酶按其分子组成可分为单纯酶（simple enzyme）和结合酶（conjugated enzyme）。单纯酶是仅由肽链构成的酶。如蛋白酶、淀粉酶、脂酶、核糖核酸酶等均属此列。结合酶由蛋白质部分和非蛋白质部分组成，前者称为酶蛋白（apoenzyme），后者称为辅助因子（cofaetor）。两者结合形成的复合物称为全酶（holoenzyme），只有全酶才有催化活性。
1.酶蛋白部分 酶蛋白是指结合酶中的蛋白质。一种酶蛋白只能结合一种辅助因子，并决定反应的专一性。
2.非蛋白部分 非蛋白部分即辅助因子，主要是金属离子和小分子有机化合物。如K+、Na+、Mg2+、Cu2+、Zn2+、Fe2+和B族维生素。辅助因子决定反应的种类与性质。
金属离子是最多见的辅助因子，约2/3的酶含有金属离子。有的金属离子与酶结合紧密，提取过程中不易丢失，这类酶称为金属酶（metalloenzyme），如羧基肽酶、黄嘌呤氧化酶等。有的金属离子与酶的结合不甚紧密，这类酶称为金属激活酶（metal-activated enzyme），如己糖激酶、肌酸激酶等。金属辅助因子的作用有：①作为酶活性中心的催化基团参与催化反应、传递电子；②作为连接酶与底物的桥梁，便于酶对底物起作用；③稳定酶的构象；④中和阴离子，降低反应中的静电斥力等。(www.xing528.com)
小分子有机化合物是一些化学稳定的小分子物质，主要作用是参与酶的催化过程，在反应中传递电子、质子或一些基团。小分子有机化合物作为酶的辅助因子称为辅酶或辅基。辅酶与酶蛋白的结合疏松，可以用透析或超滤的方法将两者分开。辅基与酶蛋白结合紧密，不能通过透析或超滤方法将其除去。辅酶和辅基之间并无严格的界线，两者仅是与酶蛋白结合的牢固程度不同，因而通常统称为辅酶。虽然含小分子有机化合物的酶很多，但辅助因子的种类却不多，且分子结构中常含有维生素或维生素类物质。
3.辅酶与维生素 已知B族维生素是多种酶的辅酶（表5-1）。
表5-1 B族维生素与辅酶（辅基）
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