双歧杆菌的益生菌补充剂促进了Tregs在细胞培养物中的扩展，并且富含乳酸杆菌菌株单独或与维甲酸结合的益生菌阻止了NOD小鼠1型糖尿病的发展。鞣酸明胶已被用于小鼠急性结肠炎模型中，具有保护黏膜屏障，改变微生物组成，并降低炎症活性作用。在四氯化碳诱发的肝硬化大鼠中，抗生素治疗和益生菌补充剂降低了全身内毒素水平并改善了肝脏功能试验，而在缺血/再灌注性肝损伤大鼠中，益生菌补充剂乳酸杆菌降低了前体内毒素的产生。澄清肠道微生物在自身免疫性肝炎中的作用是必要的，以指导研究战略，将有助于制定辅助干预措施，以改善这种疾病的结局。
实验证明，益生素可以影响肠道细菌的组成，对宿主有益。益生素被定义为一种不可消化的食物成分，通过选择性地刺激结肠中一种或几种有限细菌的生长和（或）活性，从而有益地影响宿主，从而改善宿主的健康。益生素是碳水化合物类化合物，如乳果糖和抗性淀粉，近年来在食品工业中被用来改变微生物物种的组成以有益于人类健康。菊粉是一种益生素。这些益生素主要针对双歧杆菌和乳酸杆菌。益生菌是一种活的非致病微生物，用作食物成分，有益于宿主的健康。它们可以是乳酸菌、双歧杆菌或酵母，如酿酒酵母。(www.xing528.com)
关于肠道菌群失调的治疗，目前尚无成熟的共识，仍在努力探索中。首先推荐抗菌治疗。目前提倡用利福昔明（Rifaximin），它是一种非氨基糖苷类肠道抗生素，对各种革兰阳性、阴性需氧菌都有高度抗菌活性。一项随机对照、多中心临试验证实，有急性肝性脑病发作病史的肝硬化患者利福昔明治疗6个月后，其肠道内产氨细菌数量下降，且肝性脑病复发率降低。此外，也可用甲硝唑或替硝唑治疗。AIH时肠道菌群失调的研究报道不多，有待进一步临床试验加以验证。
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