肠型胃腺癌是由幽门螺杆菌引起的胃炎发展到胃萎缩、化生、不典型增生，最后是胃癌的最后阶段。尽管幽门螺杆菌在上述癌变过程中起着重要作用，但黏膜萎缩似乎是胃癌发病机制中最重要的一步。有研究发现，虽然在发生胃萎缩的患者中对推测的幽门螺杆菌感染的治疗有时可能限制癌症的发展，但病变仍经常进展为癌症。相反，在萎缩开始之前根除幽门螺杆菌似乎可以预防胃癌的发生。因此，一个关键的问题，尽管尚未解决，是胃微生物群如何与幽门螺杆菌，也就是说，胃微生物群是否促进更具毒性的幽门螺杆菌，反之亦然，幽门螺杆菌是否影响微生物群促进癌变。随着高通量测序技术的引入，微生物群落得以深入表征，例如2009年对10例幽门螺杆菌阴性胃炎患者进行了胃黏膜相关菌群的16S r DNA高通量测序分析，分属8个门的133个种系，常见的门有拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和梭杆菌门。在动物实验中，发现在蒙古沙鼠感染幽门螺杆菌12周后，携带较高的拟杆菌属、肠球菌属和葡萄球菌属，提示长期幽门螺杆菌感染后，胃微环境可能不适合乳杆菌生存，而肠球菌、金黄色葡萄球菌、双歧杆菌和拟杆菌则表现出适应性。越来越多的研究表明，胃中含有不同于口腔和肠道的微生物免疫。并且除了幽门螺杆菌感染和影响疾病发展的多种宿主和环境因素外，正常胃微生物组的组成和功能的改变，也被称为失调，也可能与恶性肿瘤有关。幽门螺杆菌引起的黏膜慢性炎症可改变胃环境，为其他胃细菌群落的生长铺平道路。这种微生物群可能通过维持炎症和（或）引起遗传毒性而促进胃癌的发展。同时有其他研究也表明，胃肠道菌群可能是影响幽门螺杆菌相关胃癌发生发展的另一重要因素。比较不同阶段患者的胃黏膜微生物组成，发现胃癌患者中螺杆菌属的相对丰度低于慢性胃炎及肠化患者，而链球菌属相对丰度则明显增加，表明幽门螺杆菌可能与胃内其他细菌共同促进了胃癌的发生。在动物模型研究中发现，在胰岛素-胃泌素（INSGAS）转基因小鼠模型中获得的数据支持微生物群在促进肿瘤发生中的作用。与无菌INS-GAS小鼠相比，携带复合微生物群的小鼠具有更高的胃炎症、上皮损伤、酸腺萎缩、增生、化生和不典型增生的水平。与幽门螺杆菌感染的无菌INS-GAS小鼠相比，携带复杂菌群的INS-GAS小鼠具有更严重的胃病变和更早的胃肠道上皮内瘤变（GIN）的发生。此外，进展性胃肠上皮内肿瘤的发生程度与幽门螺杆菌感染的具有复杂微生物群的INS-GAS小鼠和在幽门螺杆菌中定植的仅由三种共栖小鼠细菌组成的限制型INS-GAS微生物群的小鼠相似。这些结果提示胃与胃肠道其他部位的共生菌定植可能促进幽门螺杆菌相关性胃癌的发生。另外在Lertpiriyapong等的研究中发现，用益生菌INSGAS小鼠只定殖了三种改变的Schaedler（rASF），包括ASF356梭菌属物种、ASF361乳杆菌和ASF51拟杆菌。与无菌INS-GAS小鼠相比，感染限制性ASF（RASF）的小鼠有更明显的胃病理改变，包括胃体炎症、上皮增生和不典型增生。有趣的是，RASF小鼠与幽门螺杆菌感染的SPF小鼠，虽然两组在相当于幽门螺杆菌感染后7个月的年龄时均未发生胃肿瘤。然而，46%的RASF定植小鼠与53%的肠道菌群和幽门螺杆菌定植的小鼠在感染7个月后发生胃肿瘤，而幽门螺杆菌单相关小鼠无一发生胃癌。感染幽门螺杆菌和ASF或肠道菌群的雄性小鼠，胃和全身促炎细胞因子及肿瘤相关基因的表达水平均高于其他各组小鼠（P＜0.05或P＜0.01）。这些动物实验的结果表明，胃微生物群可以与H.pylori协同作用，加速胃癌的发生。(www.xing528.com)
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