（一）薄壁菌门（Phylum Gracilicutes）
细胞壁薄，厚度为7～8nm，细胞壁中肽聚糖含量为8%～10%，革兰氏染色反应阴性。重要的植物病原细菌属有:土壤杆菌属（Agrobacterium）、欧文氏菌属（Erwinia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、黄单胞菌属（Xanthomonas）和木质部小菌属（Xylella）等。
1.土壤杆菌属（Agrobacterium）
土壤习居菌。菌体短杆状，鞭毛1～6根，周生或侧生。革兰氏反应阴性。好气性，代谢为呼吸型。无芽孢。营养琼脂上菌落为圆形、隆起、光滑，灰白色至白色，质地黏稠，不产生色素。氧化酶反应阴性，过氧化氢酶反应阳性。该属共有5个种，已知的植物病原菌有4个种，这些病原细菌都带有除染色体之外的遗传物质，即一种大分子的质粒，它控制着细菌的致病性和抗药性等，如侵染寄主引起肿瘤症状的质粒称为“致瘤质粒”，即Ti质粒，引起寄主产生不定根的称为“致发根质粒”，即Ri质粒。代表病原菌是根癌土壤杆菌（A.tumefaciens），其寄主范围极广，可侵害90多科300多种双子叶植物，尤以蔷薇科植物为主，引起桃、苹果、葡萄、月季等的根癌病。
2.欧文氏菌属（Erwinia）
菌体短杆状，除一个“种”无鞭毛外，都有多根周生鞭毛。革兰氏阴性。兼性好气性，代谢为呼吸型或发酵型，无芽孢。营养琼脂上菌落圆形、隆起灰白色。氧化酶阴性，过氧化氢酶阳性。重要的植物病原菌有胡萝卜软腐欧文氏菌（E.carotovora）和解淀粉欧文氏菌（E.amylovora）。胡萝卜软腐欧文氏菌寄主范围很广，可侵害十字花科、禾本科等20多科的数百种园林植物，引起肉汁组织的软腐，如十字花科蔬菜软腐病（E.carotovora subspl carotovora）。
3.假单胞菌属（Pseudomonas）
菌体短杆状或略弯，单生，鞭毛1～4根或多根，极生。革兰氏阴性。严格好气性，代谢为呼吸型。无芽孢。营养琼脂上的菌落圆形、隆起、灰白色，有荧光反应白色或褐色，有些种产生褐色素扩散到培养基中。氧化酶多为阴性，少数为阳性，过氧化氢酶阳性。该属成员很多，包括多个异质性组群。该属现有20个种，59个致病变种。典型种是丁香疫病假单胞菌。丁香疫病假单胞菌（P.syringae）寄主范围很广，可侵害多种木本植物和草本植物的枝、叶、花和果，在不同的寄主植物上引起各种叶斑、坏死及茎秆溃疡。如侵害桑叶引起叶脉发黑、叶片扭曲黑枯的桑疫病菌（P.syringae pv.mori）。
4.黄单胞菌属（Xanthomonas）
菌体短杆状，多单生，少双生，单鞭毛，极生。革兰氏阴性。严格好气性，代谢为呼吸型。营养琼脂上的菌落圆形隆起，蜜黄色，产生非水溶性黄色素。氧化酶阴性，过氧化氢酶阳性。该属过去有130个种，1974年被合并为5个种，近年来通过DNA-DNA杂交和脂肪酸分析后，认为该属至少可以划分为20个基因种（组）。该属的成员都是植物病原菌，重要的病原菌有虞美人细菌性斑点病等。
5.木质部小菌属（Xylella）
菌体短杆状，单生，细胞壁波纹状，无鞭毛，革兰氏染色反应阴性，好气性，氧化酶阴性，过氧化氢酶阳性。对营养要求十分苛刻，要求有生长因子。营养琼脂上菌落有两种类型:一是枕状凸起，半透明，边缘整齐；另一是脐状，表面粗糙，边缘波纹状。目前确认的病原菌是难养木质部菌（X.fastidiosa），引起葡萄皮尔氏病、苜蓿矮化病、桃伪果病等。该菌由叶蝉类昆虫传播，侵染木质部后在导管中生存、蔓延，使全株表现叶片边缘焦枯、叶灼、早落、枯死，生长缓慢、生长势弱、结果减少和变小、植株萎蔫等症状，最终导致全株死亡。
（二）厚壁菌门（Phylum Firmicutes）(www.xing528.com)
细胞壁厚，厚度10～50nm，细胞壁含肽聚糖量高，为50%～80%，革兰氏染色反应阳性。该门分为厚壁菌纲与分枝菌纲，植物病原大多集中在厚壁菌纲中。重要的植物病原细菌有:棒形杆菌属（Clavibacter）和链丝菌属（Streptomyces）等。
1.棒形杆菌属（Clavibacter）
菌体短杆状至不规则杆状，无鞭毛不产生内生孢子，革兰氏反应阳性。好气性，呼吸型代谢，营养琼脂上菌落为圆形光滑凸起，不透明，多为灰白色，氧化酶阴性，过氧化氢酶阳性。该属包括3个种，7个亚种，重要的病原菌有马铃薯环腐病菌（C.michiganensis subsp.sepedonicum），可侵害茄属5种植物。主要危害马铃薯的维管束组织，引起环状维管束组织坏死，故称为环腐病。
2.链丝菌属（Streptomyces）
原来在放线菌中，但它们对氧气有不同的要求。凡厌气性的类群仍保留在放线菌内，而好气类群则放在链丝菌属中。营养琼脂上菌落圆形，紧密，多灰白色，菌体丝状，纤细、无隔膜，直径0.4～1.0μm，辐射状向外扩散，可形成基质内菌丝和气生菌丝。在气生菌丝即产孢丝顶端产生链球状或螺旋状的分生孢子。孢子的形态色泽因种而异，是分类依据之一。链丝菌多为土壤习居性微生物，少数链丝菌侵害植物引起病害，如马铃薯疮痂病菌（S.scabies）。
（三）软壁菌门（Phylum Tenericutes）
又称柔壁菌门或无壁菌门。菌体无细胞壁，只有一种称为单位膜的原生质膜包围在菌体四周，厚8～10nm，没有肽聚糖成分，菌体以球形或椭圆形为主，营养要求苛刻，对四环素类敏感。该门只有一个纲即柔膜菌纲，与植物病害有关的统称为植物菌原体，包括螺原体属（Spiroplasma）和植原体属（Phytoplasma）。
1.螺原体属（Spiroplasma）
菌体的基本形态为螺旋形，繁殖时可产生分枝，分枝亦呈螺旋形。生长繁殖时需要提供甾醇，螺原体在固体培养基上的菌落很小，煎蛋状，直径1mm左右，常在主菌落周围形成更小的卫星菌落。菌体无鞭毛，但可在培养液中做旋转运动，属兼性厌氧菌。主要寄主是双子叶植物。
2.植原体属（Phytoplasma）
植原体属即原来的类菌原体（Mycoplasma Like Organism，MLO）。菌体的基本形态为圆球形体状，如丝状、杆状或哑铃状等。菌体大小为80～1000nm。目前还不能人工培养。早期的分类和鉴定主要依据生物学特征，如寄主、症状、介体专化性等。近年来分子生物学方法已广泛应用于此领域，使MLO的分类取得了很大进展。根据Kirkpatrick和sears（1993）的建议，暂时将MLO归入“Candidatus Phytoplasma”中。已知植原体有12个群，25个亚群，虽未确定种名，但彼此间差异明显。常见的植原体病害有桑萎缩病、泡桐丛枝病、枣疯病等。
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