当系统启动到了第（10）步以后，就开始了操作系统的加载过程。操作系统能否顺利完成，直接决定了用户能否进入自己的工作环境，正常使用自己的重要数据。
1.MS-DOS加载过程
对于过时的DOS操作系统来说，当系统的控制权由MBR转交给MS—DOS的引导扇区后，引导代码就会加载IO.SYS和MSDOS.SYS，接着在启动盘目录下寻找并执行CONFIG.SYS、COMMAND.SYS和AUTOEXEC.BAT这3个文件。CONFIG.SYS是用来配置系统运行环境。AUTOEXEC.BAT叫做自动批处理文件，可以把每次启动电脑时都要运行的程序放在里面。如无这两种文件，DOS也是可以启动的，但是一些设备将无法加载，例如光驱、声卡等。
MS-DOS的扩展分区不可以设置成激活的分区，因此，如果把DOS的系统用SYS.COM传递给扩展分区的逻辑硬盘上，也不可能引导系统。
2.Windows 9x加载过程
Windows XP出现以前，Windows 9x系列操作系统一直是电脑市场上占有率最高的家庭和中小型企业用户使用的操作系统。它继承了MS—DOS的传统并进行了必要的扩充，主要由两个阶段组成，即扩展的DOS实模式启动和GUI 32位保护模式启动。扩展的DOS实模式启动完，自动调用WIN.COM加载GUI界面部分，Windows 9x的技术核心集中在启动的后一阶段。
该过程依次由引导记录IO.SYS、MSDOS.SYS、COMMAND.SYS、CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT、GUI启动命令WIN.COM和其他必要的相关文件来完成，其中与MS—DOS的系统文件完全同名的文件实际上发生了质的变化。
DOS引导记录的版本标志为MSDOS5.0，支持FAT12（用于软盘或小于16MB的硬盘）。FAT16磁盘格式，指定系统引导文件是IO.SYS、MSDOS.SYS；Windows 95以及其第二版的引导记录与DOS（6.22及以前独立版本）的完全兼容，版本标志为MSWIN4.0，支持FAT 12，FAT16磁盘格式，指定的引导文件是WINBOOT.SYS和IO.SYS，MSDOS.SYS；Windows 98/me的引导记录与DOS有本质区别，版本标志为MSWIN4.1，使用32位指令代码，支持FAT 12、FAT16和FAT32这3种磁盘格式，指定的引导文件是JO.SYS和IO.SYS、MSDOS.SYS。
整个启动过程简单的概括为如下步骤。
（1）系统加电启动，依次加载扩展卡（包括显卡等），主板的BIOS程序（这与所有的操作系统，例如Windows 9x、LINUX、UNIX、OS/2等无关）完成自检过程。
（2）读入硬盘的主引导记录和分区引导记录，自动加载IO.SYS。
（3）IO.SYS读取MSDOS.SYS配置，确定启动方式，根据CONFIG.SYS，进行硬件配置。
（4）IO.SYS根据Windows 9x启动要求，自动加载必要的默认驱动程序（HIMEM.SYS.SETVER.EXE.IFSHLP.SYS等）。
（5）IO.SYS调入COMMAND.COM，解释执行AUTOEXEC.BAT，进行软件配置。
（6）IO.SYS进行默认的环境设置。
（7）自动执行WIN.COM，进入GUI启动阶段。
（8）执行WININIT.EXE，对系统程序进行升级。(www.xing528.com)
（9）加载SYSTEM.INI中[BOOT]、[386ENH]、[DEVICES]等节设置的驱动程序。
（10）根据SYSTEM.INI ，WIN.INI和系统注册表进行系统组合、配置。各类启动时调用的VXD文件主要存在C:\WINDOWS\SYSTEM下的VMM32和IOSUBSYS下。
（11）加载SYSTEM.INI中的“SHELL=”指定的外壳程序。
（12）执行系统注册表中的HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows \ CurrentVersion下的Run、RunOnce中包含的应用程序（其中RunOnce包含的程序只运行一次就被自动删除，该键主要用于软件安装），通常默认加载Internat.exe（输入法）、Systray.exe（音量控制）和Windows 98/Me的ScanRegw.exe /Avtorun。
（13）当用户完成身份登录后，系统执行
HKEY_CURRENT_USER\Software\ Microsoft\Windows\ CurrentVersion下的Run、RunOnce中包含的应用程序。
（14）执行WIN.INI中的“LOAD=，RUN=”加载的应用程序。
（15）执行开始菜单中[启动]组包含的应用程序。
3.Windows XP/Server 2003加载过程
Windows NT/2000/XP/Server 2003等NT系列操作系统，是纯32位的操作系统，从核心结构上，是与Windows 98完全不同的体系，但同时又集成了Windows 9x的友好界面。因此Windows NT/2000/XP/ Server 2003是纯32位保护模式下运行的操作系统，所以整个加载过程与Windows 9x有很大的差别，也要复杂很多。
Windows NT/2000/XP/Server 2003系列操作系统的启动过程可以分为5个阶段。
（1）预启动：启动进程的这个部分是检查硬件并加载启动指令。
（2）引导过程：这一部分是在操作系统中配置的，并且硬件的设备驱动程序被加载到内存中。
（3）核心加载程序：NTLDR 文件加载核心程序到内存，同时加载硬件抽象层和选择硬件配置。
（4）核心程序初始化：NTOSKRNL.EXE文件初始化核心程序，该核心程序把硬件配置写入到注册表，并加载低级的设备驱动程序。这时，基于字符的程序引导过程终止，并开始启动图形部分。
（5）登录：登录时，验证用户会话，加载服务器，并授予访问资源的权限。在成功地登录到注册表后，系统保存其硬件配置。
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