1908年3月26日伯希和到达敦煌。他和王道士见面才说了几句话，王道士立即对他产生了好感。一是他一口流利和漂亮的中国话把王道士迷住了。二是王道士从他嘴里得知，那个矮小的斯坦因严守秘密，没有把买走经卷的事告诉他，于是王道士对外国人有了信任感和好感。还有，斯坦因一年前给他的那些钱早已用光了，他修缮佛窟和建造道观都急需用钱；这样，很快王道士就把伯希和领进了藏经洞，允许他随便挑选。
▶伯希和在烛光中挑选敦煌卷子
▲伯希和的探险队居住在莫高窟的情景
伯希和第一次站在藏经洞里时，和斯坦因的感受一样，简直是呆若木鸡。跟着他估计了一下这些东西的总量，至少有数万件。他心里明白，王道士决不会叫他把东西全部搬走，否则无法向县政府交代。因此，他下决心要把所有文书经卷一件不漏地全看一遍，将精华挑出来。他暗暗给自己立下三条标准：一是要有历史纪年的，因为有具体年代的文物价值要高得多；二是要普通大藏经之外的各种写本，不要大路货；三是着重挑选汉文之外各种民族文字的文献，这由于各种北方和中亚民族文字的写本向来都极为珍贵。这三条标准，显示了伯希和对文物认识的水准，以及极强和极快的判断力。这也就把藏经洞剩下的精粹全部筛选出来了。
▲伯希和的（敦煌石窟笔记）
钻进藏经洞的人，真是一个比一个厉害！
伯希和还给自己确定了争取的方向，就是用这三条标准，把整个文献一分为二。符合这三条标准的文献要不惜一切代价获得；在这三条标准之外的文献必要时可以放弃。工作标准和目标确定后，他便开始工作。他天天蹲伏在漆黑的洞中，在一盏昏暗的小油灯的照射下，用了三个星期的时间，把洞中全部文献看过一遍。工作量之巨大，难以想象。至于断纸碎片，天知道有多少！据他自己说，他在最初的十天，以每天一千卷的速度翻阅这些文献。如果一天工作十个小时，每小时最少要看上一百卷文献。即使一位中国学者也很难胜任。这足以显示了这位法国考古学家惊人的汉学功底。
这期间，瓦兰和努埃特忙着爬到各个洞窟去拍摄壁画。每当三人聚会，他的两位同事便见他容光焕发，喜气洋洋，把塞满外套里的珍奇的古本，一件件拿给他们看。告诉他们哪一件是八百年前描写戈壁滩上一个奇异的小湖风光的手稿，哪一件是一座古代寺院的账目，哪一件竟是从古代欧洲流传到中国的圣约翰斯托里福音……
随后，伯希和还同他的考古队员将莫高窟作了一次全面考察。将洞窟编了号码，并以日记形式对洞窟的结构及内部装饰作了描述，系统地记录下壁画上的题记。这便是考古史上著名的《伯希和敦煌石窟笔记》，同时还绘制了平面图，拍摄了照片。这是历史上首次对莫高窟所作的学术性考察。后来，清政府把一群逃窜到敦煌的白俄士兵关押在这里，使一些壁画遭到破坏。伯希和所留下的照片和记录就有着十分重要的意义了。
好运气的伯希和在考察壁画时，也有一些惊人的收获。他在第464窟中发现了一桶回鹘文木活字。这是世界上现存最早的印刷活字，竟有数百枚。它对研究活字印刷的起源具有巨大价值。这一桶活字当然是被伯希和搬走了。
在整个过程中，伯希和只是在与王道士的谈判中费了一些周折。当然，最终还是谈成了——他以五百两银子从王道士手里换取六千余卷文书写本和二百多件古代佛画与丝织品。这次王道士得到的钱，比从斯坦因那里得到的多了一倍。付给他的东西却少了几乎一倍。王道士很满意也很得意，以为自己这次卖了个好价钱。
这便是文化落入无文化的人的手里真正的下场！也是所有文明失落的地区的文明共同的遭遇。
实际上，如果论其质量，斯坦因那批东西可无法与伯希和相比。比如标有纪年的历史文献，先入藏经洞的斯坦因拿走的是三百四十四件，为总数的百分之四点三；后入藏经洞的伯希和拿走的却是五百一十五件，占总数的百分之十九；再比如，伯希和拿走的各种民族文字的写本，竟是他获取的敦煌遗书总数的一半。这一比，伯希和比斯坦因高明得多了。
1907年斯坦因钻进藏经洞时，伯希和已经在库车一带进行考古活动了。伯希和之所以没有捷足先登，是因为他得到的消息迟了一些。如果两人倒换一下，轮到斯坦因来“吃剩饭”，那么斯坦因的收获会很惨。
一定还有更惨的呢，那就是敦煌！
敦煌又被血淋淋地切去很大的一块，而这一大块恰恰是整个藏经洞文献中的精华！我们在前面的章节中提到的一些绝世珍奇的写本，都落入了伯希和获得的这批东西之中了！
据说，经过伯希和的挑选之后，“漏网”的梵文写本只有一件。伯希和的厉害由此可知。但伯希和知道后还犹然后悔不已呢！
1908年5月，伯希和结束了他在敦煌的活动，派人把他弄到手的东西，装了十箱，辗转运到河内，再运往巴黎。他本人则只身穿过河西走廊进入中原。10月初到达北京去采购图书。这期间，精明机警的伯希和对所接触到的中国学者守口如瓶，对敦煌藏经洞的事只字不漏。直至12月，返回越南河内的远东学院。
当然，关于藏经洞的事，最终还是他公开说出来的，但那完全是另一种目的了。
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