（一）工作程序
通过两批生态环境监察试点，初步形成了一套生态环境监察执法的工作程序。主要包括以下步骤。
1.制订计划
根据统一工作部署、各地生态环境现状、群众举报等制订生态环境现场监察计划。在制订计划时，了解状况、突出重点、找准定位是关键。首先要通过卫星航拍、地质钻探等各种科技手段对当地的生态情况进行统计，了解当地的生态状况。各地的生态环境状况复杂，生态环境监察力量有限，因此在制订监察计划时必须因地制宜，找准影响当地生态环境中最重要、最关键的因素开展工作。此外，在生态环境保护工作中，生态环境部门仍然是“统一监督管理”部门。具体到每一个生态要素的环境监管有着相关的行政主管部门具有的执法检查和处罚权。环境监察机构在实施环境监察时，要弄清自己的职责范围，要从环境执法的角度进行现场监督检查，发现其他部门负责的违法问题，应及时将案件移交，请相关主管行政机构依法处理。
2.前期准备
确定监察工作方案，包括监察的目的、对象、重点内容，以及具体监察时间、路线等。做好人员、快速监测和取证设备、交通工具等的配置安排，如需要其他部门配合的，应积极与相关部门做好沟通协调，做好联合执法各项准备工作。
3.现场调查
通过相关背景资料调查、现场实物取证、相关人员走访查询，以及现场生态环保设施运行、管理情况检查等手段查清生态破坏与污染的主要事实。对于大范围区域性的生态破坏和污染状况调查，借助卫星遥感等技术开展调查和监测。调查内容主要包括以下几方面。
（1）生态破坏的影响方式、范围、后果和经济损失等，如水土流失、荒漠化、盐渍化、森林草地退化、物种减少、矿渣堆存与占地、地面沉降塌陷、水体富营养化、海水入侵、海洋赤潮等。
（2）造成人为生态破坏的主要行业、项目、行为，如非农占地、村镇占地、农牧渔业开发、矿产开发、挖沙采石、旅游开发及港口、码头、交通、水利、水电、房地产等工程项目建设，生物入侵、乱砍滥伐、乱捕滥猎等。
（3）生态环境污染状况调查包括主要污染源，污染的范围、程度，危害后果，经济损失等。
4.调查取证
对调查取得的事实及主要证据、相关背景情况、生态破坏与污染发生地环境监管现状等进行综合分析，确定生态破坏与污染的主要原因和责任对象。
5.视情处理
对违法情况根据相关法律法规做出相应处理。责成违章、违法单位制定，并落实生态保护与污染治理措施。对于涉及其他部门的生态破坏案件，要做好移送工作。
6.总结归档(www.xing528.com)
编写生态环境监察工作报告，做好各类技术、管理文件、资料的整理、归档工作。生态监察文档主要包括以下内容。
（1）开展生态监察工作的审批文件、方案、总结、检查、验收等资料。
（2）生态破坏事故和纠纷调查处理中得到的各种证据、记录、数据、监测报告、处罚决定、调查报告等。
（3）资源开发与建设项目现场监察工作中环境影响评价制度与“三同时”制度履行情况、生态保护措施落实情况、生态破坏和恢复情况、竣工验收等文件材料。
（4）生态保护与生态破坏恢复治理资金使用和管理的计划、落实情况和台账等有关文件。
（5）日常监察工作中形成的现场监察信息、现场调查询问笔录、有关记录等文件资料。
（6）监察辖区内重要污染源名录，污染源所在的功能区、位置，排放污染物种类、名称、浓度、去向、危害和影响，历年排污情况等文件材料。
7.定期复查
监督被检查单位整改措施的落实，生态破坏治理与恢复的效果，切实保证违法行为得到纠正。按期总结生态监察情况并及时归档，做好管理工作。
（二）工作制度
通过两批生态环境监察试点，已形成的比较成熟的工作机制有联席会议、联合执法和移交移送。
一是通过联席会议机制，加强政府的统一领导和各部门的配合。试点中绝大部分地区都成立了以政府主管领导为组长，环保、农业、林业、水利、国土、旅游、建设、公安、工商、安全生产等有关部门负责人为成员的生态环境监察试点工作领导小组，并因地制宜地制订了试点方案，将生态监察内容分解落实到职能部门。由政府负责牵头，环保部门具体落实，定期召开联席会议，共同商讨解决生态环境监察工作中存在的问题。
二是通过联合执法机制，加强各部门的监管合力。各地环保部门根据实际情况，联合计划（经济）、监察、司法、工商、国土、农业、林业、交通、建设、安全生产、旅游等部门，对自然保护区、林业、旅游、水电、交通等各方面建设项目和开发活动进行执法检查。通过联合执法，避免了工作上的推诿，加大了问题查处和解决的力度。
三是通过移交移送机制，实现相关部门的各负其责。资源管理部门虽然也有一定的环境保护职责和任务，但在环境保护工作上要受环保部门的指导、监督和协调。也就是说，环境监察机构在实施生态环境监察时，要从生态环境执法的角度进行现场监督检查，发现违法违规行为要及时指出，督促纠正，同时报告环境保护行政主管部门。属于其他部门管辖范围的，要及时通知有关部门，并做好移送工作。
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