人体肠道是一个极其庞大而复杂的微生态系统，其生物数量大约是正常人体细胞数量的10倍，编码基因数目超过人体自身基因数目的100倍，其遗传信息的总称叫做“微生物组”，是控制人类健康的“第二基因组”。其中生存着约500多种的细菌，主要由厌氧菌、兼性厌氧菌和需氧菌组成，而厌氧菌数量最多，占到了99%以上。十二指肠、空肠细菌种类及数量极少，主要为革兰阳性需氧菌，越到回肠末端，细菌数逐渐增加，主要为厌氧菌。肠道菌群根据在肠腔内定植部位的不同可进一步分为三个生物层：①膜菌群，它是由深层的紧贴黏膜表面并与黏膜上皮细胞粘连形成细菌生物膜的菌群，主要由双歧杆菌和乳酸杆菌组成，这两类菌均是肠共生菌，是肠道菌中最具有生理意义的两种细菌，对机体有益无害；②中层为粪杆菌、消化链球菌、韦荣球菌和优杆菌等厌氧菌；③表层的细菌可游动称为腔菌群，主要是大肠埃希菌、肠球菌等需氧和兼性需氧菌。正常菌群是机体不可或缺的一部分，有重要的生理作用：作为主要的生物屏障防御病原体的侵犯，肠道屏障组成包括肠道黏膜上皮细胞、细胞间紧密连接（主要由紧密连接蛋白组成）、胃肠道分泌的溶菌酶等化学物质以及肠道微生态系统，而肠道微生态系统在肠道屏障功能中起到关键性作用。正常人体肠道黏膜屏障是肠道完善的功能隔离带，可将肠腔与机体内环境分隔开来，具有防止致病性抗原入侵和肠道细菌易位的功能。此外，其还参与蛋白质、糖、脂肪的消化吸收，合成维生素等，对宿主有营养作用，对亚硝胺等致癌物质有降解的功能而起抗癌作用。在健康状态下，机体与正常菌群之间保持着生态平衡，一旦这种平衡在各种内外因素作用下被打破，就会影响正常的免疫，出现代谢紊乱，导致肠道疾病的出现。
功能性消化不良发病机制尚不十分明确，可能与胃酸分泌异常、胃肠动力异常、消化道内脏高敏感、胃十二指肠感染、肠道微生态异常、遗传因素、社会心理和神经因素、环境因素等多方面调控异常有关，此外，一些激素、气体相关递质、肽类化合物也参与了其发病过程。(www.xing528.com)
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