成化三年（1467）二月，商辂被召回北京，受命以原官入内阁。商辂疏辞，成化帝说：“先帝已知卿枉，其勿辞。”（《明史·商辂传》）意思是先帝皇父已经知道你冤枉，你就不要推辞了。商辂接任后，上疏建言八条：勤学、纳谏、储将、防边、省冗官、设社仓、崇先圣号、广造士法。成化帝都接受了。并请恢复成化元年以来因建言而被贬斥的官员职位，于是罗伦、孔公恂等也都恢复了原官。
在成化时期，商辂先后担任兵部、户部、吏部的尚书，在内阁竟达十年。商辂为官正直，不容邪恶，甚至对皇帝宠信的大太监汪直，也敢于建言，维护正义。及至对于当今皇帝宠爱的万贵妃，也敢不给面子，拒绝所请。
先说第一件，敢劾大太监汪直。成化十三年（1477），设西厂，太监汪直总管。明朝先后设立锦衣卫、东厂、西厂、内行厂等具有特务性质的机构，侦缉四出，任意抓人，屡兴大狱，酷刑逼供，卖官鬻爵，无法无天。汪直之督西厂，任施威风，数兴大狱。（《明史·汪直传》）
商辂率同官员，条陈受宠信太监汪直11 大罪，言：圣上您偏听偏信汪直，而汪直又寄耳目于一群小太监。他们都自说秉承您的密旨，以此专事刑杀，擅作威福，贼虐善良，无恶不作。自从汪直用事，官员不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业，若不立即除去，那么，“天下安危，未可知也！”（《明史·商辂传》）
成化帝看了商辂等的条陈后，大不高兴，说：“用一个太监，怎么会危害天下，谁主此奏者？”命司礼太监怀恩传旨，严厉诘责。商辂正色回奏，略曰：
朝臣无大小，有罪皆请旨逮问，（汪）直擅抄没三品以上京官。大同、宣府，边城要害，守备俄顷不可缺，（汪）直一日械数人。南京，祖宗根本地，留守大臣，（汪）直擅收捕。诸近侍在帝左右，（汪）直辄易置。（汪）直不去，天下安得无危？（《明史·商辂传》）
大学士万安、刘珝、刘吉也引义慷慨，怀恩、梁芳等稍稍收敛。商辂向同列谢曰：“诸公皆为国如此，辂复何忧。”（《明史·商辂传》）时兵部尚书项忠等也弹劾汪直，成化帝遂罢西厂。商辂等奏罢西厂，是明史以正压邪的一件大事。(www.xing528.com)
汪直虽不视厂事，却宠幸如故，必然反扑。他们攻谮商辂曾收纳指挥杨晔的贿赂，商辂心不自安。这时，御史戴缙大颂汪直之功，并请恢复西厂。商辂见势，遂极力求去。成化帝允准，诏加少保，赐敕驰传归。商辂既去，朝中士大夫更加俯首事从大太监汪直，没有人敢与汪直相抗争。
再说第二件，敢犯万贵妃玉颜。万贵妃看重商辂的名望，拿出她父亲的画像，让商辂在上面题赞，给润笔费金银绸缎非常厚重。商辂极力推辞，来者说这是万贵妃的意思。商辂说：“非上命，不敢承也。”（《明史·商辂传》）不是皇上的钦命，不敢应承。万贵妃不高兴，商辂也不在乎。
一年，天空出现彗星。给事中董旻、御史胡深等弹劾不称职大臣，涉及商辂。御史林诚也诋毁他，但成化帝不听。商辂便请求免官。成化帝发怒，命令逮捕这些言官，加重惩罚。商辂说：“臣尝请优容言者，今论臣反责之，如公论何？”（《明史·商辂传》）成化帝喜悦，上述董旻等官杖责后恢复原职。商辂后升兵部尚书，又兼文渊阁大学士。成化十三年（1477），进谨身殿大学士。
商辂退休后，华盖殿大学士刘吉，见其子孙林立，叹道：“吉与公同事历年，未尝见公笔下妄杀一人，宜天之报公厚。”商辂答：“正不敢使朝廷妄杀一人耳。”（《明史·商辂传》）居家十年卒，年七十三。谥文毅。有《商文毅疏稿略》《商文毅公集》等存世。
商辂为人，平粹简重，宽厚有容，临大事、决大议，毅然莫能夺。《明史》赞道：“商辂，侃侃守义，尽忠献纳，粹然一出于正。”历史对商辂的评价是一个字：正。人的一生，得个“正”字，足矣！
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