DNA是双链结构，但只能转录其中一条链上的转录单位。转录单位是指RNA聚合酶作用的起始位点到终止位点之间的DNA顺序。真核生物多数转录单位只含1个结构基因，原核细胞则含几个功能相关的基因。DNA两股链中被转录的单链叫模板链（template strand），不被转录的单链称编码链（coding strand）。由于各个基因在DNA双链中分布不同，使各转录单位也分布在两链的不同节段，因此模板链并不固定于某条DNA单链。只转录DNA双链中模板链，而不转录编码链的转录方式称为不对称转录（asymmetrical transcription）。
DNA编码链上可与RNA聚合酶特异结合，使转录开始的特定部位称启动子（promoter），但启动子本身并不被转录。原核生物的启动子包括3个功能单位（图22-1）：转录启始部位，即转录时与RNA链中第1个核苷酸互补结合的部位，常用+1表示其顺序位置，第二个核苷酸用+2表示，其后以此类推；结合部位，即RNA聚合酶结合的部位，在启动部位上游10（即-10）bp处，碱基顺序为TATAAT，故称TATA盒（TATA box）；识别部位，即RNA聚合酶识别DNA所必需的部位，在启始部位上游35（-35）bP处，具TTGACA顺序。真核生物的启动子还不十分清楚，但已知也有一特殊富含AT碱基对区叫Hogness盒，在转录起始部位上游25（-25）bp处，是RNA聚合酶与启动子结合的部位。此部位上游45～85 bp处，有GGCCAATCT顺序，称CAAT盒，可能也与结合RNA聚合酶或启动子强度有关。
图22-1 原核生物启动子
除了启动子，在真核生物还有增强子（enhancer），位于启动子上游或下游，作用是增强转录速率。
在转录单位内，原核生物模板链的一级结构与蛋白质一级结构直接互相对应，真核生物则在基因之内还镶嵌着非编码区。把在基因中能编码蛋白质的DNA顺序称外显子（exon），而夹在外显子之间不编码蛋白质的DNA顺序叫内含子（intron）。(www.xing528.com)
DNA链上还有转录终止信号，称终止因子（terminator）。原核生物的终止因子有两类，一类为不含回文顺序（回文指一段正读和反读意义都相同的文字，在DNA链中指一段走向相反、顺序相同的双链顺序）或回文顺序较少，其终止转录作用需要ρ因子协助。ρ因子为一种协助转录终止的蛋白质，能与单股RNA链结合，具有ATP酶活性，可水解ATP释出能量供其沿RNA按5′→3′滑动，最后接触到RNA pol与之反应，使RNA-DNA杂交体解链，RNA释出。另一类则具回文顺序，其转录出的RNA形成发夹样结构，使RNApol、RNA和模板形成三元复合物，直接阻止RNA聚合酶的滑动（图22-2）。此外模板链5′端有3′AAAAAA5′顺序，在其mRNA3′端形成5′UUUUUU3′顺序，A—U结合键在碱基对中结合力最弱，使RNA易脱落而终止转录。
图22-2 回文顺序
A.终止部位的顺序；B.三元终止复合物的生成
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