由于肠道微生物群的破坏可能与败血症的易感性和预后不良有关，因此应该越来越多地研究危重疾病期间针对微生物靶向的干预措施。事实上，其中一些措施已经在许多ICU中实施。选择性消化道去污（selective decontamination of the digestive tract，SDD）——即通过口服肠道不吸收的抗生素，选择性清除消化道中可能致病的需氧革兰阴性菌及酵母菌，旨在防止潜在细菌病原体的二次定植和过度生长，同时保留厌氧微生物群，从而防止过量危重患者的传染病。一项包含60多项临床研究的meta分析结果表明SDD可以预防重症患者的院内感染并降低总体死亡率。然而，SDD的广泛实施受到限制，因为害怕肠道中出现选择性耐抗生素细菌，从而产生持久的耐抗生素性储库。为了解决这些问题，一项跨国集群随机试验对在ICU中需要机械通气的8 000名重症患者实施SDD，旨在测试SDD是否真正具有临床效果，可降低死亡率，而不会产生额外的抗生素耐药性。预计结果于2019年底提供（NCT02389036）。
益生菌已被广泛研究，最近被用作预防接受选择性胃肠手术的患者脓毒症的一种手段。最近的一项meta分析比较了益生菌与安慰剂在预防呼吸机相关性肺炎中的有效性，而呼吸机相关性肺炎是机械性通气患者第二常见的继发感染。尽管研究结果因为研究间和研究内的显著异质性而变得模糊，但作者得出以下结论：益生菌略微降低了呼吸机相关性肺炎的发生率，但没有降低ICU死亡率或住院时间。meta分析表明，在不同的患者群体中，接受肠道益生菌补充的早产儿罹患严重坏死性小肠结肠炎和晚发性脓毒症的相对风险显著降低。尽管其有良好的结果，但由于担忧益生菌补充剂可能引起感染并发症甚至意外死亡，以及缺乏药物的最佳疗效和给药方案等临床数据，极大限制了这些药物的常规临床应用。面对这些在安全性和临床变异性方面的挑战，我们可以通过研发下一代益生菌加以克服。在肠道内，闪烁梭菌（Clostridium scindens）参与初级胆汁盐转化为次级胆汁盐过程，而研究发现闪烁梭菌可以有效拮抗艰难梭菌性结肠炎的形成。一种突变的肠道共生菌——多形拟杆菌，已被证明可以减少肠道中游离唾液酸的水平，从而抑制艰难梭菌的增殖扩增。以上这些细菌和其他菌联合使用，可以通过增殖胃肠道定植拮抗作用，以此预防耐抗生素病原体的感染。理论上，在住院治疗期间或在接受抗生素治疗后，补充益生菌可以减少ICU的继发感染。被运用临床治疗目的的微生物群不仅仅局限于益生菌这个范围，目前已经有许多非益生菌的肠道菌群也被运用于临床治疗研究当中。粪便微生物群移植（FMT）已被成功运用于治疗ICU中严重艰难梭菌感染。已有学者在一篇临床病例报道详细介绍了FMT在治疗耐药性败血症和腹泻患者中的成功应用；在这些发现的基础上，他们推断FMT可以通过接种外源肠道微生物群以抵消化道生态失调，诱导肠道微生物屏障的恢复，并帮助治疗败血症。随着脓毒血症中的微生物靶向治疗的临床研究逐步开展，越来越多微生物靶向治疗的相关发现为其他微生物群相关治疗途径铺平道路，同时微生物自动信息库（microbiome auto banking）这一新的理念也随之孕育而生，并且获得越来越多的关注。微生物自动信息库的概念包括对住院或者在门诊患者，在接受抗生素治疗之前对粪便样本进行采集和存储，这些样本被冻存以备后用。在患者完成抗菌治疗后甚至在脓毒症治疗期间，再通过FMT将冻存样本中含有的患者原来肠道菌群移植到患者体内。最后，对于容易罹患菌群紊乱而继发脓毒血症的患者，还可以通过给予特定的微生物群衍生成分和产物如SCFAs，以此增强这些高风险人群的免疫启动过程。然而，在确定这些疗法的真正临床相关性之前，需要进行广泛的临床试验。(www.xing528.com)
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