随着肝硬化的失代偿发生，出现了多种微生物群的变化。观察这些研究时，必须记住，失代偿患者通常病情更严重，而且可能正在接受微生物群改变疗法（利福昔明或乳果糖）。随着HE的发生，内毒素增加，肝硬化生态失调率（cirrhosis dysbiosis ratio，CDR）降低。微生物群的变化被认为是从早期的HE或最轻的HE（minimal HE，MHE）开始的。唾液微生物群的变化已被证明与粪便微生物群的变化有关，并可作为肝硬化免疫分析的新前沿。肝硬化和MHE的粪便微生物群研究表明，MHE患者唾液链球菌增加，血氨水平增加。在另一项研究中，MHE组和显性HE（overt HE，OHE）组的粪便微生物组无差异，但在同一组的类似研究中，OHE组和健康受试者的结肠黏膜微生物组有显著差异，而MHE组和OHE组无差异。Bajaj等发现某些细菌类群，如变形杆菌，与内毒素血症和认知有关。Ahluwalia等观察了肠道细菌、HE和磁共振波谱（magnetic resonance spectroscopy，MRS）的相关性，发现致病性分类群（肠球菌科、葡萄球菌科、紫单胞菌科和乳酸杆菌科）与MRS和HE呈正相关，自交分类群（authochthonous taxa）呈负相关。在HE患者中，停用乳果糖不会引起微生物群的变化，但在另一项研究中，用利福昔明治疗HE也会导致微生物群的变化，从而改善内毒素血症和认知。这些变化与血清饱和和不饱和脂肪酸（UFA）的变化有关，UFA增加，可能有助于改善大脑功能。治疗对微生物群落分类群的确切变化尚需进一步研究。
为了改变微生物群以防止失代偿，人们研究了益生菌和益生元。在健康成人中，没有益生菌导致微生物变化的证据，但是在肝硬化患者中，已经在临床随机对照试验（RCT）中研究并证明它们是有益的。虽然本研究未发现确切的微生物群变化，但每天给予的VLS＃3（多种益生菌菌株的混合物）已被证明可降低肝硬化的严重程度，并减少酒精性肝硬化、NASH和丙型肝炎相关病因的肝硬化患者的HE相关入院率，以及乳酸杆菌GG（LGG）在肝硬化患者的RCT中的应用，这些患者均为糖尿病患者。被认为具有MHE（轻度肝性脑病）的研究表明，随机分配到LGG的研究表明，通过增加细菌类群的相对丰度和降低潜在致病类群肠杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度，可以减少内毒素和生态失衡的发生。(www.xing528.com)
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