（一）指标体系的建立
1.指标体系确定的原则
（1）科学性：指标体系要建立在科学的基础上，能客观地反映评价单元生态环境的基本特征，即生态环境质量背景、人类对生态环境的影响程度及人类对生态环境的适宜需求。
（2）可表征性及可度量性：指标的概念明确，并且具有各自独立的内涵，其优劣程度应具有明显的可度量性，并可用于评价单元之间的比较。
（3）可操作性：指标的设置要尽可能利用现有的统计资料，或与统计指标一致或存在一定的关联。
（4）突出生态问题：在选取指标时，要充分考虑到目前生态环境存在的问题，以体现不同生态单元的优劣程度。
2.指标体系的构成和指标选取
指标体系的构成一般应涉及生态环境质量背景、人类对生态环境的影响程度和人类对生态环境的适宜度需求三个方面的内容。要先按照指标体系的构成分别进行指标的预选取，然后根据指标的可操作性及其对生态环境的可表征性、可度量性进行筛选，确定最终的指标体系。
（二）指标权重的确定
在生态环境综合评价指标体系中，各指标（层次）之间是相互联系和相互影响的关系，但它们对评价总目标或总指数的作用大小是不同的，即各指标（层次）的重要程度（权重）是不同的。另外，不同地区由于其生态条件和生态经济功能的差异，同一指标的权重也会有所差异；同一地区根据其生态系统的特点和目标不同，在不同发展时期，各指标（层次）的权重也不同。因此，权重的确定是生态环境综合评价的重要内容。
目前，指标的定权方法已有100种左右，但可概括为以下七大类。(www.xing528.com)
（1）经验估算法：指不说明任何定权的理由和根据而直接给出权重的一类方法。
（2）意义推求法：讲明定权时考虑问题的具体依据再直接给出权重的方法。特点是：有抽象说明而无具体过程和方法。
（3）公式计算法：有确定的定权公式（函数），且自变量含义明确，如污染物权重可用其浓度超标值求得。
（4）调查统计法：通过发送调查表，征询有关专家和人员的意见，然后进行统计综合而定权的方法。
（5）序列综合法：通过比较评价因子（指标）的某些性质后分别排序，再根据其综合序列值推求权重的方法。特征是：根据指标调查数据的结构特点进行，有排序过程且根据顺序值定权。
（6）因子分析法：通过因子分析（或主成分分析）方法求取权重。特征是：用高等数学的主成分分析或因子分析法，通过对数据库结构（矩阵）的线性代数变换求取其因子贡献。
（7）回归系数法：是指在评价系统总体水平与评价指标之间建立多元回归方程，然后将评价指标的回归系数经标准化处理后作为其权重。
在生态环境综合评价中，具体应用哪种方法要根据实际情况而定，有时也将几种方法结合起来运用。
（三）定量评价方法——综合分级评分法
此法是对评价对象选取若干评价指标，根据评价指标的实际情况分成若干等级，再给每个等级一个得分值，最后把每个得分值相加，以总分数的大小来确定评价对象的优劣。以某“五级打分”法为例：将每个指标的基准值（下限）和理想值（上限）所组成的开区间，按相同的间距分成五个区段，把各指标的权重值作为其最高一级区段的得分值，依次递减上一级的 1/5分别作为其下一级的得分值。这样，根据被评价单元的实际调查值，按相应的区段等级确定每一指标的得分，将所有指标得分相加即为该评价单元的总得分值。
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