（一）填报内容及格式
国家地表水环境监测数据传输系统中除水环境监测数据外，还包括测站名称、测站代码、河流名称、河流代码、断面名称、断面代码、控制属性、采样时间、水期代码。水环境监测数据包括有河流和湖库水体监测数据。具体如下所述。
河流：水温、流量、pH、电导率、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、石油类、挥发酚、汞、铅、化学需氧量、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、硒、砷、镉、六价铬、氰化物、阴离子表面活性剂、硫化物、粪大肠菌群。
湖库：水温、水位、pH、电导率、透明度、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、石油类、总氮、总磷、叶绿素a、挥发酚、汞、铅、化学需氧量、铜、锌、氟化物、硒、砷、镉、六价铬、氰化物、阴离子表面活性剂、硫化物、粪大肠菌群。
（二）数据的有效性
所有上报的监测数据必须是有效值。如果发现可疑数据，就应结合现场进行分析，找出原因或进行数据检验；若被判为奇异值的应为无效数据。所有被判为无效值的数据，不得填表、不得上报、不得录入系统。
（三）特殊数据
无值的代替符：当因河流断流未监测或某项目无监测数据时，需填报“-1”作为无值代替符。在数据统计时不参与数据计算。
（四）检出限的填写
当某项目未检出时，需填写检出限后加“L”。(www.xing528.com)
检出限要低于《地表水环境质量标准》Ⅰ类标准限值的1/4倍。否则要更换方法，以满足该要求。对有的监测项目的监测方法目前无法满足要求时，可适当放宽，但禁止采用检出限就超标的监测分析方法。对无法满足要求的环境监测站，应委托监测或由上一级环境监测站实施监测。
（五）计量单位
各监测项目的浓度计量单位一般采用mg/L。特殊项目的计量单位，如流量、电导率、水位、水温、透明度、粪大肠菌群。填写时需注意，水中汞和叶绿素a浓度的单位都是mg/L，而不是μg/L，填报时容易出错。
数据填报要在规定的时间内完成上报。通过系统上报的，其填报的数据都应进行进一步审核，防止出现错填、漏填和串行（列）填写等错误。
（六）可疑数据的处理
对审核可疑的监测数据必须通知地方监测站并进行确认。确认无误后的水质监测数据方可入库。入库后数据不能随意改动，地方站也不能多次上报监测数据入库。如果确认上报数据有误时，需按正常程序以文件形式说明数据的修改理由，并附原始监测数据材料，说明不是人为有意修改数据。无理由和无原始监测数据材料证明时，任何人都不得修改已入库的监测数据。
（七）空白格的处理
所填写的监测数据表格不能出现空白格。不能因为某月或某个时间段未监测就不上报数据。未采样监测的断面或项目导致无监测数据的都要填写“-1”。
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