富于个性特色的校本课程和精选国内外优秀教材方面，应该发挥学校优势，整合学校资源，立足校情，迎合党的方针政策，结合市场需求，开发出独特的课程体系与教学材料。四是招生自主权。民办高校享有自主宣传、自主招生的权利，政府一般对学校范围、招生对象和招生标准不做行政干预。五是政府与学校的关系。民办高校在一定程度上摆脱了政府的直接控制，成为自我约束、自我发展的主体，主要依靠自身力量开拓市场，自主协调和改善外部环境，通过自主经费运作和资产管理，完善内部管理体制，为教育对象提供个性和多样化的教育服务，赢得良好发展机遇。[12]
民办高校为了向社会提供高质量的教育产品与服务，满足各种各样的教育消费需求，在产品经营过程中必须重视教育产品和服务的开发。学校教学管理机构在新的教育产品和服务开发中充当经营主体，负责教学的校长、教务处、教研室等各个层级的人员都在教育产品开发中发挥作用。他们要对教育消费需求变化趋势、学校教育产品在市场上的情况等有准确的把握，并能根据社会需求的变化提出新的教育产品开发和策划方案，设计并实施教育产品推广活动。因此，专门负责经营活动的人员应该有明确的经营意识，对于学校经营环境、经营目标、经营内容等有深刻的认识，还要掌握一定的经营技巧，具有经营活动的相关经验。经营人员要具备敏锐的市场洞察力，能够独立开展市场调研，还要对本行业非常熟悉，具有教育管理和教育项目策划能力等专业能力。也就是说经营人员要具备一定的专业性、专用性。在确定经营目标、策略后，经营活动就要围绕目标展开。民办高校经营是面向市场的活动，经营运行始终离不开市场，市场机制对学校运行有深刻的影响。民办高校经营活动市场是教育服务。民办高校经营涉及的教育服务市场有多个，主要有生源市场、课程市场、资本市场和劳动力市场。为了满足教育服务市场需要，在市场立足，民办高校要树立经营理念，在招生、专业课程设置、资金筹措、人力资源等的开发和运作上充分发挥自主经营的机制优势。(www.xing528.com)
目前我国公办高校的内部运行机制的主要动力还是人治，它使社会的各个领域都被置于政府管制之下。政府的过分强化导致了社会自主力量的萎缩，教育领域的状况也基本如此。人们习惯于以计划经济为出发点，把教育纳入国家发展的计划体制中来加以考虑，从宏观的学校发展规模、速度、质量、效益一直到微观的学校举办经营、经费投入、教师管理、招生分配等，都通过政府的指令性计划来加以控制，因此教育是典型的与市场无涉的国家行政对象，学校教育机构是典型的行政系统的一个组成部分。在这种认识下，学校及其他教育机构被理所当然地看成是一种国家机构，学校是行政机关的附属物。[13]由于体制的不同和办学目标的差异，民办高校的运行应该有自身的特点。但是，由于传统习惯势力的影响，民办高校的管理工作自觉不自觉地向公办高校的管理模式靠拢，逐步推动自身的管理特色。目前许多民办高校在实际运行中大多照搬公办高校的运行机制，不仅体现不了“民办”特色，有的方面甚至比公办高校还要“公办”，“大锅饭”、“论资排辈”、以人设岗、人浮于事等等，这些公办高校早已改革丢弃的东西，在许多民办高校却不少见。产生这些问题的原因是多方面的。首先，从民办高校的实际来看，没有现成的路可走，一个良好体制的实施，需要领导花费更多的精力去设计和运作，而许多民办高校领导的年龄老化，对民办高校的运行体制探讨不够，他们中的大部分又都是长期工作在计划经济年代，其思维定式自觉不自觉地搬用公办高校的管理模式。其次，环境也是形成管理体制和运行机制的重要因素之一。目前政府对民办高校的管理存在机构设置不合理、职责不清等问题，“逼”得民办高校向公办模式靠拢。比如机构设置问题，从办学成本和效益的角度考虑，民办高校的中层机构设置要求较为精干，但政府部门却一味强调上下对口和级别对等，在评估等方面加以硬性规定，使得民办高校只好照办。典型的例子是，有关部门着重强调，不分学校大小，如果没有设立保卫处，评估时一律采取“一票否决”的办法，许多民办高校只好顺从。实际上保卫工作在民办高校已经得到普遍重视，但是保卫处和保卫科相比，其功效没有变化。因此，民办高校运行机制的形成和实施，不仅仅是内部管理制度与组织的问题，而且还受到外部宏观体制的巨大影响。[14]我国的民办高校经历了原始积累阶段后，拥有了一定的教育资源，学校的发展规模不断扩大。在这个发展过程中，改革开放和市场经济发展的机遇与环境所起的作用是非常巨大甚至是决定性的。历史不会简单地重复，当今和今后民办高校的生存环境发生了显著变化，办学的观念与模式、经营的水平与技巧、资源的优化配置与机构的重组和制度的创新等，已经成为民办高校发展的决定性因素。实践证明，凡是较早地引入经营理念、借鉴市场原理办学的民办高校，其发展前景都是非常乐观的。反之，学校则面临生源缺乏、财源枯竭的困难，继而出现资不抵债现象，甚至处于濒临倒闭的边缘。[15]
迄今为止，国内涌现出来的一流民办高校并不多，与此相反，许多民办高校不时出现一些负面新闻，这与民办高校内部运行机制不畅有直接的关系，民办高校内部运行机制不畅问题已成为民办高校发展的硬伤。而这些硬伤在一定程度上动摇了政府财政资助的决心，取而代之的是政府更加“规范的”行政管理和更加严格的规制。
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