（1）人水和谐、可持续利用原则。可持续利用是出发点、指导思想和最终目标，流域尺度水循环系统是研究基础，地下水系统是评价主体。水环境功能区划应与区域水资源开发利用规划及社会经济发展规划相结合，并根据水资源的可再生能力和自然环境的可承受能力、科学合理地开发利用水资源，保护当代和后代赖以生存的水环境，保障人体健康及生态环境的结构和功能，促进社会经济和生态的协调发展。
（2）保护优先、合理开发原则。应充分考虑地下水系统对外界扰动的影响具有滞后性以及遭到破坏后治理修复难度大的特点，坚持水量水质保护优先。要特别注重对地下水水质的保护；在地表植被对地下水水位变化敏感的地区，应控制合理水位，保障良好的生态与环境，在不引起生态与环境恶化的前提下开发利用地下水。
（3）统筹兼顾、突出重点原则。以地下水系统的补给、更新、储存条件及地下水对水环境、生态环境和地质环境维持或稳定作用的状况为主要依据，以地下水资源的数量和质量评价为基础工作，充分考虑地下水储存和埋藏状况及其变化对生态、地质环境影响状况，考虑地下水的开发利用现状、存在问题和规划期水资源配置对地下水开发利用保护的要求，并以城镇集中饮用水源地为优先保护对象。
（4）前瞻性原则。地下水环境功能区划要体现社会发展的超前意识，结合未来社会发展需求，结合地下水环境和相关领域研究的最新成果，要为将来社会经济发展需求留有余地。(www.xing528.com)
（5）注重实用、服务管理原则。地下水环境功能区划分是地下水环境保护、地下水开发利用的重要组成部分，是进行地下水开发、环境保护和管理的基础，地下水功能区边界除考虑区域水文地质特点外，还应结合水资源分区和行政区划界线，科学合理地划分；各功能区的地下水环境保护、开发利用和污染治理目标要具体、明确，既易于操作，又方便管理。
（6）水量、水位和水质并重原则。划分地下水环境功能区和确定地下水环境功能区开发利用与保护目标，要全面考虑对各功能区水量、水质和生态水位的控制要求
（7）不低于现状功能的原则。划分地下水环境功能区，确定其功能和水质保护标准，不得低于现状功能和现状水质。
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