根据在《人民日报》全文数据库中的检索发现，在此时期农民工报道的主题主要集中于“坚持探索下去”和围绕是否“清退农民工”所作的讨论。不同时期报道侧重点也不同，关于“坚持探索下去”的报道主要集中于1994年至1998年，“清退农民工是否可以请来下岗工”的讨论主要集中于1999年至2001年间。
（1）1994～1998年：坚持探索下去
《人民日报》针对农民工的议题最早发轫于其1994年1月26日第2版版面上的一篇理论文章《坚持探索下去》。该文章指出存在化解和疏导“民工潮”任务的省市，如果能够“主动地从培育农村劳动力市场方面下力气，采取切实有效的措施进行引导和调节”，那么，“民工潮”将能得到消解，并“逐步转化为推动国民经济发展的一支有生力量”。该文章还基本确定了农民工议题的长期框架，“这是非常有现实意义和历史意义的探索，应当坚持下去，不断取得进步。”
《人民日报》对农民工的早期报道主要是对现象的描述。正如上文所述，“春运”事件报道就是一次典型的现象呈现。随着农民工的更大范围内的流动以及农民工群体规模在各大城市的持续扩大，农民工的生存形态、生活状况等内容逐渐被关注和报道。因此，《人民日报》不仅在宏观层面上对政府议程的政策进行宣传和报道，也逐渐渗透进入农民工的微观生活层面，很多报道都展现了农民工个体在城市生活中的各种困境、诸多迷惑尤其是所遭遇的不公正待遇，例如，《人民日报》1994年2月13日第2版的一篇报道《一位民工投书本报吐露心声》中描述了民工们在城市中身份低下、工作低等、生活低劣的状况。1995年5月4日第3版的一篇报道《从打工妹到特等劳模》中告诉公众民工中间同样也有很多优秀的人物；1996年2月7日第10版的一篇报道《关心农民合同工》告诉公众他们也是社会主义建设的一分子，他们并不是“盲流”，他们也是活生生的人，同样需要社会来关心和支持；1998年12月16日的文章《农民工因工伤残雇佣方有责抚恤》告诉公众他们的合法权益同样受到法律保护。这期间，《人民日报》也描述了农民工在城市生活工作的诸多方面，但是总体来说篇幅短小，报道较为零散，主题分布广泛但不系统。
此外，《人民日报》对农民工的理论研究在这期间也较为突出，1994年到1998年期间关于农民工的理论探索方面的文章就有12篇，从而在农民工问题上引领了一次“理论探索”的浪潮。这12篇文章主要为：
《坚持探索下去》（1994年1月26日，2版）
《让有序从源头开始》（1995年1月14，4版）
《流动人口激增的理论思考及其政策选择》（1995年1月26日，9版）
《关于农村劳动力剩余和基本对策问题》（1995年1月28日，2版）
《实现农村剩余劳动力转移有序化的条件和对策》（1994年4月6日，9版）
《农民流动与政府管理》（1995年7月10日，10版）
《农民工与现代意识》（1995年8月3日，10版）
《切实解决农村剩余劳动力就业问题》（1995年12月7日，9版）
《劳动力的流动和素质》（19996年10月3日，10版）
《近年来社会流动研究述评》（1998年2月14日，5版）
《农民工与中国城市化道路》（1998年2月18日，11版）(www.xing528.com)
《重视民工违法犯罪问题》（1998年6月17日，10版）
这些理论研究方面的文章可以说是基于前一阶段农民工现象问题描述的深化和理论总结（从议程设置上来看，这也存在显然的逻辑先后关系，在这一期间，1994年农民工现象的表述文章达到最高为99篇，而1995年理论研究的文章达到最高为7篇）。通过各种农民工问题的宏观和微观不同视角的理论探索，对农民工的流动带来的城市发展、就业、社会保障、法规政策、人口素质等等议题进行了集中论述，从而最终提供解释并强力支持继之而来的政府管理的一系列相关政策和措施的出台和执行。
（2）1999～2001年：清走农民工是否就能请来下岗工
1997年席卷东南亚的经济危机，严重波及到我国的市场经济改革，最为突出的是我国的出口贸易和乡镇中小企业面临更为严峻的市场环境，而国有企业也因之加强改革力度和加快改革进度，伴随国企改革带来的大量的下岗工人的规模迅速扩大，仅仅1999年和2000年就有失业或下岗的职工大约1800万人。这些下岗职工自然主要也是在城市内部“消化”再就业，因而，国家政策的焦点在此期间向“下岗工人”倾斜，1998年6月中共中央、国务院发布《关于切实做好国有企业下岗职工基本生活保障和再就业工作的通知》，明确强调了国有企业下岗职工“基本生活保障”和“再就业”在当前工作的重要性，并把这一工作纳入政绩考核内容中。由此造成很多城市的地方政府为了推行这一考核内容，使用行政政策对非本地户籍的外地农民工的就业行业和就业领域进行歧视性管制，从而“保护市民”，清退农民工。
然而，《人民日报》特别地指出，即使在忽略工作权利平等的这一基本前提，仅仅就行为效果而言，清走农民工就能请来下岗工吗？为此，《人民日报》就该议题进行了一系列的主题报道。《人民日报》1999年4月19日第9版的一篇文章《重庆“棒棒”“打”不着下岗工 粗笨脏重的活，农民都包揽了》突出农民工对城市发展的重要作用以及农民工被清退后导致的消极后果，力图理清和强调农民工和下岗工在就业问题上的互为补充关系。《人民日报》199年4月19日第9版的另一篇报道《城里人就业目光下移 武汉农民工再辟新路》、1999年4月19日第9版的《限制清退农民工利小弊大 再就业要城乡统筹》以及在2000年8月的人物专访《环卫妈妈》等报道从不同角度分析了这一现象，认为城市劳动力的下岗与再就业问题的解决关键在于经济结构调整和国有企业改制，而不是清退农民工；相反地，农民工的流入能够有效弥补城市就业的市场空隙和服务类目，尤其在低成本和苦、脏、累、险等工种上，农民工能够提供各种基础产品或附加服务，从而扩大和拓展就业面，繁荣了市场经济并促进了市场需求的全方位满足。在阐释清楚农民工进城的有益性和就业的非替代性后，《人民日报》在相关后续报道中同时呼吁城市应当积极接纳农民工并为农民工提供良好生存生活工作环境，例如1999年6月17日第11版的《城门向农民敞开——访中国社会科学院人口所所长蔡防博士》、2001年6月18日第9版的《为农民进城提供宽松环境》等相关报道都呼吁要从制度上消除障碍、保障农民工合法打工权利。
总体而言，作为政府政策下达和民情舆论上传的主流媒体，《人民日报》从实例、事件以及理论等进行多层次、高深度、多领域的报道和讨论，较为真实地反映了农民工议题的现状、原因、问题、对策，体现了作为重要媒体的社会责任感和人文精神；此外，在《人民日报》主流媒体的议程框架下，带动了各类媒体对农民工议题的持续观察和深度讨论，也较好地表现了一个主流媒体的舆论领袖作用。
（3）《人民日报》报道特点
该时期，《人民日报》对于农民工的报道体现了深入、全面以及人文关怀的特点：
①不但报道农民工现象，而且深入挖掘造成现象的原因
例如在关于“坚持探索下去”、“清走农民工是否就能请来下岗工”等议题的报道中，不但描述现象，而且就现象背后的深层原因进行挖掘，全面分析“民工潮”产生、发展的社会结构性原因。
②报道议题全面，涉及民工生活的方方面面
与前一时期媒介仅仅配合政策进行报道的情况不同，《人民日报》对农民工的报道也逐渐广泛而深入。根据第3章统计数据，这一时期报道的主题主要集中在两个方面，一方面民工流动报道，大约占对农民工报道总量的31.8%，另一方面是关于农村进城打工人员与原城市居民之间社会关系的报道，这一部分约有20.2%；此外，相关报道的广泛性也很明显，关于农民工的工作权益、社会保障、生活状况、公共安全、法律救助等等的报道到涉及农民工在城市生活的方方面面。
③报道凸显人文关怀
1994年以后，《人民日报》在报道农民工生存生活状态时，改变了以往“高高在上”的政府宣传者的说教形象，而是开始对农民工进行“和风细雨”式的关怀。报道深入农民工生活的各方面，展现他们在城市打工的不易，遭受到的歧视以及城市人的逐渐接纳。在这些充满感性的报道中，表现出了一个媒体应尽的社会责任和对农民工民工群体的人文关怀。但是，对于造成农民工不公正待遇的根本问题，诸如户籍制度等的不公正，报道则鲜有提及，这显示了媒介报道还没有从更深的制度化层次进行考虑。
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